اولا: حضرت خضر(ع) طبق حکمت و اذن و فضل پروردگار به ابوابى از باطن علوم احاطه داشته كه موسى(ع) از آن آگاهى چندانى داشت. به همین خاطر وقتی حضرت موسی(ع) رفتار حضرت خضر(ع) را با معیار علوم ظاهری و احکام شریعت ارزیابی کرد، آنها را خارج از این ضوابط ظاهری می یافت و به حضرت خضر(ع) اعتراض می کرد و حق نیز این بود که اعتراض کند. وقتی منشأ چنین اعتراضی از سوی موسی(ع) عدم اطلاعش از تفاوت های مبنایی دانش ها، علوم و معارفی باشد که خداوند به هر کدام از او و خضر(ع) عطا کرده است، منافاتی با عصمت ندارد.
ثانیا: اظهار پشیمانی از اعتراضات و قضاوت های مورد اشاره در داستان موسی(ع) و خضر(ع) منافاتی با موضوع عصمت ندارد. چرا كه نه مربوط به اساس دعوت نبوت است و نه فروع آن و نه تبليغ دعوت. بلكه در مساله ای صرفا عادى و مربوط به زندگانى روزمره است. آنچه مسلم است هيچ پيامبرى در دعوت نبوت و شاخ و برگ آن مطلقا گرفتار خطا و اشتباه نمی شود و مقام عصمت او را از چنين چيزى مصون مى دارد.

توصيف خداوند به «الْأَوَّلُ وَ الْآخِرُ» نه تنها با ازلی و ابدی بودن خداوند منافاتی ندارد، بلکه تعبير لطيفى است از ازلی و ابدی بودن خداوند. منظور از آن اینست که هر چيزى اوّل فرض شود، خدا قبل از آن چيز بوده؛ پس او نسبت به تمام ماسواى خود اوّل است؛ همچنين هر چيزى كه آخر فرض شود، خداى تعالى بعد از آن خواهد بود.
در توضیحی دیگر می توان گفت او وجودى بى انتها و «واجب الوجود» است. یعنى هستی اش از درون ذات او است نه از بيرون، تا پايان گيرد يا آغازى داشته باشد. بنابراين از ازل بوده و تا ابد خواهد بود. بنابراين تعبير به اوّل و آخر هرگز زمان خاصّى را در بر ندارد و اشاره به مدّت معيّنى نيست.

از آيات قرآن چنين استنباط مي شود كه سالك طریق وصل الی الله، در ابتدا مرعوب هیمنه و هیبت الهی مي شود و سلطه حضور او سبب اضطراب سالک ذاكر مي ‏گردد و هراسی مُقدَّس بر قلب او مستولي مي‏ گردد؛ اما كم كم اُنسِ با یاد خدا و خواندن و شنيدن كلام او، بر ايمانش می افزاید و همين افزايش ايمان سبب ورود او به دِژ امن الهی خواهد شد، سپس ظاهر و باطن، قلب و قالب او هر دو، به سوي ياد خدا مي ‏آرمد و نرم مي شود.

امام علي(ع) تمام پندها را در سه نصيحت خلاصه نمودند: اگر بر سر دو راهى دنيا و آخرت قرار گرفتيد و ادامه هر دو ممكن نبود، آنها كه به راه آخرت بروند، خدا مشكل دنياى آنها را هم حل مى‌كند. در جايى كه ظاهر و باطن انسان در تضاد قرار گيرد كسى كه باطنش را اصلاح كند، خدا ظاهرش را اصلاح مى‌كند. كسى كه در دو راهى رضاى خالق و مخلوق، رضاى خالق را در نظر بگيرد، خدا رابطه او را با بندگان اصلاح مى‌كند. نتيجه اين كه اگر اعتقاد داريم كه دل‌هاى بندگان به دست خداست بايد به سمت رضاى خدا برويم.

آیات دیگر قرآن مشاهده حسّی خداوند را منتفی دانسته و عقل نیز می گوید که اگر چیزى با چشم دیده شود، باید محدود به مکان و جهت و ماده باشد و خدا منزّه از همه اینها است.
یک تفسیر صحیح از آیه این است که بگوییم نگاه بهشتیان به پروردگارشان به معنای نگاهى با چشم دل و از طریق شهود باطن است.
تفسیر دیگر آیه این است که واژه «ناظره» به معنای انتظار است؛ لذا معنای آیه این گونه می شود: «مؤمنان در آن روز انتظارشان تنها از ذات پاک خدا است و حتّى بر اعمال نیک خود نیز تکیه نمى کنند و پیوسته منتظر رحمت و نعمت اویند».
همچنین یکی از اصلی ترین و مهمّ ترین معانی واژه «نظر» تأمّل و تدبّر در یک موضوع است؛ لذا معنای آیه این گونه خواهد بود: «بهشتیان آنجا فقط به خداوند فکر می کنند ولاغیر».

امام علي(ع) درباره راه شناخت نیکان از بدان مى فرمايد: «بِدان هر ظاهرى باطنى دارد همانند خود، آنچه ظاهرش پاك و خوب است باطنش نيز پاك و خوب است و آنچه ظاهرش خبيث و بد است باطنش نيز خبيث است، پيامبر راستگو(ص) فرمود: گاه خداوند بنده اى را دوست دارد؛ ولى عملش را مبغوض مى شمرد و گاه عملش را دوست دارد و شخصش را مبغوض مى داند، بدان هر عملى رويشى دارد و هيچ رويشى از آب بى نياز نيست و آبها مختلفند آنچه آبيارى اش پاكيزه باشد نهالش پاك و ميوه اش شيرين است و آنچه آبياريش ناپاك باشد نهالش ناپاك و ميوه اش تلخ خواهد بود».

از جمله درسهایی که از آن دو معلّم بزرگ اخلاق می توان فرا گرفت این است که: 1- پيدا كردن رهبرى آگاه و فرزانه، و بهره گيرى از علم و اخلاق او اهمّيّت بسیاری دارد. 2 ـ در كارها نبايد عجله كرد، چرا كه بسيارى از امور، نياز به فرصت مناسب دارد. 3 ـ حوادثى كه در اطراف ما رخ مى دهد ممكن است چهره اى در ظاهر و چهره اى در باطن داشته باشند؛ هرگز نبايد عجولانه قضاوت نمود. 4 ـ شكستن پيمانهاى معنوى بطور مكرّر، ممكن است انسان را براى هميشه از فوائد و بركاتى محروم سازد! و... .

مفهوم این واژه - در تمام موارد استعمال - در احادیث و آیات اين است كه چيزى يا شخصى در صورت به شكل موجود ديگرى در مى آيد بى آن كه باطن و ماهيت آن تغيير يافته باشد.

عبادت كه به عنوان هدف آفرينش انسان تعيين شده، حكمتي دارد كه غير از آداب و احكام عبادت است؛ احكام عبادات واجباتي است كه در كتابهاي فقهي آمده است؛ از قبيل اينكه وضو چگونه بايد انجام بگيرد؟ عبادات نيز آدابي دارد كه تعدادي از آنها را كتابهاي فقهي به نام مستحبات و مقداري ديگر را كتابهاي اخلاقي بيان مي‏ كند. قسمت سوم، حكمت عبادت است كه نه در كتابهاي فقهي و نه در كتابهاي اخلاقي نیامده؛ بلكه ارواح و باطن عبادات است كه با باطن انسان در ارتباط است و حشر انسان نيز با همان خواهد بود.

«ملكوت» يعني باطن و «مُلك» يعني ظاهر. آنجا كه سبحان است، جاي ملكوت است «فسبحان الّذي بيده ملكوت كلّ شي‏ء» و آنجا كه سخن از مُلك است جاي تبارك: «تبارك الّذي بيده الملك» بين ملك و ملكوت مثل ظاهر و باطن فرق است.