«تفسير» از ريشه «فَسَرَ الأَمْرَ» به معناى أوْضحه و كشف عنه (آشكار نمودن) گرفته شده، از این رو در تعریف تفسیر گفته اند: تفسیر برگرفتنِ نقاب از چهره اَلفاظِ مشكله است. همچنین «تأويل»، از ريشه «اَوْل» گرفته شده، لذا تأويل به معنى اِرجاع دادن مى باشد، و زمانی به كار مى رود كه گفتار يا كردارى مايه شبهه، و یا موجب حيرت و سرگردانى شده باشد. لذا تأويل گر در جهت رفع شبهه اقدام نموده، ظاهر شبهه انگيزِ آن گفتار يا كردار را به جايگاه اصلى خود (وجه صحيح آن) باز مى گرداند.

در نوشته هاى برخى از قدما آمده كه در برخى سوره ها، آياتى برخلاف اصل سوره آمده است؛ يعنى اگر سوره اي مكّي است برخى آياتِ آن مدني و اگر مدني است برخى آيات آن مكّي است؛ اما این سخن صحیح نیست. يعني هر سوره اى كه مكّي است تمام آيات آن مكّي است و هر سوره اى كه مدني است تمام آيات آن مدني است.

امام علي(ع) در پاسخ به سؤال کسی که پرسید: آیا خدا را دیده ای؟ فرمود: «آيا ممكن است كسى را كه نمى بينم عبادت كنم؟ چشم ها هرگز او را آشكارا نبيند؛ اما قلبها با نيروى حقايق ايمان، وى را درك مى كند». البته منظور حضرت از حقايق ايمان، اصول اعتقادى و معارف حقّه است.

«حیله» به معنای چاره جویی است که گاه مثبت است و گاه منفى؛ اولی در امور مثبت برای اثبات حقّ و ابطال باطل به کار می رود: مثل خوابیدن حضرت علی(ع) به جای پیامبر(ص). و دومی در امور منفی براي باطل کردن حقّ یا جلوه دادن حقّ به جاي باطل: مثل زنده كردن و ميراندن دو نفر به دست نمرود به صورتي كه يكي را آزاد و دیگری را اعدام کرد. این نوع حیله حرام است و برای فریب دادن خود و مردم از آن استفاده می شود.

«اصحاب القریه» مردم شهر انطاكيه بودند كه حضرت عیسی(ع) دو تن از یاران خود را برای هدایت شان به سوي آنها فرستاد. گروهي ايمان آوردند؛ ولي پادشاه، آنها را به زندان انداخت. حضرت عیسی(ع) «شمعون الصفا» را به آنجا فرستاد تا آنها را آزاد كند. او در ابتدا با درباریان و پادشاه طرح دوستي ريخت و سپس از وجود دو زنداني سؤال كرد و تقاضاي شنيدن ادعاي آنها را كرد. با موافقت پادشاه، آن دو نفر را حاضر ساختند و آنها ادعای خود مبنی بر هدایت مردم را بیان کردند و همانجا مريضي را شفا دادند و مرده اي را زنده كردند. پادشاه و بسیاری از مردم ایمان آوردند؛ ولی عده ای لجاجت كرده و ايمان نياوردند و دچار عذاب الهی شدند.

ساختار قرآن شيوه «گفتارى» است و ويژگى هاى گفتارى دارد؛ زیرا روى سخن با مخاطبين خاصّ است و متكلم مى تواند بر قرائن حاليّه يا معهود ذهنى مخاطبانِ حاضر تكيه كند. چنين كلامى بر مخاطبان كاملا روشن و رسا خواهد بود. غائبین نیز بوسیله شواهد و وضعيت صورت مجلس و اسباب نزول، مى توانند به محتوا و هدف كلام پى ببرند. جهت ديگر مسئله «التفات» و تحوّل در روند كلام است كه در قرآن، فراوان به چشم مى خورد؛ مثلا در سوره «حمد»، ابتدا به صورت كلامى كه مخاطب غائب است سخن مى گويد، سپس با يك چرخش ناگهانى به حالت خطاب مى گرايد.

«برهان» به هر گونه دلیل محکم که موجب روشنائى مقصود شود، گفته می شود؛ لذا برهان پروردگار که باعث نجات یوسف شد، یک نوع دلیل روشن الهى بوده است، مانند: علم و ایمان و تربیت انسانى، آگاهى از حکم تحریم زنا، مقام نبوت و عصمت از گناه و یا یک نوع امداد و کمک الهى، به این صورت که وقتی همسر عزیز روی بتش لباسی انداخت، یوسف هم متذکر علم خدا شد و شرم کرد.

اولا: بسیاری از مفسرین منظور از «رب» در عبارت «إِنَّهُ‏ رَبِّي» را خداوند دانسته اند.   ثانیا: بر فرضی که حضرت یوسف(ع) در این عبارت عزیز مصر را اراده کرده باشد، تعبیر او اشکالی ندارد؛ زیرا این واژه مختصّ به پروردگار نیست و برای غیر خداوند نیز بکار می رود؛ چنانکه این واژه، در آیات و روایات دیگری به غیر خداوند اطلاق شده است.

تصریح روایات مبنی بر شناخته نشدن امام زمان(عج) در عصر «غيبت کبری» منافاتي با امكان رؤيت ندارد؛ چراكه این روایات نفى رؤیت نسبت به عموم مردم می کند نه افراد خاص. ضمن اینکه برخی از روایات نفي رؤيت نيز مربوط به حج است و عموميت ندارد. هم چنين مقصود از عدم رؤيت به قرينه «لا يعرفونه» که در برخی روايات آمده، «نشناختن» است نه «ندیدن».

امام علي(ع) در ارتباط با اهمّیّت «دعا» به امام حسن(ع) می فرماید: «آن كس كه گنج هاى آسمان ها و زمين در دست اوست، به تو اجازه دعا داده و اجابتش را تضمين نموده». بر این اساس، اجازه دعا از سوی خداوند، نهايت لطف است كه انسان بدون واسطه نيازش را از خدا بخواهد. سپس مى فرمايد: «اندوه خود را با وى در ميان گذار و حل مشكلاتت را از او بخواه، مى توانى چيزهايى را بخواهى كه كسى جز او قادر به اعطاى آن نيست؛ مانند فزونى عمر، سلامتى تن، و خداوند كليدهاى خزاينش را با اجازه به دعا، در دست تو قرار داده است».