پندار ديگرى در زمينه تحریف قرآن کریم وجود دارد كه در تكلّف و ساختگى بودن، شبيه مسأله «نسخ تلاوت» است. مى‌گويند: پاره‌اى از آيات از دل‌ها فراموش شد به‌گونه‌اى كه يادى از آنها در دل‌ها و ذهن‌ها نمانده است. اين مسأله، مانند مسأله نسخ تلاوت است و آنان بدين وسيله مى‌كوشند رواياتى را كه در پندار ايشان صحيح نموده شده و بر ضايع شدن بسيارى از آيات قرآن پس از وفات پيامبر(ص) حكايت دارد، حل نمايند.

«قرآن» از كهن ترين اسناد معتبر زبان عربى در زمانه‌اى نازل شده كه عرب در اوج تمدن ادبى پيشرفته خود بود. افزون بر اين، قرآن سرسخت‌ترين دشمنان را در ميان عرب‌هاى اصيل عصر نزول داشت و آنان در كمين بودند تا نقطه ضعفى را در قرآن بيابند و آن را بهانه و دستمايه بدگويى از قرآن قرار دهند، ليكن نه تنها موردى براى خرده گيرى از قرآن نيافتند، بلكه صريحاً اعتراف كردند كه اين كتاب آسمانى از ادبى فرازمند و دست‌نايافتنى برخوردار است.

كميته يكسان سازى مصاحف در انجام مأموريت خود سه مرحله اساسى را طى كرد: 1. جمع آورى منابع صحيح براى تهيه مُصحف واحد و انتشار آن بين مسلمانان. 2. مقابله مصحف هاى آماده‌ شده با يكديگر. 3. جمع آورى مُصحف ها و يا صحيفه هايى كه قرآن در آنها ثبت شده بود از تمامى بلاد اسلامى و نابود كردن آنها، و بالاخره الزام همه مسلمانان به قرائت اين مُصحف و منع آنان از تلاوت مُصحف هاي ديگر؛ اما سهل انگاری خلیفه در انتخاب اعضای کمیته، و تسامح و عدم دقت از سوی اعضا، سبب پیدایش اختلاف در قرائت قرآن گردید.

در قرآن چهار گونه «نسخ» متصوّر است، كه عبارتند از: 1. نسخ حكم و تلاوت: آيه اى كه مشتمل بر حكمى است به طور كامل از صفحه قرآن محو شده باشد. 2. نسخ حكم و بقاى تلاوت: حكم در آيه نسخ شده باشد؛ ولى آيه همچنان در قرآن باقى است. 3. نسخ تلاوت و بقاى حكم: آيه از صفحه قرآن محو شده باشد؛ ولى حكم درون آن همچنان باقى و نافذ است. 4. نسخ مشروط: با تغيير شرايط، حكم سابق نسخ شده؛ ولى با اعاده شرايط گذشته، حكم منسوخ قابل بازگشت باشد. آنچه از اين انواع چهارگانه معقول و قابل پذيرش مى باشد، نوع دوم و چهارم است.

رسم عرب جاهلي، طلاق و رجوع در عدّه بود و طلاق نيز حدّ و مرزى نداشت؛ حال آنكه جواز رجوع در عدّه طلاق رجعى و اساساً تشريع عده طلاق، از نوآورى‌ها و احكام تأسيسى استوار اسلام است. اينكه طلاق، يكسره در دست مرد باشد نيز صحيح نيست؛ چون «قاعده لا ضرر»، عموميت دليلِ «به دست مرد بودنِ اختيار طلاق» را تخصيص زده و روايت نبوى «الطلاق لمن أخذ بالساق» نيز تضعيف شده است.

آيه اي كه ازدواج را محدود به چهار همسر نموده در اواخر سال هشتم هجری نازل شده و پيامبر(ص) تا آن زمان همه همسران خود را گرفته بود؛ بدين ترتيب اين سخن كه پيامبر آنچه را بر ديگران حرام كرد براى خود روا شمرد، از اساس فرو مى ريزد. افزون بر اينكه حتّى در شرايط استثنايى جامعه نيز امكان داشتن چهار همسر مشروط به رعايت عدالت شده است؛ البته در موقعيّتى مانند روزهاى جنگ و شهادت.

سردمداران فتنه جمل تصمیم گرفتند برای رساندن پیامشان به امیرالمؤمنین(ع) از دشمنان سرسخت ایشان استفاده کنند؛ اما روی گشاده و بیان شیرین و توأم با منطق و استدلال امام علي(ع) سبب شد تا آنان متحوّل شوند و با حضرت بیعت کنند و در زمره لشکریان حضرت قرار بگيرند. این قضیه به قدری بر عایشه گران آمد که گفت: هر كس را نزد علي مى فرستم او را مخالف ما مى كند و بر ضد ما مى شوراند.

امام علي(ع) در خطبه 172 «نهج البلاغه»، به طور عمده به سه گناه از جرایم سنگین «اصحاب جمل» اشاره می کند: 1. طلحه و زبیر و یارانشان، زمانی که به سوی بصره حرکت کردند؛ همسران خود را در خانه هایشان نگه داشتند؛ ولی همسر رسول خدا(ص) را مانند کنیزی که برای فروش می برند به دنبال خود کشاندند. (اشاره به استفاده ابزاری از او برای مقاصد خود). 2. بیعت شان با امام(ع) را زیر پا نهاده و در میان سپاه امام(ع) اختلاف انداختند. 3. به فرماندار امام(ع) و خزانه داران بیت المال در بصره حمله کرده و جمع کثیری از مردم را کشتند.

از نظر امام علي(ع) كشتن «يك نفر از لشكر جمل» با كشتن «تمام لشكر» مساوي است؛ چون خود حضرت مي فرمايد: «اگر [لشكر جمل] فقط یک نفر را عمداً و بدون گناه می کشتند، قتل همه آن لشکر برای من حلال بود، چون آنها حضور داشتند و از او دفاع نکردند؛ چه رسد به اینکه گروه بسیاری از مسلمانان را به قتل رساندند». علت اين حكم اين است كه اصحاب جمل مصداق بارز مفسد فی الارض بودند؛ چرا که بیعت خود را شکستند و بر ضد حکومت اسلامی و امام معصوم(ع) خروج کردند و هر کس که چنين کند، کافر است و قتلش واجب مي باشد.

بر اساس آیات قرآن، پیامبر(ص) «امّى» بود و نياز به كاتبانى داشت تا در شؤون مختلف از جمله وحى او را ياري دهند؛ لذا در مكّه و در مدينه زبده ترين با سوادان را براى اين امر انتخاب فرمود. اولين كسى كه در مكّه عهده دار كتابت شد امام على‌(ع) و اوّلين كس در مدينه «أُبىّ بن ‌كعب انصارى» بود. از ديگر كاتبان وحي مي توان به زيد بن ثابت، خلفاى ثلاثه، زبير بن عوام، خالد و أبان دو فرزند سعيد بن العاص، حنظله اُسَيدى، علاء بن حضرمى، خالد بن وليد، عبدالله ‌بن رواحه، محمد بن مسلمه، عبدالله ‌بن ابى سلول، مغيرة‌ بن شعبه، عمرو بن العاص، معاوية ‌بن ‌ابى سفيان، جهم يا جهيم بن صلت، معيقب بن ‌ابى فاطمه و شرحبيل بن حسنه اشاره كرد.