دليل اين دستورهاى ضد و نقيض اين بود كه عثمان در آغاز گمان مى كرد ماندن على(ع) در مدينه سبب تشويق مردم به عزل او و بيعت با آن حضرت به عنوان خلافت خواهد شد. سپس هنگامى كه حضرت از مدينه بيرون رفت، عثمان احساس كرد كسى جز على(ع) نمى تواند از او دفاع كند و سبب نجات او از دست شورشيان شود، لذا از آن حضرت تقاضاى بازگشت به مدينه را كرد. باز هنگامى كه خبرهايى به او رسيد كه مردم شعار بيعت با امام را سر داده اند، وحشت بر او مستولى شد و بار ديگر تقاضاى خروج آن حضرت را از مدينه كرد.

بعد از پيامبر(ص) و انحراف خلافت، امام(ع) به همراه اهل بيتش به در خانه‌های انصار می‌رفت تا حقش را بگيرد؛ اما او را بر حریص بودن به خلافت متهم مي‌كردند. با حمله حكومت به خانه‌اش و جراحت همسر و شهادتش و دفن پنهاني او، امام دریافت كه نه توانایی در افتادن با حكومت را دارد و نه مبارزه كردن به مصلحت اسلام است، لذا راه مصالحه را در پیش گرفت و كم‌كم گوشه‌گیر شد و سراغ زندگی شخصی رفت و حكومت نيز او را تحقير و منزوي كرد؛ با اين حال، امام از هر فرصتی برای معرفی خود و خدماتش به اسلام و مسلمين بهره مي‌برد.

امام علی(ع) این خطبه را زمانی ایراد فرمودند که عثمان تصمیم گرفت عمار را تبعید نماید. طایفه بنی مخزوم هم پیمان عمار، از امام خواستند مانع تبعیدش شود. حضرت به عثمان فرمود: تبعید سبب بدنامى بيشتر تو مى شود. به عمار نیز فرمود: در خانه خود بمان. این سخن عثمان را خشمگین نمود. زید بن ثابت با مغیره بن اخنس برای خیرخواهی نزد امام آمدند. امام فرمود: «اگر گامى بر خلاف حق بردارد متعرض او می شوم». در اين هنگام مغيره گفت: در مفابل تو خواهيم ایستاد؛ اين جا بود که حضرت این خطبه را خطاب به مغيره بيان فرمود.

امام علی(ع) با مخالفت از حضور عمر در میدان نبرد، می فرماید: «زمامدار مانند رشته است كه مهره ها را جمع مى كند و اگر رشته از هم بگسلد، مهره ها پراكنده شده، به گونه اى كه ديگر نمی توان همه را جمع كرد». سپس در مقام علت به عمر مى فرمايد: «اگر شخصاً خارج شوى، ممكن است اعرابِ منافق از فرمانت سرپیچی کنند، و عجم ها نیز با دیدنت مى گويند اساس عرب اين است، و اگر آن را قطع كنيد راحت خواهيد شد، اين تفكّر، آنها را در مبارزه با تو حريص تر مى كند». با اين توصيه، عمر از رفتن به ميدان نبرد منصرف شد.

نبرد «قادسیه» بین سپاه اسلام و لشكر ساسانی روی داد و عمر بر اساس توصیه امام علی(ع) در جنگ شرکت نکرد و سعد وقاص را به فرماندهي سپاه برگزید. در این نبرد، رستم فرمانده سپاه ساسانی كه از جنگ با مسلمين وحشت داشت، پس از چهار روز جنگ، هنگام فرار زير سم اسبان له شد و لشكر ساسانى منهزم گشت. با رسيدن خبر پيروزى به خليفه دوّم، مسلمانان از تعقيب لشكر دشمن منع شدند و سعد در همان جا فرود آمد و مسجد و خانه هايى را بنا نمود و به اين ترتيب بنيان شهر كوفه نهاده شد.

روایات فراوانی بر برتری علمی امام علی(ع) نسبت به سایر صحابه دلالت دارد؛ از جمله: «من شهر علم هستم و علی دروازه آن است». پیامبر(ص) یکی از منابع علم امام علی(ع) بودند و فرستادن مقداد برای پرسش یک حکم شرعی از ایشان درحالی که هنوز آن حکم بیان نشده است، دلیل بر شوق امام علی(ع) به دانستن و حفظ قداست و جایگاه پیامبر(ص) است. امام علی(ع) بخاطر شاگردی تمام وقت در محضر پیامبر(ص) و عنایت استاد به ایشان، در زمان رحلت پیامبر(ص) به همه معارف و احکام دینی آگاهی داشت و شایسته ترین فرد برای جانشینی پیامبر بود.

امام علی(ع) از روی اختیار با ابوبکر بیعت نکرد؛ زیرا 1-  زندگى امام(ع) حاکى است که آن حضرت با وجود شدیدترین فشارها، دست بیعت به سوى خلفا دراز نکرد و ایشان را به زور به مسجد بردند. 2-  کلمات امام در موارد مختلف حاکى از آن است که او تا آخرین لحظات زندگى، خود را شایسته خلافت مى دانست.

در نبرد مسلمانان با سپاه روم، امام علی(ع)، خلیفه دوم را از شرکت در جنگ منع کرده و می فرماید: «خداوند حوزه اسلام را براى پيروان اين دين سربلند ساخته و نقاط ضعف را می پوشاند». در واقع خداوند اسرار مسلمانان را مخفی کرده تا دشمنان توان ضربه سنگين را نداشته باشند. سپس مى فرمايد: «اگر در نبرد مغلوب گردى پناهگاهى براى مسلمين باقى نمى ماند، و بعد از تو كسى نيست كه به او مراجعه كنند». واضح است که مقصود اين نيست كه تو اصلح امت هستی؛ بلكه اگر كشته شوى تا توافق بر ديگرى صورت بگيرد مردم رها و بی پناه می شوند.

شارحان نهج البلاغه در پاسخ این سوال گفته اند كه حضور پيامبر(ص) و امام علی(ع) به خاطر اين بود كه از طريق وحى مى دانستند در اين ميدانها شهيد نمى شوند. برخی نیز گفته اند: آن دو بزرگوار در جنگ هايى كه فاصله چندانى با مركز حکومت نداشت شرکت می کردند اما پيامبر(ص) در تبوك امام را جانشین و پناهگاه مردم مدينه قرار داد.

امام علی(ع) مشورت خواهی خلیفه دوم درباره حضورش در میدان جنگ را با نصایحی دلسوزانه پاسخ داد. این سوال پیش می آید که چرا امام نسبت به رقیبش این چنین مشفقانه سخن می گوید؟ اولاً؛ روح بلند حضرت ايجاب مى كند كه مصالح مسلمين را بر هر چیزی مقدم بدارد و به سرنوشت نهایی اسلام و مسلمانان بیاندیشد. ثانیاً؛ كلام امام(ع) درسى است براى مسلمانان كه در زمان مشورت تنها خیر و صلاح مشورت كننده را در نظر داشته باشد. همانند امام که طبق وظيفه شرعى و عقلى، مصلحت مسلمين را بيان کرد.