تمام شواهد نشان مى دهد حاكمان آن روز تصميم داشتند اين منبع اقتصادى را از خاندان امام على(ع) بگيرند تا آن که مبادا مايه قدرت آنها شود. از این رو امام صادق(ع) در حدیثی می فرمایند: «هنگامى كه ابوبكر به خلافت رسيد عمر به او گفت: مردم بنده دنيا هستند و غير از آن را نمى خواهند، بنابراين خمس و فىء و فدك را از على و اهل بيتش باز گير؛ زيرا پيروانش وقتي اين امر را ببينند او را رها كرده به سوى تو مى آيند».

امام علی(ع) از روی اختیار با ابوبکر بیعت نکرد؛ زیرا 1-  زندگى امام(ع) حاکى است که آن حضرت با وجود شدیدترین فشارها، دست بیعت به سوى خلفا دراز نکرد و ایشان را به زور به مسجد بردند. 2-  کلمات امام در موارد مختلف حاکى از آن است که او تا آخرین لحظات زندگى، خود را شایسته خلافت مى دانست.

عبدالله بن مسعود می گوید: پیامبر(ص) به من فرمود: «گمان مى کنم که مرگم نزدیک شده است». گفتم: آیا ابو بکر را جانشین خود قرار نمی دهی؟ از من رو گرداند. گفتم: عمر را جانشین خود نمى سازى؟ باز از من رو گرداند. گفتم: آیا على(ع) را جانشین خود نمى کنى؟ فرمود: «آری همان است، سوگند به آن که جز او خدایى نیست، اگر با او بیعت کنید و از او فرمان بَرید، همه شما را به بهشت، وارد مى کنم».

برخى از متون تاریخى در پی آنند که مرگ سعد را مرگى طبیعى جلوه دهند و حتّى گفته اند که سعد، از جمله کسانى بوده است که در آغاز با ابو بکر مخالفت کرد و سپس با وى بیعت نمود؛ امّا دقّت در ماجراى سقیفه و دلالت آشکار متون گوناگون مربوط به این موضوع، هیچ تردیدى باقى نمى گذارد که او هرگز بیعت نکرد و به دست دشمنان سیاسى اش ترور شد. حقیقت این است که عمر مردى را فرستاد و به او گفت: وى را به بیعت فرا خوان و اگر خوددارى ورزید، او را بکش و بعد هم شایع کردند که جنّیان او را کشته اند.

ایشان در خطبه 3 مى فرماید: «ابوبکر بعد از خودش خلافت را به عمر پاداش داد! شگفتا او که در حیات خود از مردم مى خواست از خلافت معذورش دارند، خود به هنگام مرگ عروس خلافت را براى دیگرى کابین بست! و هر دو از خلافت به نوبت بهره گیرى کردند و پستانهاى این ناقه را هر یک به سهم خود دوشیدند». آری خلافت در حقیقت پاداشى بود که در برابر کارهاى عمر به او داده شد. او بود که پایه هاى خلافت ابوبکر را محکم ساخت و بینى مخالفان را بر خاک مالید و اگر او نبود هیچ امرى از امور ابوبکر ثبات پیدا نمى کرد.

بعد از واقعه سقیفه، بعضى از صحابه ضمن اعتراض به عمل انجام شده(خلافت ابوبکر)، بر امامت و ولایت بحق امام على صحّه گذاشتند. أُبىّ بن کعب از جمله کسانى بود که هرگز با ابوبکر بیعت نکرد و شوراى سقیفه را بى ارزش می خواند. فضل بن عباس می گفت: صاحب ما على(ع) به خلافت، از شما سزاوارتر است. مقداد بن اسود مى گوید: عجب دارم از قریش که چگونه خلافت را از اهل بیت گرفت درحالى که على(ع) اوّل مؤمن به پیامبر(ص) است. سلمان فارسى، ابوذر غفارى و بریدة بن خضیب اسلمى نیز بیاناتی در این زمینه داشته اند.

عمر بن خطاب مى گوید: «على و زبیر و گروهى که با آن دو بودند از بیعت و همکارى با ما سرپیچى کرده، در خانه فاطمه تحصّن نمودند». متخلفین از بیعت با ابوبکر عبارتند از: سلمان فارسى، عمار یاسر، براء بن عازب، ابوذر غفارى، مقداد بن اسود، ابان بن سعید، عباس بن عبدالمطلب و جماعتى از بنى هاشم و جمعى از مهاجرین و انصار.

با توجه به روایات معتبر در منابع اهل سنت، ابوبکر به هنگام مرگ، اموری را آرزو می کرد و می گفت: «ای کاش حرمت خانه فاطمه را هتک نمی کردم». این اعتراف ابوبکر و پشیمانی او از عمل انجام گرفته در زمان خلافتش به خوبی این را می رساند که این عمل ننگین یقیناً واقع شده و آنچه در کتب از آن یاد می شود افسانه نیست بلکه عین واقعیت است.

وقتی رسول خدا(ص) رحلت نمود، انصار در سقیفه جمع شدند تا با سعد بن عباده بیعت کنند. وقتی خبر به ابوبکر و عمر رسید با عجله، خود را به سقیفه رساندند. ابوبکر شروع به سخنرانی کرد و گفت: ما دوستان پیامبر و عشیره او هستیم و از هر کس دیگر به جانشینی او سزاوارتریم؛ در این باب با شما نزاعی نداریم، زیرا شما را بدان جهت که پیش قدم بوده اید و  پیامبر را نصرت داده اید حقی است. آنگاه ابوبکر گفت: ما امیران باشیم و شما وزیران.