شاید مهم ترین مشکل در زمان گذشته برای پیشرفت «تفسیر موضوعی» فقدان معجم هاى دقيق و جامعى بوده كه بتوان هر آيه را به آسانى از آن استخراج كرد و این مسأله مورد اشاره یکی از مهم ترین تألیف کنندگان معجم های قرآنی نیز بوده است.

برخی از مشکلات «تفسیر موضوعی» عبارت اند از: 1- اکتفا کردن به آیاتی که در معجم های قرآنی ذیل عناوینی خاص ذکر شده و غفلت از آیاتی که آن موضوعات بدون الفاظ و واژه های مترادف آن موضوع، در آن ها مورد اشاره قرار گرفته است. 2- فقدان دقّت و ظرافت و ذوق و آگاهی لازم برای جمع بندی و نتیجه گیری از آیات هم موضوع. 3- بی شمار بودن موضوعات طرح شده در قرآن.
 

جوانه هاى تفسير موضوعى قبل از هر چيز در خود قرآن ديده مى شود؛ و دستور قرآن در زمينه تفسير آيات متشابه به وسيله آيات محكم، نوعى از تفسير موضوعى است. در كلمات معصومین نيز نمونه هاى فراوانى آمده كه روش گردآورى آيات مربوط به يك موضوع، جمع بندى و استفاده از آن را به ما می آموزد. مثلا پیامبر(ص) در حدیثی برای استدلال درباره نکوهش دنیا به آیاتی از سوره حدید، زخرف، اسرا و ق؛ و علی(ع) در جمع بندی معنای کفر، به آیاتی از سوره جاثيه، نمل، بقره، ممتحنه، عنكبوت و ابراهيم استشهاد می نمایند.

در كلمات معصومین نمونه هاى فراوانى آمده كه روش گردآورى آيات مربوط به يك موضوع و جمع بندى و سپس استفاده از آن را به ما آموخته است. مثلا پیامبر(ص) در حدیثی، برای استدلال درباره نکوهش دنیا، به آیاتی از سوره های «حدید»، «زخرف»، «اسرا» و «ق» استشهاد می کند یا در حدیث دیگری امام علی(ع) در جمع بندی معنای کفر، به آیاتی از سوره های «جاثيه»، «نمل»، «بقره»، «ممتحنه»، «عنكبوت» و «ابراهيم» استشهاد می کند.

تفسير موضوعى به صورت مقطعى و درباره برخی موضوعات در كلمات علماى گذشته دیده می شود اما هيچ كدام تفسیر موضوعی را در تمام محورها مطرح نكرده اند. علامه مجلسی به عنوان یکی از پیشگامان، در هريك از فصول بحارالانوار وارد مى شود، آيات مربوط به آن موضوع را جمع آورى مى كند. از نمونه هاى ديگر تفسير موضوعى، كتاب هايى است كه تحت عنوان «آيات الاحكام» نوشته شده؛ كتاب هايى در زمينه قصص قرآن نيز تأليف يافته كه داستان هاى انبياء را با گردآورى آيات قرآن تشريح مى كند.

براى تفسير موضوعى دو روش وجود دارد: 1. طرح موضوعات مختلف؛ اعم از موضوعات اعتقادى يا اخلاقى و بررسی آنها به وسیله تحليل هاى فلسفى و كلامى و اخلاقى و نهایتا ذکر بعضى از آيات مرتبط با این موضوعات به عنوان شاهد. 2. گردآورى تمام آياتى كه درباره يك موضوع در سرتاسر قرآن وارد شده و كنار هم چيدن آن ها و تفسیر يك يك آن ها و دست یافتن به یک ترسیم کلی. در این روش، مفسّر از خود چيزى ندارد و همه چيز را از قرآن مى فهمد و تمام همّت او كشف محتواى آيات است. اين راه، بهتر ما را به حقايق قرآنى مى رساند.

تفسیر موضوعی یعنی آیات مختلفی که در جای جای قرآن درباره موضوعی واحد وجود دارد، یکجا جمع آوری شود تا از مجموع آن، نظر قرآن درباره آن موضوع و ابعاد آن روشن شود. این درک جدید از آنجا به دست می آید که آیات قرآن همدیگر را تفسیر می کنند.

امتیازات «تفسیر موضوعی» عبارت اند از: 1- رفع ابهام هايى كه در بدو نظر در بعضى از آيات به چشم مى خورد. 2- به دست آوردن يك تفسير جامع درباره موضوعات خاص قرآنی. 3- آگاهى از شرايط، خصوصيات، علل و نتايج موضوعات و مسائل مختلف قرآن. 4- به دست آوردن اسرار و پيام هاى تازه قرآن از طريق انضمام آيات به يكديگر.