با اینکه عالمان محقق ما و صاحبان اجتهاد و نظر، يكصدا به استناد دلايل عقلى و نقلى متواتر، احتمال تحريف قرآن را مردود شمرده‌اند و همواره بر ثبات عقيده نخستينى كه قرآن بر آن تصريح دارد، پافشارى كرده‌اند، لکن سخن پوچى را فرقه‌اى تندرو موسوم به «اخباريون» مطرح ساخته‌ و با پذيرش ادعاى تحريف، با مخدوش ساختن قداست قرآن از روى بى‌مبالاتى، با برادران حشوى خود همداستان شده‌اند.

كميته يكسان سازى مصاحف در انجام مأموريت خود سه مرحله اساسى را طى كرد: 1. جمع آورى منابع صحيح براى تهيه مُصحف واحد و انتشار آن بين مسلمانان. 2. مقابله مصحف هاى آماده‌ شده با يكديگر. 3. جمع آورى مُصحف ها و يا صحيفه هايى كه قرآن در آنها ثبت شده بود از تمامى بلاد اسلامى و نابود كردن آنها، و بالاخره الزام همه مسلمانان به قرائت اين مُصحف و منع آنان از تلاوت مُصحف هاي ديگر؛ اما سهل انگاری خلیفه در انتخاب اعضای کمیته، و تسامح و عدم دقت از سوی اعضا، سبب پیدایش اختلاف در قرائت قرآن گردید.

از تعبيرات امام علي(ع) در خطبه 162 «نهج البلاغه» استفاده مى شود كه هدف «بنى اميّه» تنها استيلاى بر خلافت اسلامى نبود؛ بلكه آنها - كه تفاله هاى عصر جاهليّت بودند - كمر به محو اسلام بسته بودند و اگر فداكارى هاى شهيدان كربلا و بيدارى مسلمين نبود، امروز، نامى از اسلام باقى نمى ماند. تلاش معاويه براي دفن نام پيامبر(ص) كه روزي پنج بار در اذانها گفته مي شود و شعر يزيد در حضور اسراي كربلا شواهدي تاريخي براي اثبات اين مدعا هستند.

امام علي(ع) در پی شکایت مردم از خلیفه سوم و تقاضاي آنان براي پادر مياني به نزد عثمان رفته و نخست از علم و آگاهی او به احکام اسلامی در مورد رعایت حقوق مردم سخن می گوید؛ سپس به سوابق عثمان از جمله همنشینی با پیامبر(ص) و سابقه پیوند خویشاوندی با پیامبر(ص) اشاره می کند و براى بازگرداندن عثمان به مسير صحيح، تأكيد مي كند كه راه حق و عدالت روشن است و چشم او بينا؛ چرا از بى راهه مى رود و جان خود را به خطر مى افكند؟ ولى با تأسف فراوان هيچ يك از اين بياناتِ دلسوزانه و خيرخواهانه در او اثري نگذاشت و سرانجام شد آنچه نبايد مي شد.

به روايت «سلمان فارسى»، زمانی كه امام علي(ع) مورد بى مهرى مردم قرار گرفت، در خانه نشست و به جمع آورى قرآن پرداخت، و پس از اِتمام، آن را به مسجد آورد؛ در حالى كه مردم پيرامون ابوبكر گرد آمده بودند، به آنان گفت: بعد از مرگ پيامبر(ص) تاكنون به جمع آورى قرآن مشغول بودم، تمام آنچه بر پيامبر(ص) نازل شده است جمع آوري كرده ام. آن گاه يكى از سران گروه با ديدن آنچه امام(ع) فراهم كرده بود، گفت: به آنچه آورده اى نيازى نيست. امام(ع) فرمود: ديگر هرگز آن را نخواهيد ديد، و دیگر كسى آن را نديد.

پس از شهادت عده اي از حافظان قرآن در جنگ یمامه، ابوبکر از «زید بن ثابت» خواست تا قرآن را جمع آوری کند. زيد با وجود سنگينى كار، به ناچار آن را پذيرفت. وی در نخستين اقدام اعلام كرد: هر كس هر چه از قرآن نزد خود دارد، بياورد، لکن هيچ چيز را به عنوان قرآن نمى پذيرفت، مگر آن كه دو شاهد بياورد كه آنچه آورده جزء قرآن است. شاهد اول نسخه خطى، يعنى نوشته اى كه حكايت از وحى قرآنى داشته باشد. شاهد دوم شاهد حفظى، يعنى ديگران نيز شهادت دهند كه آن را از زبان پيامبر(ص) شنيده است. بدين كيفيت، زيد آيه ها و سوره هاى قرآن را جمع آورى كرد و آن را از پراكندگى نجات داد. سرانجام مروان - حاكم معاویه در مدینه - اين مُصحف را از ورثه حفصه گرفت و از بین برد.

امام علي(ع) درباره اسلام معاويه مي فرمايد: «سوگند به آن كس كه دانه را شكافته و انسانها را آفريده دشمنان ما اسلام را هرگز نپذيرفتند؛ بلكه در ظاهر تسليم شدند و كفر را در درون پنهان داشتند و هنگامى كه ياورانى بر ضد اسلام يافتند، آنچه را پنهان كرده بودند آشكار كردند». به تصريح امام(ع)، معاويه و يارانش هرگز اسلام را با دل و جان نپذيرفتند. در روايات اهل سنّت نیز اين موضوع ثابت شده؛ مثلا در تاريخ طبرى آمده: «روزى پيامبر(ص) اشاره به نقطه اى از اطراف خود كرد و فرمود: از اين سو مردى از امّت من مى آيد كه بر غير دين من محشور خواهد شد. ناگهان معاويه پيدا شد».

امام علي(ع) سه منبع درآمد داشتند؛ 1. سهم غنايم كه عايد همه سربازان مى شد؛ 2. خراج اراضى خراجيه كه متعلق به عموم مسلمانان بود؛ 3. نخلستان هایی که ساليان دراز به غرس درخت و تربيت نخل در آنها پرداخته بود و آنها را به صورت وقف خاص و عام درآورده بود و بخشي از آنها را براى فرزندان خود و آل ابى طالب و بنى هاشم و بخشى را به عنوان انفاق فى سبيل الله قرار داد.

ایشان در این باره می فرماید: «تو چنين پنداشتى كه من نسبت به خلفاء پيشين حسد ورزيدم و بر آنها ستم كردم اگر اين گونه باشد جنايتى بر تو نرفته است كه از تو عذرخواهى كنم [و ابداً به تو مربوط نيست به گفته شاعر:] اين عيبى است كه گَرد عارِ آن بر تو نمى نشيند». در واقع منظور امام(ع) اين است كه اگر من مشكلى با خلفا داشته ام بايد آنها يا فرزندان آنها مدعى شوند؛ اما تو كه از «طلقاء» هستى و در آخرين مرحله از روى ناچارى در «فتح مكّه» اسلام را پذيرا شدى، حق ندارى در اين موضوع وارد شوى.

امام علي(ع) به دو انگیزه او اشاره می کند؛ اول: داشتن افکار زنانه که طلحه و زبیر به آسانی توانستند احساساتش را تحریک کرده و فکر او را بدزدند و او را با خود همراه سازند. دوم: او کینه هایی از امام(ع) در سینه داشت که بسیار پر جوش و خروش بود تا آنجا که به او اجازه نمی داد در عواقب این کار درست بیندیشد، در واقع انگیزه او هرگز دفاع از خون عثمان نبود؛ چرا که خودش در آن شرکت داشت؛ بلکه هدفش تحریک مردم بر ضد امام(ع) بود.