تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

انتساب عقيده‌اى به گروهى به دليل نقل روايت - بى‌آنكه بر آن تصريح كرده و پذيرفته باشند - كارى نادرست است؛ زيرا نقل حديث مادامى كه ناقل آن بر صحّت روايت تعهدى نسپرده و به مفاد آن ملتزم نشده به تنهايى نمى‌تواند از عقيده ناقل آن حكايت كند. به‌علت غفلت از اين نكته است كه به جماعتى از بزرگان نظير «محمد بن‌يعقوب كلينى» و «على بن‌ابراهيم قمى» و «محمد بن‌مسعود عياشى» نسبت تحريف داده‌اند؛ با اين استدلال كه اينان در كتاب‌هاى حديثى خود، رواياتى آورده‌اند كه برحسب پندار مدّعيان بر وقوع تغيير در قرآن دلالت دارد. حال آنكه چنين نسبتى جاهلانه و سخت بى‌بنياد و از نظر روش تحقيق مردود است.

«ضرورت تواتر قرآن»، يكى از دلايل دفع شبهه تحريف است؛ به این معنی که شرط پذيرفتن قرآن، چه در كلّ و چه در بعض، متواتر بودن آن است. از اين رو، آنچه در زمينه تحريف گفته اند كه فلان كلمه يا فلان جمله از قرآن بوده، چون با نقلِ آحاد، روايت شده قابل قبول نيست، و اين اصل يكى از مسائل ضرورى اسلام و مورد اتفاق علماست و اساسا خبر واحد در مسايل اصولى و كلامى فاقد اعتبار است. علّامه حلّى، در این زمينه مى نويسد: «اِتّفاق علما بر آن است كه هر چه از قرآن متواترا به ما رسيده است حجّت و در غير اين صورت فاقد اعتبار است و ...».

قرآن منبع اصلی استنباط «عقیده» و «عمل» شیعه است. شیعه معتقد است قرآن تنها کتابى است که سراسر آن صحیح است و غیر از قرآن، همه کتاب ها بدون استثنا قابل نقد و بررسى هستند. از نظر شیعه اگر اختلافى در مسأله اى رخ داد، حَکَم و داور در مورد آن مسأله قرآن است. شیعه تمام طعنه زنندگان بر قرآن از هر مسلکی را نقد می کند؛ از نظر شیعه رد و تکذیب قرآن و طعن زدن در دین از نشانه های ارتداد می باشد.
امّا اهل سنت روایات صحابه را بی چون و چرا می پذیرند و گاهی آن را بر قرآن ترجیح می دهند. حتّی بعضی از اهل سنت در مواجهه با قرآن به حدی آن را بی اعتبار کردند که «خبر واحد» را مهمتر از قرآن و نسخ کننده حکم آن می دانند؛ برای مثال خبر واحد ابوبکر را در ارث انبیاء بر قرآن ترجیح می دهند!
اگر شیعه به روایات اهل بیت توجه می کند به خاطر این است که آنها بهترین مفسر قرآن به شمار می روند. از نظر شیعه ثقل اصغر یا همان اهل بیت(ع) قرآن ناطق و مفسّر حقیقی قرآن می باشند و هر آنچه اهل بیت بیان می کنند بر گرفته از قرآن و سنت پیامبر(ص) است؛ لذا این دو از یکدیگر جدا نیستند تا شیعه بخواهد به یکی توجه کند و به دیگری بی توجه باشد.

از جمله دلايل محكمى كه شبهه تحريف را از اساس باطل مى‌سازد «ضرورت تواتر قرآن» در مجموع و در سوره‌ها و آيات و جملات تركيبى و كلمات و حروف و حتى در قرائت و تهجّى آن است. چنانكه در بحث قرائات این بحث مطرح است كه تنها قرائت صحيح همان قرائت مشهور و متداول مسلمانان است كه بر قرائت عاصم به روايت حفص منطبق است و به تواتر ثابت شده است.

از جمله دلايلى كه با احتمال تحريف در قرآن منافات دارد و انديشوران آن‌را محكم‌ترين دليل بر نفى تحريف داشته‌اند، جنبه «اعجاز» قرآن است كه بر آن تحدى شده است. لذا احتمال فزونى در قرآن، باطل و مردودى است. زيرا لازمه آن اين است كه بشر مى‌تواند يك سوره كامل و شبيه قرآن در تمام جهات فصاحت و بلاغت آن عرضه نمايد، حال آنكه خداوند متعال مى‌فرمايد: «قُلْ لَئِنِ اجْتَمَعَتِ الإِنْسُ وَ الْجِنُّ عَلى أَنْ يَأْتوا بِمِثْلِ هذَا الْقُرْآنِ لايَأتونَ بِمِثْلِهِ وَ لَوْ كانَ بَعْضُهُمْ لِبَعْضٍ ظَهيرآ»، «أَمْ يَقولونَ افْتَراهُ قُلْ فَأْتوا بِعَشْرِ سُوَرٍ مِثْلِهِ مُفْتَرَياتٍ» و ... اين گونه تحدى آشكار هرگونه ادعا در مورد زيادى در سور و آيات قرآنى را بى‌اساس مى‌سازد همچنان كه احتمال تبديل را رد مى‌كند.

مصادر فقهی ابوحنیفه: 1- قرآن ۲- سنت ۳- قول صحابه ۴- قیاس ۵- استحسان 6- اجماع ۷- عرف.
مصادر فقهی مالک: کتاب 2- سنّت 3- عمل اهل مدینه 4- فتواى صحابى 5- قیاس 6- مصالح مرسله 7- اجماع 8- استحسان.
مصادر فقهی احمد بن حنبل: قرآن 2- سنت 3- قول صحابه و فقها 4- قیاس 5- اجماع 6- مصالح مرسله 7- سد الذرائع.
مصادر فقهى شافعی: 1- قرآن 2- سنّت 3- اجماع 4- قیاس 5- خبر واحد.

علماى بزرگ شیعه در طول تاریخ از عقیده به تحریف تبرّى مى جستند، مثل فضل بن شاذان، مرحوم صدوق، شیخ مفید، سید مرتضى، علامه حلّى، مرحوم طبرسی و... . و اگر سخنی از تحریف گفته شده باشد در میان شیعه جایگاه معتبری ندارد.

عده اي خواسته اند ثابت كنند كه مهدي(عج) همان عيسی بن مريم(ع) است؛ اما باید گفت: احادیث، مهدى موعود(عج) را از ذريه رسول خدا(ص) دانسته اند و حديث «و لا مهدى الا عيسى بن مريم» مورد نقد و اشکال علما است و كسي به آن استناد نكرده است. در برخی روایات مهدی از اولاد فاطمه(س) ذکر شده است كه متواتر هستند و حديث «و لا مهدى الا عيسى بن مريم» بر فرض صحت سند، خبر واحد است و هنگام تعارض، خبر متواتر بر آن مقدم مي شود.

روایات سهوالنبی با «ادله عقلی» مبنی بر عصمت ایشان از هر گونه خطا سازگاری ندارد، چرا که بدون عصمت کامل و همه جانبه: «جلب اعتماد» مردم و اتمام حجت بر آنها ممکن نیست؛ «نقض غرض» پیش می آید و الگوگیری، اطاعت و در نتیجه هدایت مردم محقق نخواهد شد؛ اجتماع ضدين لازم مى آيد؛ اغراى به جهل و تشويق به خطا از طرف خدا پیش می آید که از ذات باری تعالی قبیح است.
این روایات طبق «معیار های علم حدیث» نیز مورد پذیرش قرار نمی گیرد، چرا که: این روایات خبر واحد هستند و در مسائل اعتقادی حجت نیستند؛ در متن این روایات تناقض وجود دارد و نمی توان آنها را پذیرفت؛ در مقابل این روایات عمومات و رواياتي وجود دارد كه وقوع هر گونه سهو و نسياني را از پيامبر نفی می كند.