آری بیان قرآن کریم درباره «فرعون»، «مصر» و «بنی‌اسرائیل» با گزارش‌های تاریخی سازگاری ندارد، لکن منشاء این امر عدم واقع‌گرایی قرآن نیست؛ بلکه دلیل آن این است که وقایع تاریخى مصر باستان به جهت آنكه مایه رسوایى فراعنه مصر مى‌شد، نادیده انگاشته شده و در گزارشات تاریخی منعکس نگردیده و یا حقایق واژگون گشته و رسوایی‌ها تبدیل به نام نیك گشته و به پاى تاریخ نوشته شده است.

برخی از این اشکالات نابجا که مستشرقین بر قرآن کریم گرفته‌اند ناشی از بیگانه بودن‌شان با قرآن کریم و برخی هم به دلیل ناآشنایی با تاریخ و جغرافیای منطقه است. مثلا گمان کرده‌اند كه در مصر باستان، گماردن يهوديان به پست وزارت، بى سابقه است، ليكن از اين حقيقت بى‌خبرند كه يوسف قرنها پيش از يهوديان مى‌زيسته است. یا مثلا نمی‌دانند علت تقديس عُزَير از سوي يهوديان و دادن لقب «پسر خدا» به او، بيانگر بزرگداشت عزير است نه اينكه واقعاً وى را پسر خدا بدانند. و ...

حضرت یوسف(ع) به دلیل خواب عجیبش نظر تیزبین پدرش یعقوب پیامبر(ع) را به خود جلب کرد. اين موضوع باعث محبت زياد پدر به يوسف(ع) و در آغوش كشيدن و نوازش او شد و اين رفتارها موجب حسادت برادرانش شد و لذا تصميم گرفتند او را بكشند؛ اما با وساطت بعضى از برادران، قتل يوسف(ع) انجام نشد؛ ولى باعث تبعيد او به سرزمينهاى دور گرديد، گرچه اين تبعيد، يعقوب(ع) را به خاطر شدت گريه نابينا كرد؛ امّا مقدّمه عظمت يوسف(ع) و فرمانروايى او را بر كشور مصر فراهم كرد.

اذهاب رجس و تطهیر در این آیه، به معنی «دفع و پیشگیری» است، نه به معنی «رفع و ازاله» رجس موجود. هر مسلمانی که آیه «اهْدِنَا الصِّراطَ الْمُسْتَقیمَ» را می خواند، معنی اش این نیست که گمراه است و از خدا طلب هدایت می کند؛ بلکه طلب از دست ندادن هدایت یا استمرار و تثبیت آن یا افزایش آن است. ضمن اینکه امام حسن(ع) و امام حسین(ع) هنگام نزول آیه خردسال بوده‌اند و گناهی نداشتند تا رفع شود! همچنین پیامبر(ص) نیز قبل از نزول آیه معصوم بوده است. پس نمی توان اذهاب را بمعنی «رفع و ازاله» رجس دانست.

امام علی(ع) درباره اهمّيّت «تقوی» می فرماید: «به سرعت گوش خود را به دعوت تقوی بسپاريد و به دنبال آن برخيزيد و به تهيّه مقدّمات آن بپردازيد و اگر تقوی داشته باشيد از دست رفتن سرمايه هاى دنيا غمى ندارد و تقوی در برابر مخالفان مدافع شماست، خواب خود را با تقوی به بيدارى مبدّل سازيد، و روز خود را با آن طى كنيد، قلوب خود را با آن همراه نماييد، گناهان خويش را با آن شستشو دهيد، و بيمارى هاى جان و دل را با آن مداوا كنيد، به وسيله تقوی بر مرگ خود پيشى گيريد، از كسانى كه تقوی را بر باد دادند عبرت بگيريد، تقوی را حفظ كنيد و خويشتن را نيز در پرتو آن محافظت نماييد».

اسامى سوره ها مانند تعداد آيات هر سوره، «توقيفي» است، و با صلاح ديد شخص پيامبر(ص) نام گذارى شده است. بيشترِ سوره ها يك نام دارد و برخى دو يا چند نام. اين نام گذارى‌ها، طبق شيوه عرب با كوچك ترين مناسبت انجام مى گرفته است. مانند: سوره حمد با نام هاي «فاتحة الكتاب»، «امّ الكتاب» و «السّبع المثانى» نام گذاری شده است. «جلال الدين سيوطى» بيش از بيست نام براى اين سوره آورده است. از سویی نام هر يك از سوره ها براى آن سوره عَلَم شده، و اگر با يكى ديگر از اسباب منع صرف جمع شود «غير منصرف» خواهد بود.

سجده برای غیر خدا جایز نیست و روایات مختلفی در توضیح این سجده ها آمده است. به عنوان مثال در یک روایت چنین آمده است: چون اين سجده ها به امر خدا بوده؛ سجود براى خدا محسوب مى شوند.

سجده به معنى پرستش و عبادت، مخصوص خدا است، و پرستش در هر مذهبى، مخصوص خداوندست و سجده بر حضرت  یوسف(ع)، در عین این که براى خدا بوده، به خاطر عظمت و موهبت یوسف(ع) انجام گرفته است. از سویی تجلیل و احترام براى او نیز محسوب مى شود، همانند داستان حضرت آدم(ع). هم چنین ممکن است مقصود از سجده، مفهوم وسیع آن، یعنى خضوع و تواضع است، همچنان که بعضى از مفسران گفته اند، تحیت و تواضع متداول آن روز، خم شدن و تعظیم بوده است. لکن معنى اوّل، نزدیک تر به نظر مى رسد.
 

حضرت علی(ع) پس از ضربت خوردن و ديدن بی تابی دخترانشان فرمودند: «اگر مي‏ديدي آنچه را كه من ديدم، گريه نمي ‏كردي. عرض كرد شما چه مي ‏بيني؟ فرمود: مي ‏بينم كه صفوف ملائكه و انبيا(ع) همه منتظرند كه من بروم و براي استقبال از من صف بسته‏ اند؛ اينكه گريه ندارد!». امام حسين(ع) در سفر كربلا مي فرمايد: «خيلي مشتاق ديدار اجداد و پدر و برادرم هستم؛ همان‏طور كه يعقوب مشتاق ملاقات يوسف بود». رسول خدا(ص) در اواخر عمر خود به حضرت علي(ع) فرمود: «وقتي غسلم دادي و كفن كردي مرا بنشان و هر چه خواستي بپرس و يادداشت كن».

از ديدگاه قرآن، مسأله «معاد» از مسائلى است كه هميشه از زمان خلقت آدم(ع) در متن دعوت انبياء قرار داشته و در هر عصر و زمانى از سوى رسولان الهى تأكيد شده و همه اقوام با آن آشنايى داشته اند. مثلا مسيح(ع) در گاهواره به سخن درآمد كه: «سلام [خدا]، بر من در آن روز كه متولد شدم و آن روز كه مى ميرم و آن روز كه برانگيخته مى شوم». شعيب(ع) وقتى به نبوت رسيد فرمود: «اى قوم من! خدا را بپرستيد و به روز باز پسين اميدوار باشيد». يوسف(ع) نيز به قوم خود گفت: «من آيين قومى را كه ايمان به خدا ندارند و به سراى ديگر كافرند ترك گفتم».