تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

اولا: این حدیث بنا بر راست آزمایی های سندی خود اهل سنت با چالش های جدی در وثاقت بعضی از راویان آن مواجه است.

ثانیا: حق انتخاب خلیفه پیامبر به تصریح قرآن، بیانات نبوی و دلایل عقلی منحصر در خدا و رسول خدا است و اجماع جایگاهی در آن ندارد. چون امامت و مقام جانشینی پیامبر صرفا اموری اجتماعی و سیاسی نیستند و سویه های معنوی چون تکامل اخلاقی جامعه و پاسداری از شریعت را نیز شامل می شوند و بدیهی است احراز صلاحیت اشخاص برای تصدی چنین مقامی فقط در حوزه علم الهی و پیامبر اوست و با اجماع کشف و اثبات نمی گردد.

ثالثا: گزارش های تاریخی از نزاع ها، تهدیدها و اجبارهایی که در سقیفه روی داد، نشان می دهد اجماعی به صورت حقیقی پدید نیامده است. هم در جریان سقیفه و هم در بعد از آن، اشخاص برجسته ای از مهاجرین و انصار مخالف خلافت ابوبکر بودند. به همین دلیل نیز حاکمان به قدرت رسیده در سقیفه دست به دامان قبیله ای به نام بنی اسلم شدند و در قبال باج دادن به آنها، قدرت قهریه شان را برای گرفتن بیعت اجباری از مردم به خدمت گرفتند.

رابعا: اگر این قاعده درست هم باشد، هنگام به قدرت رسیدن خلیفه دوم از آن قاعده تخطی شده است. زیرا او با وصیت خلیفه اول به قدرت رسید نه در اجتماع و با اجماع. امری که موجب اعتراض بسیاری از مسلمانان اعم از مهاجرین و انصار و بزرگان صحابه و اهل شام بود.

اولا: ابلاغ پیام غدیر به آیندگان، دستور پیامبر است و شیعه از دستور پیامبر پیروی می کند.

ثانیا: شناخت امام مانند شناخت پیامبر اهمیت دارد و اگر کسی پیام غدیر را قبول کند از مکتب و تفسیر و روایت امام علی(ع) و سایر امامان اهل بیت(ع) تبعیت خواهد کرد.

ثالثا: بحث از غدیر نه تنها اختلاف آور نیست، بلکه حل کننده اختلاف است و مشخص می شود شیعه برای عقاید خود دلیل دارد و از دشمنی هایی که به خاطر تهمت مخالفان وحدت ناشی شده کاسته می شود.

رابعا: اگر این بحث فایده ای ندارد، پس دلیلی برای نگرانی علمای اهل سنّت از ذکر داستان غدیر وجود ندارد!

قرآن منبع اصلی استنباط «عقیده» و «عمل» شیعه است. شیعه معتقد است قرآن تنها کتابى است که سراسر آن صحیح است و غیر از قرآن، همه کتاب ها بدون استثنا قابل نقد و بررسى هستند. از نظر شیعه اگر اختلافى در مسأله اى رخ داد، حَکَم و داور در مورد آن مسأله قرآن است. شیعه تمام طعنه زنندگان بر قرآن از هر مسلکی را نقد می کند؛ از نظر شیعه رد و تکذیب قرآن و طعن زدن در دین از نشانه های ارتداد می باشد.
امّا اهل سنت روایات صحابه را بی چون و چرا می پذیرند و گاهی آن را بر قرآن ترجیح می دهند. حتّی بعضی از اهل سنت در مواجهه با قرآن به حدی آن را بی اعتبار کردند که «خبر واحد» را مهمتر از قرآن و نسخ کننده حکم آن می دانند؛ برای مثال خبر واحد ابوبکر را در ارث انبیاء بر قرآن ترجیح می دهند!
اگر شیعه به روایات اهل بیت توجه می کند به خاطر این است که آنها بهترین مفسر قرآن به شمار می روند. از نظر شیعه ثقل اصغر یا همان اهل بیت(ع) قرآن ناطق و مفسّر حقیقی قرآن می باشند و هر آنچه اهل بیت بیان می کنند بر گرفته از قرآن و سنت پیامبر(ص) است؛ لذا این دو از یکدیگر جدا نیستند تا شیعه بخواهد به یکی توجه کند و به دیگری بی توجه باشد.

1. پیامبر(ص) سواد نوشتن نداشت، امّا كاتب داشتند و برخوردار نبودن از سواد دلیل بر عدم امکان نگارش نبود؛ چون معنای سخن ایشان در این حدیث امر به نوشتن است.
2. این حدیث توسط اهل سنّت نیز نقل شده و سند آن در منابع آنان نیز صحیح است.
3. پیامبر بارها به خلافت امام علی(ع) سفارش کرد و در جریان این حدیث می خواست به آن تاکید کند.
4. بعد از این جریان باز هم پیامبر اقداماتی مشهود و صریحی در راستای هدف آن حدیث انجام رساند و برای مثال کوشید مخالفان علی(ع) را با سپاه اسامه خارج از شهر کند.
5. وصیت به خلافت علی(ع) در حدیث قلم و قرطاس، می توانست با وجود سفارشات قبلی، نشان از اهمیت آن باشد.
6. علی(ع) بخاطر تبعیت از پیامبر و جلوگیری از نزاع نزد ایشان سکوت کرد.
7. اینکه پیامبر اصحاب را بیرون کرد نشان می دهد توهینی صورت گرفت و همین مانع نوشتن شد.
8. از «نص روایت» چنین بر می آید که پيامبر وقتی نتوانست وصيت بنويسد، آشوبگران را از خانه بيرون کرد و از نزاع موجود ناراحت بود.
9. به هر حال اراده پيامبر محقق نشده است و این عین گمراهی برای مانعان آن است؛ امّا حساب نوع مردم مستضعف از خائنين جداست.

شیعه معتقد است حدیث امامان معصوم(ع) حدیث پیامبر(ص) و عین سنّت ایشان است. شیعه در نیل به سنّت صحیح پیامبر به آنها اعتماد دارد، چون آنها مصداق آیه «تطهیر» هستند؛ یعنی آنها در تلقی، درک و انتقال صحیح سنت نبوی معصوم هستند. همچنین آنها مصداق واقعی «اهل الذکر» و صاحبان حقیقی علم و باب علم نبوی هستند: «انا مدینة العلم و علی بابها».

از طرفی امامان اهل بیت مصداق «ثقلین» هستند، لذا سنّتشان در کنار کتاب خدا و سنّت رسول خدا حجّت است. پیامبر(ص) در حدیث ثقلین از مسلمانان خواسته است که به قرآن و عترت او تمسک جویند تا گمراه نشوند. پیامبر(ص) بخش عظیمی از حقایق و معارف قرآن را برای مردم بیان کرد، ولی بخش دیگری را که شرایط بیان آنها فراهم نبود، یا مصلحت این بود که در زمان های بعد بیان شود را به عترت معصوم خود سپرد تا آنان بیانش کنند.

شیعه مروّج اصلی سنت پیامبر(ص) می باشد؛ چرا که شیعه بعد از رحلت پیامبر(ص) هرگز نقل احادیث پیامبر را ممنوع نکرد و پیوسته به احادیث ایشان برای فهم بهتر اسلام و قرآن تمسک می کرد. امّا در مقابل اهل تسنّن مدتها نقل احادیث پیامبر را ممنوع اعلام کردند و شعار آنها این بود که: «حَسْبُنا كِتابُ الله‏»؛ (کتاب خدا برای ما کافی است)، غافل از اینکه کتاب خدا را باید با سنت پیامبر(ص) و راهنمایی اهل بیت(ع) تفسیر کرد.

حدیثی که عبارت «اهل بیتی...» در آن آمده حدیثی صحیح است که در صحیح مسلم از زید بن ارقم نقل شده و دارمی و ترمذی نیز آن را نقل کرده اند. سند این روایت در کمال اتقان است؛ زيرا ناقلان آن مؤلّفان صحاح و سنن مى باشند که از اعتبار خاصى برخوردارند. اما روايتى که به جاى «اهل بيتى» لفظ «سنتى» در آن آمده، حديثى مجعول است که، یا به صورت مرسل نقل شده و یا در اسناد آن روایانی ضعیف وغیرقابل اعتماد و متهم به کذب وجود دارند.

در قرآن آیاتی وجود دارد که بر مصون بودن قرآن از تحریف دلالت دارد، مثل آیه حفظ: «إنا نحن نزّلنا الذکر وإنا له لحافظون»، آیه نفى باطل: «لایأتیه الباطل...»، آیه جمع و قرائت قرآن: «إنّ علینا جمعه و قرآنه...».

روایات اهل بیت(ع) نشان مى دهد که آنان قرآن موجود در میان مسلمانان را همان کتاب خدا مى دانستند که بر پیامبرش نازل شده است، بدون افزایش و کاهش. مثلا امام علی(ع) می فرماید: «کتاب خدا (بدون تحریف) میان شماست و گویاست و زبان قرآن کُند و ناتوان نمى شود». و امام جواد(ع) می فرماید: «حروف قرآن را برپاداشتند ولی حدود آن را تحریف کردند».

عده زیادى از سلفى ها بسیارى از امور را تنها به این دلیل که در زمان صحابه و تابعین نبوده است، بدعت مى شمارند. ولی باید گفت معیار در تشخیص بدعت از سنت، رجوع به ثقلین است. بنابراین اگر چیزى از قرآن و سنت دلیل دارد که جزء دین است بدعت نیست، و گذشتگان هم مأمور بودند که از ثقلین پیروى کنند؛ پس موافقت و مخالفت آنان ملاک حق و باطل نیست.