حضرت علی(ع) در آن مجلس بعد از پدید آمدن نزاعی که خلیفه دوم با کلام توهین آمیز خود ایجاد کرده بود، با هماهنگی و توجه به وضعیت و نظر پیامبر خدا(ص) به وصیت پیامبر(ص) عمل نکرد تا از اهانت های بیشتر به آن جناب و شدیدتر شدن اختلاف و نزاع بین اصحاب رسول خدا(ص) پیش گیری کرده باشد. چنانکه رسول خدا(ص) خود نیز بعد از پیش آمدن آن وضعیت، خطاب به نزاع کنندگان فرمود: «برخیزید و از نزد من بروید»؛ که نشان از ناراحتی ایشان از وضعیت پیش آمده است.

شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

اولاً: حوادث پس از رحلت پیامبر(ص) مثل سقیفه نشان داد تنها تصریح لفظی برای تسلیم مسلمانان در برابر اوامر آن حضرت کافی نبود. ثانیاً: نوشتن یک مطلب برای تأکید، دلالت ندارد که نویسندۀ آن مطلب قبلاً به طور شفاهی آن را متذکر نشده باشد. ثالثاً: حجة الوداع فرصتی استثنایی برای پیامبر(ص) بود که از آن برای معرفی جانشین خویش استفاده کنند و بهانه بدست کسانی که شاید نوشتار آن حضرت را هرگز نبینند، ندهند. مضافاً بر اینکه ابلاغ ولایت امیرالمؤمنین(ع) توسط پیامبر(ص) در غدیر خم دستور صریح خداوند متعال بود.

پیامبر(ص) در مناسبت هاى مختلف، در باره رهبرى آینده امّت اسلامی، سخن می گفت و علی(ع) را به عنوان جانشین برگزیده خدا معرفی می کرد، اوج این معرّفى و ابلاغ، در «حَجّة البلاغ» و به تعبیر دیگر «حَجّة الوداع» در «غدیر خم» بوده است و آخرین تدبیر ایشان، درخواست دوات و کاغد، برای املای وصیت مکتوب در مسئله خلافت، جهت جلوگیرى از انحراف امّت بود.

چون بیمارى پیامبر(ص) شدت یافت، فرمود: کاغذى بیاورید تا چیزى برایتان بنویسم که پس از آن هرگز گمراه نشوید. برخى از حاضران مانع اجراى این دستور شدند. بخارى در چند جا از صحیح خود آن را نقل کرده، از جمله از ابن عباس نقل مى کند: چون بیمارى پیامبر(ص) شدت یافت، فرمود: «کاغذى بیاورید تا چیزى برایتان بنویسم که پس از آن هرگز گمراه نشوید». عمر گفت: بیمارى بر پیامبر(ص) چیره گشته، کتاب خدا نزد ماست و براى ما بس است. اختلاف و گفتگو زیاد شد. حضرت فرمود: «از پیش من برخیزید، سزاوار نیست نزد من نزاع کنید.

1. پیامبر(ص) سواد نوشتن نداشت، امّا كاتب داشتند و برخوردار نبودن از سواد دلیل بر عدم امکان نگارش نبود؛ چون معنای سخن ایشان در این حدیث امر به نوشتن است.
2. این حدیث توسط اهل سنّت نیز نقل شده و سند آن در منابع آنان نیز صحیح است.
3. پیامبر بارها به خلافت امام علی(ع) سفارش کرد و در جریان این حدیث می خواست به آن تاکید کند.
4. بعد از این جریان باز هم پیامبر اقداماتی مشهود و صریحی در راستای هدف آن حدیث انجام رساند و برای مثال کوشید مخالفان علی(ع) را با سپاه اسامه خارج از شهر کند.
5. وصیت به خلافت علی(ع) در حدیث قلم و قرطاس، می توانست با وجود سفارشات قبلی، نشان از اهمیت آن باشد.
6. علی(ع) بخاطر تبعیت از پیامبر و جلوگیری از نزاع نزد ایشان سکوت کرد.
7. اینکه پیامبر اصحاب را بیرون کرد نشان می دهد توهینی صورت گرفت و همین مانع نوشتن شد.
8. از «نص روایت» چنین بر می آید که پيامبر وقتی نتوانست وصيت بنويسد، آشوبگران را از خانه بيرون کرد و از نزاع موجود ناراحت بود.
9. به هر حال اراده پيامبر محقق نشده است و این عین گمراهی برای مانعان آن است؛ امّا حساب نوع مردم مستضعف از خائنين جداست.

شواهد و قرائن بسیاری دلالت دارد بر اینکه آنچه پیامبر(ص) می خواست در آخرین لحظات عمر شریف خود به نگارش در آورد مطلبی دربارۀ خلافت و جانشینی بعد از خود بوده است و روایت ابن عباس از قول عمر شاهدی است بر این ادعا؛ « ابن عباس می گوید عمر به من گفت: رسول خدا(ص) خواست علی(ع) را در هنگام بیماریش به خلافت بر گزیند ولی من مانع شدم. چه می شود کرد، خدا چنین نمی خواست، آیا هرچه را رسول خدا اراده نمود انجام شد...».

عمر بن خطاب در مناظره با ابن عباس به این جریان اعتراف کرده و گفته: «... اى عبدالله! آیا در نفس علىّ چیزى از امر خلافت است؟ گفتم: آرى. گفت: آیا او گمان مى کند که رسول خدا(ص) بر او نصّ کرده است؟ گفتم: آرى، و زیادتر از آن بگویم، از پدرم راجع به آنچه که على(ع) ادّعا مى کند سؤال کردم، فرمود: راست مى گوید... آن گاه عمر گفت: پیامبر(ص) در مرضش اراده کرد تا تصریح به نام على کند من از آن جلوگیرى کردم...».

از ابن عباس نقل شده: وقتی بیماری پیامبر(ص) شدت یافت، فرمود: «کاغذ و قلم بیاورید تا نوشته ای بنگارم که با داشتن آن هرگز گمراه نخواهید شد». عمر گفت: «بیماری بر پیامبر(ص) غالب آمده، کتاب خدا ما را بس است». مسلم بدون اینکه نامی از گوینده جسارت ببرد، واژه هذیان را به کار برده. ابن ابی الحدید: این حدیث را بخاری و مسلم در صحیح خود ذکر کرده اند، وهمه محدثان در صحت آن اتفاق دارند. سعید بن جبیر آنرا از ابن عباس نقل کرده و جسارت را به شخصی غیر از عمر نسبت داده بدون اینکه نامی از او ببرد.