حضرت علی(ع) در آن مجلس بعد از پدید آمدن نزاعی که خلیفه دوم با کلام توهین آمیز خود ایجاد کرده بود، با هماهنگی و توجه به وضعیت و نظر پیامبر خدا(ص) به وصیت پیامبر(ص) عمل نکرد تا از اهانت های بیشتر به آن جناب و شدیدتر شدن اختلاف و نزاع بین اصحاب رسول خدا(ص) پیش گیری کرده باشد. چنانکه رسول خدا(ص) خود نیز بعد از پیش آمدن آن وضعیت، خطاب به نزاع کنندگان فرمود: «برخیزید و از نزد من بروید»؛ که نشان از ناراحتی ایشان از وضعیت پیش آمده است.

شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

اولا: همه صحابه در برابر غصب خلافت سکوت نکردند؛ چنانکه در جمع سقیفه تعدادی از صحابه حضرت علی(ع) را شایسته خلافت معرفی کردند. خارج از جمع سقیفه نیز چهره های از مهاجرین و انصار و بنی هاشم با خلافت ابوبکر مخالفت کردند که بارزترین آنها چهره هایی مانند عباس بن عبدالمطلب، فضل بن عباس، زبیر بن عوام، خالد بن سعید، مقداد بن عمرو، سلمان فارسی، ابوذر غفاری، عمار یاسر، براء بن عازب و ابی بن کعب بودند. زبیر بن عوام نه تنها با تصمیمی که در سقیفه گرفته شد مخالفت کرد بلکه به روی سران سقیفه شمشیر نیز کشید. از آن جالب تر اینکه برخی از مورّخین اهل تسنن می گویند که سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، و هشت نفر دیگر از بزرگان مهاجر و انصار تصمیم داشتند هنگام اولین سخنرانی ابوبکر بعد از سقیفه در مسجد او را از بالای منبر به زیر آورند و بکشند.
ثانیا: اعتراض آنها بنا به دلایلی ره به جایی نبرد؛ چرا که کینه هایی که برخی قریشیان از حضرت علی(ع) به دل داشتند مانع پشتیبانی آنها از ایشان می شد. از طرفی ساختار قبیله ای جامعه شبه جزیره که در آن هر قبیله ای دنبال سهم خواهی از قدرت با نفوذ در دستگاه خلافت بود، امکان سپردن جانشینی رسول خدا را از حضرت علی(ع) سلب کرد. در این میان عموم مردم به تهدید یا تطمیع از میدان به در شدند و عده ای قلیل که هنوز در برابر توطئه سقیفه مقاومت می کردند باقی ماندند که از آنها هم کاری ساخته نبود.

اولا: از روایات استفاده مى شود که خلافت رسول خدا(ص)، امرى الهى است که زمام آن بالاصاله به مردم واگذار نشده است؛ رسول خدا(ص) به صراحت در برابر کسانی که تقاضای سهم و جانشینی در حکومت داشتند، فرموده است: «إنَّ الْمُلْكَ لله، يَجْعَلُهُ‏ حَيْثُ‏ يَشَاء» و فرموده: «الْأَمْرُ إلَى اللَّهِ، يَضَعُهُ حَيْثُ يَشَاءُ». با وجود نص الهی پیامبر(ص) بر خلافت امام علی(ع)، انتخاب ابوبکر اجتهاد در برابر نص است؛ این در حالی است که آیات قرآن به صراحت از واجب الاطاعه بودن دستورات پیامبر خبر می دهند: «يا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَطِيعُوا اللَّهَ وَ أَطِيعُوا الرَّسُولَ وَ أُولِي‏ الْأَمْرِ مِنْكُمْ‏».
ثانیا: ابوبکر هرگز با اجماع صحابه و در یک روند دمکراتیک انتخاب نشد، بلکه در زمان انتخاب او بسیاری از صحابه حضور نداشتند؛ بسیارى از اصحاب به دستور پیامبر(ص) در سپاه اسامه بوده؛ برخی خبر وفات پیامبر(ص) را دریافت نکرده بودند؛ از انصار کسى جز رهبرانشان حضور نداشت؛ از مهاجرین جز سه یا چهار نفر در سقیفه حضور نداشتند و افراد سرشناسی مانند: امام على(ع)، ابن عباس، مقداد، سلمان، ابوذر، عمار، مشغول تجهیز و دفن پیامبر(ص) بودند. علاوه بر آن بسیاری از بزرگان صحابه، در موارد گوناگون مخالفت خود را با این خلافت اعلام کردند. ضمن اینکه توجه به نقش قبیله بنی اسلم و استفاده از آنها برای فشار آوردن به مردم مدینه برای بیعت اجباری، دموکراتیک بودن این خلافت را زیر سؤال می برد.

منظور از شناخت امام، لزوما رؤیت با چشم و اطلاع از مکان دقیق ایشان نیست، بلکه مراد شناخت خصوصيات امام و مشخص ساختن آنها در یک فرد است. آن گاه به دنبال ايشان رفته و آن حضرت را رهبر خود قرار دهيم. ما امروزه و از پس قرن ها و با استمداد از منابع تاریخی و آموزه های دینی، رسول خدا(ص) و اوصاف ایشان را می شناسیم و با سیر حیات، چگونگی مبعوث شدن، مراحل دعوت و سخنان و احکام و دستورهای ایشان آشناییم و بر اساس همین شناخت و با استدلال های عقلی به رسالت و حقانیت شان ایمان آورده ایم. ما معتقدیم که ائمه اهل بیت(ع) را نیز از همین راه می توانیم بشناسیم. وقتی از منابع تاریخی و احادیث رسول اکرم(ص) به جزئیاتی راجع به شناخت امام زمان(عج) برمی خوریم و مثلا می بینیم که می فرماید که: «مهدی از فرزندان من است اسم او اسم من و کنیه او کنیه من است، از نظر اخلاق و رفتار شبیه ترین مردم به من است»، با توجه به این شواهد می توانیم به وجود چنین امامی با چنین اوصافی علم و ایمان پیدا کنیم.

محدوده علم پیامبران مقید به اراده الهی یا منوط به امور مرتبط با هدایت بشر یا محدود به اصولی کلی است. بنابراین می توان گفت اطلاع از امور ناگوار در محدوده تعریف شده برای علم آنها نیست. علاوه بر آن پیامبران وظیفه نداشتند همه جا طبق علومى که از راه هاى غیر عادی حاصل شده عمل کنند و انجام امور زندگی شان طبق علومى بود که از راه های عادى پیدا می شد. این هم زمینه برخورداری شان از ثواب را فراهم می کرد و هم امکان الگوگیری را برای مردمان عادی فراهم می کرد؛ بدون مواجهه با سختی های عمومی یک زندگی معمولی به عنوان انسانی عادی، الگوگیری از آنها نقض می شد.

منابع معتبر پنهان ماندن مرقد مطهر امام علی(ع) در مقطعی از تاریخ را بنابر وصیت خود حضرت و به جهت مصون ماندن از هتاکی های وحشیانه عمال و مزدوران بنی امیه می دانند. قداست منحصر به فرد مرقد امام علی(ع) و مقام با شرافت و عوامل دیگر ایجاب می نمود تا حرمت این مزار حفظ شود. پنهان نگاه داشتن مرقد مطهر حضرت می تواند به دلیل عدم شناسایی و حفظ جان شیعیان زائر حضرت نیز باشد. در زمان امام صادق(ع) که تعرض به شیعیان کمتر بود مکان فعلی توسط ایشان معرفی گردید.

اولا: منحصر کردن عصمت در این آیه حصری اضافی است نه حقیقی؛ یعنی این آیه می خواهد زنان پیامبر را از معنای اهل بیت خارج سازد، نه اینکه شمول این آیه را از اشخاصی دیگر که از سنخ اهل بیت اند نفی نماید.
ثانیا: پیامبر در حدیث ثقلین «اهل بیت» را هم وزن قرآن به عنوان عامل دیگر هدایت تا قیامت معرفی کرده است؛ یعنی اين حديث نشانگر وجود كسانی از اهل بيت همراه قرآن است كه همچون قرآن شايستگی تمسک و پيروی تا قيامت را دارا باشند.
ثالثا: وقتی عصمت پنج تن اول از معصومین با آیه تطهیر ثابت شد، کلام آنها در معرفی معصومین بعدی حجت خواهد بود.

اولا: سلمان یک دهقان زاده جهانگرد بود؛ او در هیچ ساختار دیوانی یا نظامی طبقاتی ساسانیان حضور نداشت تا اطلاعاتی از سازمان های دیوانی و نظامی ایرانی داشته باشد. ضمن اینکه از زمانی که سلمان فارسی در پی حقیقت، از ایران خارج شده بود، تا زمانی که نبردهای مسلمانان با امپراتوری ساسانی درگرفت، چندین سال گذشته بود. طبیعی است در طی این زمان، بسیاری از اموری که ممکن است امروز اسرار جنگی و امنیتی به شمار آیند، فردا روز چیزی جز یک مشت اطلاعات سوخته و بی مصرف نباشند.
ثانیا: منابع تاریخی شهادت می دهند که حضور سلمان فارسی نه تنها به گسترش درگیری و جنایت های جنگی نیانجامید، بلکه برعکس موجب جلوگیری از خونریزی شد. او هنگامی که لشکر مسلمانان به مدائن رسید، از در صلح جویی با مردم شهر صحبت کرد و با تدبیر خیرخواهانه موجب تسلیم بدون درگیری شهر تیسفون و پیوستن چهار هزار نفر از سپاهیان ایران به لشکر اسلام شد.
ثالثا: سلمان فارسی به قدری زاهد بود که زیر سایه درختان و دیوارها می زیست و با ساختن خانه برای خودش مخالف بود، تا آنکه به اصرار یکی از دوستانش به اقامت در منزلی رضایت داد که بسیار کوچک و ساده بود. سهمی که از بیت المال می گرفت را به نیازمندان می داد و از راه سبدبافی و کارهایی از این دست، ارتزاق می کرد. چگونه می توان چنین شخصی را به قدرت طلبی و جنگ افروزی متهم کرد؟!

اولا: این حدیث بنا بر راست آزمایی های سندی خود اهل سنت با چالش های جدی در وثاقت بعضی از راویان آن مواجه است.

ثانیا: حق انتخاب خلیفه پیامبر به تصریح قرآن، بیانات نبوی و دلایل عقلی منحصر در خدا و رسول خدا است و اجماع جایگاهی در آن ندارد. چون امامت و مقام جانشینی پیامبر صرفا اموری اجتماعی و سیاسی نیستند و سویه های معنوی چون تکامل اخلاقی جامعه و پاسداری از شریعت را نیز شامل می شوند و بدیهی است احراز صلاحیت اشخاص برای تصدی چنین مقامی فقط در حوزه علم الهی و پیامبر اوست و با اجماع کشف و اثبات نمی گردد.

ثالثا: گزارش های تاریخی از نزاع ها، تهدیدها و اجبارهایی که در سقیفه روی داد، نشان می دهد اجماعی به صورت حقیقی پدید نیامده است. هم در جریان سقیفه و هم در بعد از آن، اشخاص برجسته ای از مهاجرین و انصار مخالف خلافت ابوبکر بودند. به همین دلیل نیز حاکمان به قدرت رسیده در سقیفه دست به دامان قبیله ای به نام بنی اسلم شدند و در قبال باج دادن به آنها، قدرت قهریه شان را برای گرفتن بیعت اجباری از مردم به خدمت گرفتند.

رابعا: اگر این قاعده درست هم باشد، هنگام به قدرت رسیدن خلیفه دوم از آن قاعده تخطی شده است. زیرا او با وصیت خلیفه اول به قدرت رسید نه در اجتماع و با اجماع. امری که موجب اعتراض بسیاری از مسلمانان اعم از مهاجرین و انصار و بزرگان صحابه و اهل شام بود.