تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

با رحلت امام حسن عسکری(ع) در سال 260، غیبت صغری شروع شد و تا رحلت آخرین نایب امام زمان(ع) در سال 329 ادامه داشت و پس از آن غیبت کبری آغاز گردید. در دوره غیبت صغری، امام زمان(ع) از طریق چهار نفر نایبان خاص خودش به نام های «عثمان بن سعید عمری»، «محمد بن عثمان عمری‌»، «حسین بن روح‌» و «علی بن محمد سمری» با شیعیان در ارتباط بود و امور آنان را حلّ و فصل می کرد، که این امور، علاوه بر مسائل مالی، شامل مسائل عقیدتی و فقهی نیز می شد.

درباره خفای حضرت مهدی(عج) دو نظریه وجود دارد: 1. «خفای شخص» كه حضرت از ما دور بوده و در مكانى زندگى مى كنند كه هيچ كس به آن دسترسى ندارد. 2. «خفای عنوان» كه حضرت در ميان ما به سر مى برد؛ ولى عنوان او براى ما مخفى است. بنابر نظريه «خفاى عنوان» ممكن است كه انسان اوصاف كسى را شنيده باشد و مكرر او را ديده باشد؛ ولى به جا نياورده باشد. موضوع غيبت امام زمان(عج) نيز از همين قبيل است.

برخى از فقها، به حرمت این کار فتوا داده و ذكر نام شريف حضرت را تا زمان ظهور حرام دانسته اند، از آن جمله مى توان به علامه مجلسى، شيخ صدوق، شيخ مفيد، طبرسى، مير داماد و ... اشاره كرد. برخى نيز حرمت ذكر نام شريف آن حضرت را مقيد به صورت خوف و تقيه دانسته اند؛ كه از آن جمله مى توان به شيخ حر عاملى، خواجه نصير، فيض كاشانى و ديگران اشاره كرد. برخى نيز اين حكم را به عصر غيبت صغری  اختصاص داده اند. به نظر مى رسد كه حق با قول دوم باشد؛ يعنى حرمت مختص به صورت خوف و تقيه است.

عموم علماى شيعه از قدما و متأخرين مانند سید مرتضی، شيخ طوسى، محقق نائينى، سيد بن طاووس و ... قائل به امكان رؤيت و ملاقات با حضرت مهدى(عج) در عصر غيبت كبری بوده اند.

امتحان شيعه به لحاظ عموم افراد جامعه شيعى است و لذا منافاتى با ملاقات برخى از بزرگان و اهل تقوا با امام زمان(عج) به جهت مصالح خاص ندارد.

وظايف «نوّاب اربعه» عبارتند از: زدودن شك و حيرت درباره وجود امام مهدى(عج)، حفظ امام(عج) از راه پنهان داشتن نام و مكان آن حضرت، سازماندهى و سرپرستى سازمان وكالت، پاسخ ‌گويى به پرسش هاى فقهى و مشكلات عقيدتى، اخذ و توزيع اموال متعلق به امام مهدى(عج)، مبارزه با غلات و مدعيان دروغين نيابت و بابيت، مبارزه با وكلاى خائن و آماده سازى مردم براى پذيرش غيبت كبری.

عصر «غيبت كبری» داراى شرايط و خصوصياتى است؛ از جمله اينكه مسلمانان در اين عصر در ظاهر از امام خود جدا شده اند و او را نمى بينند و يا اگر ببينند او را نمى شناسند، فساد و فحشا در جامعه اسلامى و جهان گسترش مي يابد، با انواع فشارهاى سياسى و مشكلات در راه پذيرش حق و ايمان مواجهه مي شوند و با انواع شبهات در وجود امام زمان(عج) روبرو مي شوند.

مقصود از «نيابت عامه» اين است كه امام(عج) ضابطه اى كلى معرفی کند تا در هر عصر، فرد شاخصى كه آن ضابطه از همه جهات و در همه ابعاد بر او صدق كند نايب امام(عج) شناخته شود و در جامعه نماينده او گردد و آن شخص همان فقيه جامع شرايط است.

در زمان «غيبت كبری» دو نامه از ناحيه حضرت مهدى(عج) براى شيخ مفيد صادره شده است. نامه اول در اواخر ماه صفر سال 410 هجرى، سه سال قبل از وفات شيخ مفيد و نامه دوم در سال 412 هجرى يعنى يك سال قبل از وفات شيخ به دست او رسيده است. هر دو نامه به املاى حضرت مهدى(عج) و خط برخى از ثقات و معتمدين نزد امام زمان(عج) بوده است و به خاطر اجماع علما و همچنین مضامین عالی آنها سند این دو نامه معتبر است.