آیاتی در قرآن وجود دارد که به تحریف قسمت هایی از تورات و انجیل که باب میل اهل کتاب نبوده اشاره دارد؛ از جمله: «يَسمعُون‏ كَلامَ الله ثم يُحرّفُونه» و «يَلوُونَ‏ ألسِنتَهُم‏ بِالكِتابِ‏ لِتحسبُوهُ من الكِتابِ وَ ما هُو من الكِتابِ» و «يُحرّفُونَ الكَلِمَ عَن مَواضعهِ‏». همچنین تفاوت اساسی قرآن با تورات و انجیل در نقل داستان انبیاء به تحریف شدگی این دو کتاب در این باره دلالت دارد. با وجود اینها در قرآن شواهدی است که قسمت هایی از این دو کتاب در زمان نزول قرآن تحریف نشده، مانند تعبیر «مُصدّق لِما مَعهُم‏» در آیاتی از سوره بقره و مائده.

کمی تأمل در متن آیات و رجوع به روایات نشان می دهد درخواست این دو پیامبر بزرگ الهی با یقین آنها به توحید و معاد و عصمت آنها منافات ندارد و همانطور که در قرآن آمده حضرت ابراهیم با وجود ایمان به معاد برای اطمینان قلبی چنین درخواستی کرد؛ «لِيَطمَئنّ قَلبى»، آن هم درباره چگونگى و کیفیت رستاخيز نه درباره اصل معاد. حضرت موسی هم درخواست رؤیت قلبی نمود. حتی اگر رؤیت ظاهری اراده شود، اين تقاضا را از زبان برخی از جاهلان قوم كرد که اصرار داشتند كه بايد خدا را ببينند تا ايمان آورند وگرنه خود او یقین داشت که خدا با چشم دیده نمی شود.

انسانها در دوران زندگى خود معمولاً از نظر شك و شبهه دچار بحران مى شوند؛ اينجاست كه انسان وضع حساسى پيدا مى كند، مخصوصاً هنگامى كه با مجموعه اى از افكار و عقايد و آراى مخالف محيط خود و گاهى نيز با تبليغات از راه هاى گوناگون مواجه گردد. لذا اگر واقعاً حقيقت جو باشد خداوند او را راهنمايى خواهد كرد. قرآن مى فرمايد: «و كسانى كه در راه ما جهاد و كوشش كنند البته ما آنها را به راههايمان هدايت خواهيم كرد».

وظايف «نوّاب اربعه» عبارتند از: زدودن شك و حيرت درباره وجود امام مهدى(عج)، حفظ امام(عج) از راه پنهان داشتن نام و مكان آن حضرت، سازماندهى و سرپرستى سازمان وكالت، پاسخ ‌گويى به پرسش هاى فقهى و مشكلات عقيدتى، اخذ و توزيع اموال متعلق به امام مهدى(عج)، مبارزه با غلات و مدعيان دروغين نيابت و بابيت، مبارزه با وكلاى خائن و آماده سازى مردم براى پذيرش غيبت كبری.

می توان با توجه دادن او به ندای فطرت و نظم حاکم بر جهان و دعوت کردن او به تأمل در پدیده های مرگ و حیات، در کنار ادله عقلی صرف، با او بحث و گفتگو کرد.
امور فطرى همواره در طول تاريخ ثابت است و نوعى خداباوری در نهاد و فطرت هر فردی وجود دارد.
همچنین نظم در هر مجموعه ای، حکایت از شعور، طرح و هدف می کند و انسان هر کجا نظم و قوانین ثابتی دید، مبداء آن را جست و جو کرد.
هر انسانی اعتراف مى كند كه حیاتش از خودش نیست و همه مى ميرند؛ اينجا نيز جاى تفكر و انديشه است؛ اگر هستى آنها از خودشان بود، بايد جاودانه می بودند!
طبق برهان عقلی «امکان و وجوب» نیز جهان و موجوداتش همه از ممکنات اند که برای وجودشان نیازمند موجود و علّتی می باشند که وجودش ذاتی است و نیازمند به علتی نیست.

«مراء» به گفتگویی اطلاق می شود که محل تردید است. این واژه از «مَرَيْتُ النّاقَةَ» گرفته شده، زمانی که شتر را دوشيده اند، سپس به اميد یافتن باقی مانده شیر در پستان، دوباره آن را بدوشند. لکن با گذشت زمان، به هر نوع بحث و گفتگویی كه محل ترديد است، خواه مثبت و حق جويانه، و خواه لجاجت آميز و پرخاشگرانه، اطلاق گرديده است. «مراء» در قرآن، در هر دو معنای مثبت و منفی بکار رفته است.

به اعتقاد فیض کاشانی عاقبت بد دو گونه است. 1- انسان موقع مرگ دچار شک می شود و این شک حجاب بین او و خدا می شود و در نتیجه باعث عذاب دائمی شخص می گردد. 2- در لحظه مرگ علاقه زیاد به امور مادی و دنیوی از خود نشان می هد که این حالت باعث دوری از خدا می شود؛ زیرا قلبش در همان حالتِ حُبّ دنیا باقی می ماند و موجب عذاب و حسرتش می شود. تنها، کسی كه عمل صالح و محبت الهی داشته باشد می تواند در موقع مرگ از این بد عاقبتی نجات پیدا کند.

كافر و منافق همواره در شكّ و ترديد است و هيچ بلايي بدتر از اين نيست كه انسان سرگردان باشد. خداوند سبحان در تبيين عذاب منافقان و كفار مي‏ فرمايد: «اينها در شكشان سرگردانند و راه خروج ندارند». همواره در يك مدار بسته دور مي ‏زنند. تعبير ديگر قرآن اين است كه دلهاي آنان گرفتار ترديد است. قلب آنها، بسته، ناآشنا و سرگردان است، مگر آنكه دل تكه تكه و تقطيع بشود. قلب كافر و منافق همواره گرفتار عذاب اليم است و نمي ‏داند به چه كسي تكيه كند.

وسواس فکری و شکاکیت اعتقادی یکی از بیماریهای خطرناک روحی است که می تواند منجر به کفر و خروج انسان از دایره ایمان گردد. مهمترین منشاء این بیماری جهل، غفلت، انجام اعمال بد و تنهایی می باشد، و مهمترین راههای درمان آن عبارتند از: تحصیل علم و یقین، مراقبت از ایمان و اعتقادات، حضور در اجتماعات مومنین،  شرکت در مجالس اهلبیت(ع) و مجالس ذکر و موعظه، رعایت آداب معاشرت و انتخاب دوست و همسر و همنشینی با علماء دین.

در نظر ابتدایی ایجاد «شك و شبهه» در دين بد و نشانه سياهى قلب و نوعى بيمارى به نظر می رسد که بايد آن را درمان كرد؛ اما در واقع اگر این تشکیک دالان و معبر خوبى براى رسيدن به ايمان و يقين باشد پسنديده خواهد بود.