يكي از آسيب ها در جوامع ديني، وجود «خرافه» است. «خرافه» به هر كار غير عُقَلايي و غير منطقى كه نه پشتوانه وحى آسمانى داشته باشد، و نه عقل سالم آن را اجازه دهد گفته مي شود. از مصادیق «خرافه پرستی» مي توان به بت پرستی، زنده به گور کردنِ دختران، فال بد، بد قدمی و خوش قدمی، سحر و جادو، بخت خوب و بد، گدایی به اسم گرفتن حاجت اشاره كرد. اسلام «خرافه» و «خرافه پرستی» را به شدت مردود می شمارد. در روایت آمده که: «فال بد شرک است، کسی که فال بد بزند از ما نیست».

بعد از جنگ نهروان، امام علی(ع) در پاسخ يارانش كه گفتند: تمام خوارج نابود شدند، فرمود: «نه؛ به خدا سوگند [اين گونه نيست] آنها نطفه هايى در پشت پدران و رحم مادران خواهند بود!». منظور امام اين است كه خوارج، اشخاص نيستند؛ بلكه يك جريانند. هم اكنون نيز گروههايي مثل وهابيون، افكار و اعمال خوارج را دنبال می كنند. آنها به بعضى از ظواهر عبادات، سخت پايبندند و گاه انجام كوچك ترين مكروهات را جايز نمى دانند ولی غالب مسلمانان شيعه و سنّى را مشرك مى شمرند و برای جان و مال و ناموس آنها هیچ ارزشی قائل نیستند.

امام علی(ع) ابتدا خوارج را نصیحت کرد و فرمود: هرکس به زیر پرچم اَمان و یا به كوفه يا مدائن برود در امان است؛عده ای از خوارج از سپاهشان فاصله گرفتند و تنها دو هزار و هشتصد تن از خوارج با عبد الله بن وَهْب ماندند که بعد از چند مبارزه تن به تن امام(ع) با سواره نظام از راست و چپ به ايشان حمله آورد و آنها را هلاك كرد.

بعد از جنگ نهروان، شش قیام پراکنده علیه امام علی(ع) به راه افتاد، که امام همه آنان را سرکوب کرد. سرکرده این قیامها عبارتند از: 1- اشرس بن عوف شيبانى همراه با دويست تن. 2- هلال بن عُلّفه از قبيله تَيْم الرّباب، به همراه برادرش مُجالد. 3- اَشهب بن بِشْر همراه با يكصد و هشتاد تن. 4- سعيد بن قفل تيمى همراه با دویست تن . 5- ابو مريم سعدى تميمى. 6- خرّيت بن راشد.

حجر بن عدى در تمام نبردهاى على(ع) شركت داشت و از فرماندهان سپاه حضرت بود. در جنگ صفین(به نمایندگی از قوم خود) به امام(ع) فرمود: گوش به فرمان و مطیع توایم. اگر به شرقْ رو کنى، به شرق مى رویم و اگر به غربْ روانه شوى، به غرب مى رویم و هر فرمانى دهى، انجام مى دهیم. پس علی(ع) او را ستود.

هنگامی که سپاه معاویه در آستانه شکست قرار گرفت با نیرنگ «عمرو عاص» قرآن ها را بر سر نیزه کردند و خواستار حکمیت قرآن شدند و در این بین گروهی ساده لوح و منافق در لشگر امام(ع)، حضرت را مجبور به پذیرش حکمیت قرآن کردند. اشتباه دوم زمانی بود که ساده لوحان با كمك منافقان لشگر «ابو موسى» را به عنوان حَکَم بر امام(ع) تحميل كردند كه سرانجام تلخ آن را همه مى دانيم.

نیروهای سپاه امام علی(ع) در جنگ نهروان به 68 هزار و دويست تن مى رسيد که چهل هزار مرد جنگجو و بقیه پسران تازه بالغ و آزادشدگان و بندگان بودند، و سپاه خوارج دوازده هزار تن بودند که در موقع جنگ به دو هزار و هشتصد تن بیشتر نمی رسیدند.

در جنگ نهروان عبد الله بن عبّاس از طرف امام علی(ع) به عتّاب بن اَعوَر خارجی گفت: سرزمين اسلامی از آنِ خداست و پیامبر(ص) بنیان آن را استوار ساخت، ولی امتش بعد از او آن را خراب کرده اند نه اهل بیت او، و تو از امتش هستی پس گناهکار هستی. خوارج گفتند: امام  در دين خدا داور برگزيد و از ايمان بيرون شده، پس بايد توبه كند؛ ابن عبّاس گفت: پيامبر(ص) هم در ماجراى بنى قريظه داور تعین کرد. خوارج چون قادر به جواب نبودند گفتند: لا حُكمَ إلاّ للهِ.

بعد از ماجرای صفین ابن كوّاء به امام علی(ع) گفت:در ماجرای حَكَميّت با پذيرش داورى، كفر ورزيدى. امام فرمود: من در آن روز گفتم برافراشتن قرآن فریب است اما گوش نکردید، خواستم پسر عمويم ابن عبّاس را برگزينم اما شما ابو موسى اشعرى را نزد من آورديد و او فریب خورد و گمراه شد؛ پس مرا چه گناهى است. ما قرآن را به داورى برگزيديم نه مردان را. بسیاری از خوارج توبه كردند و به سوى امام(ع) روان شدند.

گروهی از خوارج، با عبدالله بن خَبّاب و همسرش مواجه شدند، به او گفتند تو در امان هستی، درباره على پيش و پس از داورى چه عقیده ای داری؟ عبدالله گفت: همانا او خداشناس تر و پرهيزگارتر از شما در دینش است. خوارج گفتند: به خدا سوگند، تو را به گونه اى مى كشيم كه هيچ كس را نكشته ايم و او را سر بريدند. آنگاه شکم همسرش را در پايان دوران باردارى، دريدند و بعد اُمّ سنان صيداوى و سه زن دیگر را از قبيله طَى با فجیح ترین حالت كشتند.