در اصطلاح علوم قرآنی به هر نوع تغيير و دگرگونی در معنا و ساختار كلام تحريف گفته می شود. تحریف معمولا یا لفظی است و یا معنوی. در تحریف لفظی با افزودن یا کاستن یا جابه جایی یک یا چند کلمه، معنای یک گزاره تغییر می یابد و در تحریف معنوی - که به آن تفسیر به رأی نیز می گویند - بدون اینکه هیچ تغییری در ساختار و کلمات گزاره و کلام پدید آید، تفسیری وارونه و بی ربط با مقصود نویسنده یا گوینده، از آن ارائه می شود. تفسیرهای منحرف از قرآن در گفتار معصومین بسیار نکوهش شده و مرتکبان چنین تفسیرهایی به عذاب هایی بسیار سخت وعده داده شده اند.

اولا: هر عقیده و دعوتی خود را حق معرفی می کند و هر آدمی باید برای دفع ضرر محتمل، با «تحقیق»، تشخیص دهد کدام عقیده منطبق بر حقیقت است.
ثانیا: تقلید در اصول دین منجر به دور و تسلسل می شود؛ زیرا اعتماد بر منابع دینی، انبیاء، اولیاء و علمای دین، خود فرع بر پذیرش حجّیّت آن منابع و سخن آن اشخاص است که با عقل ثابت می شود.
ثالثا: تقلید در «اصول دین» با منطق قرآن جایز نیست؛ چرا که در این صورت بشر با تقلید از پدران خود و تبعیّت از حدس و گمان از هدایت باز می مانند.
رابعا: تقليد از ديگرى احتياج به دليل دارد و اين دليل منحصر به «فروع دين» است؛ ولى «اصول دين» امور فطرى محدودى است كه هركس به فراخور عقل خويش مى تواند دليلى براى آن داشته باشد.

علمای شیعه سه نظر درباره کتاب «اسرار آل محمد» دارند:
1. برخی علما همه مطالب آن را صحیح دانسته و کتاب را به عنوان یکی از اصول اساسی شیعه معرفی می کنند.
2. در مقابل برخی دیگر از علما اصل نوشته شدن کتابی توسط سلیم را زیر سوال می برند و تمامی مطالب کتاب منسوب به وی را جعلی می دانند.
3. گروه سومی از علما نیز اصل کتاب را به صورت کلی «مجعول» نمی دانند؛ اما معتقدند این کتاب چه در مطالب نقل شده و چه در سندش خالی از اشکال نیست و احادیث آن باید بررسی مفصلی در سند و دلالت شوند.

امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.

عصر امام باقر و صادق(ع) عصر گسترش علوم اهل بیت(ع) در زمینه های مختلف بود. امام صادق(ع) شیعیان را از تمسک به احادیث دیگران باز می داشت که این امر، از مهم ترین علل شکل گیری فقه شیعه به صورتی مستقل و اصیل بود.
ايشان روایات خویش را برای شاگردان خود نقل کرده و شاگردان؛ اعم از شیعه و سنی، روایات آن حضرت را می نوشتند. با این تفاوت که اهل سنت حدیث را از جعفر بن محمد(ع) و از پدرش و او از پدرانش و آنها از رسول خدا(ص) نقل می کردند.
اما شاگردان شیعه آن حضرت با عنوان «عن ابی عبدالله» و بدون ذکر این سند نقل می‌ کردند. زیرا اعتقاد شیعه به عصمت ائمه(ع) و امامت آنها و حجّیت قول امام(ع)، آنان را از ذکر سند بی‌ نیاز می‌ ساخت.
با این حال، امام(ع) تأکید داشت که احادیث او همان احادیث رسول خدا(ص) است: «حَدِیثِی حَدِیثُ أَبِی وَ حَدِیثُ أَبِی حَدِیثُ جَدِّی وَ حَدِیثُ جَدِّی حَدِیثُ عَلِیِّ بْنِ اَبِی طَالِبٍ وَ حَدِیثُ عَلِیٍّ حَدِیثُ رَسُولِ اللّهِ(ص) وَ حَدِیثُ رَسُولِ اللّهِ(ص) قَوْلُ اللّهِ».

از مسائل کلامی مطرح در زمان امام هادی(ع)، بحث «تشبیه» و «تنزیه» خدا بود كه ايشان بر حقانیت «تنزیه» تأکید کردند و تلاش نمودند تا شيعه را از اين تهمت برهانند. ايشان فرمودند: «از ما نیستند کسانی که گمان ‌كنند خدا جسم است و ما در دنیا و آخرت از آنها بیزاریم. جسم، خود مخلوق است و خالق آن خداست و اوست که به آن جسمیت بخشیده است». مسئله ديگر «رؤیت خدا در قیامت» بود كه امام(ع) آن را محال دانستند. در مسأله «جبر و اختیار» نیز امام هادی(ع) در رساله ای به شرح حدیث «لاجبر و لاتفویض بل امر بین الامرین» پرداختند.

روایاتی در منابع اهل سنت از زبان عایشه نقل شده که: فاطمه در رفتار و کردار و نحوۀ نشست و برخاست از همه شبیه تر به پیامبر(ص) بود، و هر گاه فاطمه بر پیامبر(ص) وارد می شد، آن حضرت او را می بوسید و در جای خود می نشاند.

«التبیان فی تفسیرالقرآن» از نخستین تفاسیر کامل شیعه به شمار می رود که علاوه بر روایات، از ادله عقلی نیز بهره فراوان برده است. این کتاب توسط شیخ ابوجعفر محمد بن حسن طوسی (385 ق 460 ق) تالیف شده است. شیخ طوسی در این کتاب با بهره‌گیری از مقدمات تفسیر و همه دانش‌هایی که در فهم آیات قرآن به نوعی دخیل هستند به طور کاملاً جامع به تفسیر آیات الهی پرداخته است. از این رو تفسیرالتبیان همه فنون و علوم صرف، نحو، لغت، معانی، بیان، بدیع، حدیث، فقه، تاریخ، و کلام را در بر دارد.

شهاب الدین ابوالعباس احمد بن محمد بن على بن حجر هیتمى سعدى انصارى (909 ـ 974 ق) یکى از علماى برجسته اهل سنت است که در منطقه غربى مصر محله ابوالهیتم متولد شد و در مکه وفات کرد. او شافعى مذهب بود و نسبت به ابوحنیفه نیز گرایش و ارادت داشت و در مناقب او کتاب نگاشته است. ابن حجر در عناد و کینه ورزى نسبت به تاریخ و عقاید شیعه سنگ تمام گذاشته و با تالیف کتاب «الصواعق المحرقه»، اعتبار علمى خود را نیز زیر سوال برده است؛ زیرا در آن، معتبرترین احادیث در باره فضائل و حقانیت ولایت اهل بیت پیامبر را که حتى علماى بزرگ اهل سنت آنها را معتبر و صحیح دانسته اند ردّ کرده است! کتاب الصواعق المحرقه سایر آثار علمى وى را تحت الشعاع قرار داده و از این رو نزد علماى شیعه به دشمنى با اهل بیت پیامبر اسلام (یعنى ناصبى گری) و دشمنی با شیعیان شناخته شده است. او نباید با ابن حجر عسقلانى اشتباه شود؛ زیرا هیتمى یک قرن متاخر است و از سویى به رتبه علمى و انصاف عسقلانى نمى رسد. چرا که عسقلانى گرچه گاهى اوقات انتقادات و عبارات تندى نسبت به شیعه داشته، اما در بسیارى از موارد با انصاف رفتار کرده است.

امام علی(ع) در تبیین نقش زبان و کلام در تجلي «شخصیت انسان» می فرماید: «انسان زير زبان خود پنهان است»؛ زیرا سخن ترجمان عقل و دريچه اى به سوى روح آدمى است. از سویی برخی افراد ظاهری آراسته دارند اما همين كه سخن مى گويند شخصیت تو خالى آنها آشکار می شود، بر عكس افرادى ظاهرى آراسته ندارند، اماهمين كه سخن مى گويند انسان احساس مى كند شخص دانشمندی سخن می گوید. از این رو به فرموده امام علی(ع) بايستي كلام خود را بر عقل و معرفت عرضه كرد اگر رضاى خدا در آن است بر زبان جارى كند؛ وگرنه سكوت بهتر است.