تشابه بر دو قسم است: اصلى و عارضى؛ تشابه عارضى (كه بيشتر متشابهات قرآن از اين دسته است) آن است كه در عصرهاى بعدى بر قرآن عارض شده است، نه اينكه هنگام نزول هم دچار تشابه بوده است. دليل اين تشابه هم كشاكش رايزنى متكلمان فرقه‌هاى مختلف است كه در اواخر قرن اوّل رخ داد و تا قرن دوم و سوم ادامه يافت.
اما تشابه اصلى كه در قرآن به غايت اندك است، عبارت است از آياتى كه برخوردار از معانى بلند و فخيمى است كه قالبها و ساختارهاى زبان عربى تاب تحمّل و گنجايش آنها را ندارد و به همين دليل در قالب‌هاى استعاره و تشبيه آمده است كه اين قالبها هم به طور طبيعى ياراى انتقال مقصود خداوند سبحان را ندارد. بنابراين مشكل از جانب قابل است نه فاعل؛ زيرا قالبها و ساختارهاى زبان عربى تاب تحمل مفاهيم فخيم و بلند آسمانى را ندارد.
هریک از این آيات متشابه، به واقع پشتوانه و ذخيره‌اى سرشار براى دين جاودان اسلام است؛ زيرا هر چه زمان پيش رود، نقاب از چهره نورانى اين گونه آيات به كنار مى رود و راه پيشروى اين دين جاودان را در دل زمانه مى نماياند.

درباره «حروف مُقطّعه» در قرآن آراء و نظريات گوناگونى وجود دارد: 1. حروف مقطّعه از متشابهات قرآن مى باشد كه هرگز قابل حلّ نبوده و از جمله مجهولات مطلق است و راه علم به آن، كاملا بر مردم بسته است. 2. رموزى هستند ميان خدا و رسولش، كه جز اولياى مقرّب الهى كسى به آن راه ندارد. 3. اين حروف صرفا حروف مجرده هستند با همان خاصيّت آوائى كه دارند و چيزى جز آن در بر ندارند. سپس مرحوم «معرفت» می نویسد: این حروف مشتمل بر اسرار و اشاراتی است كه ميان خدا و رسولش بوده و اُمناى وحى بر آن آگاهند.

بسيارى از آيات قرآن، نياز به شرح و تفسير و بيان شرايط و ذكر موارد استثنا دارد و يا متشابهاتى است كه بايد در پرتو محكمات به وسيله معصومين(ع) تفسير شود. به علاوه، گذشت زمان مسائل تازه اى را مى آفريند كه بايد براى استنباط احكام آنها، به ريشه ها و اصولى كه در «كتاب اللّه» هست، مراجعه كرد و براى اينكه از هر گونه اشتباه در امان بمانيم، بايد اين كار با راهنمايى معصوم صورت گيرد. ضمن اینکه خود قرآن دعوت كلّى و عمومى به سوى همه علوم كرده و مراجعه به اهل اطّلاع را در مسائل مورد نياز، لازم شمرده است.

امام رضا(ع) در عصر خود با ديدگاه های كلامی انحرافی مواجه بودند كه بيشتر از سوی معتزله و اهل حدیث مطرح می شد. مباحث مربوط به توحید، به ویژه بحث صفات خدا، از جمله صفت عدل که ارتباط مستقیمی با موضوع جبر و اختیار داشت، از داغ ترین مباحث کلامی آن عصر بود. اهل حدیث نیز با پذيرش ظاهر آیات و روایاتی که دالّ بر تشبیه بود، خدا و صفاتش را به شکل یک انسان تصویر کرده و برای او چشم و دست و پا و ... قائل بودند. همچنین از ديگر مباحث كلامی می توان به مسأله رؤیت خدا، اثبات دست برای خدا و بخشوده نشدن گناهان کبیره اشاره كرد.

براى «اِحكام» و «تشابه» تفاسير بسيارى بيان شده، که عبارتند از: آيات متشابهات آياتى است كه درباره صفات خداوند آمده است. همچنین متشابهات، آيات مربوط به احوال و اهوال روز قيامت و آخرت است. به نقل علامه طباطبایی(ره) متشابه آن است كه مجمل بوده و معنى روشنى نداشته باشد؛ متشابه مفهومى پيچيده و سر در گم دارد و محكم دليل روشن و استوار دارد؛ در متشابه، راه رسيدن به معنى بسته است؛ ولى براى محكم راه باز است؛ متشابه آن است كه بيش از يك معنی را متحمل است؛ ولى محكم بيش از يك معنی را متحمل نيست.

درباره اين سؤال كه تأويل «متشابهات» در قرآن را چه كسي مي داند؟ «علامه طباطبایی» می فرماید: «علم به تاویل متشابهات، صرفا مخصوص پروردگار است و برای دیگران جز سر تسلیم فرود آوردن راه دیگری نیست؛ اما باید راه دست یابی به حقایق نهفته در آیات متشابه برای پویندگان باز باشد؛ زیرا اگر فرض شود در قرآن آياتى وجود داشته باشد كه آحاد مسلمانان و دانشمندان و حتى معصومین(ع) از محتواى آن آگاهى نداشته باشند، حتما مقام حكمت الهى زير سؤال مى رود و قطعا اين فرضيه محالى است و از ديدگاه حكمت بارى تعالى كاملا به دور است.

مراد از «آیاتٌ مُحْکَماتٌ» آیاتى است که مفهوم آن به قدرى روشن است که جاى گفتگو و بحث در آن نیست. و منظور از«متشابهات» یعنى آیاتى که معانى آن در بدو نظر، پیچیده است و در آغاز، احتمالات متعددى در آن مى رود اگر چه با توجه به آیات محکم، تفسیر آنها روشن می شود.

الف: الفاظ بشری قالب معانى الهی نیست و لذا ناچاریم کلماتى را به کار بریم که از جهات مختلفى نارسائى دارد. همین سرچشمه بخشی از متشابهات قرآن است. ب: بسیارى از حقایق قرآن مربوط به جهان ماوراى طبیعت است که ما قادر به درک عمق آنها نیستیم. این نارسائى افکار ما و بلند بودن افق آن معانى، سبب دیگرى براى تشابه قسمتى از آیات است. ج: موجب به کار انداختن افکار و اندیشه ها و به وجود آوردن جنبش و نهضت فکرى در مردم است. د: متشابهات قرآن، نیاز شدید مردم را به پیشوایان الهى، پیامبر(ص) و اوصیاى او روشن مى سازد.

ایشان در خطبه اول نهج البلاغه به 14 نکته در مورد جامعیّت قرآن و ویژگیهاى آن اشاره مى فرماید. از جمله اینکه: قرآن بیان کننده حلال و حرام، واجب و مستحب، احکام نسخ شده، مباح و ممنوع، احکام خاص و احکام عام، پندها و اندرزها. احکام مقید و مطلق، معین کننده متشابهات از محکمات و ... می باشد.

تعبیرهاى کنایى امرى عادى در زندگى بشر است. خداوند متعال نیز به جهت فهم مردم مطابق با محاورات آن ها در قرآن کریم سخن گفته است تا با الفاظ و اسلوب هاى متداول بین مردم مطالب عالى را به آنها تفهیم کند. و اصولا هر گاه حکم عقلى برهانى بر خلاف شرع بود باید شرع را تأویل نمود و در آنجا که ظاهر آیه یا روایت با حکم عقلى قطعى مخالف است نباید آنها را به ظاهرش حمل نمود.