اختلافات فقها در مسائل درجه سه و چهار است و در مسائل اصولى و اساسى اختلافى نيست و به همين دليل ملاحظه مى كنيد افرادى كه از علماى مختلف پيروى مى كنند، همه با هم در صف واحد جماعت نماز مى خوانند، بدون اين كه اختلاف فتاوا در مسائل جزئى مانع از هماهنگى آنها در جماعت بشود، يا اين كه همگى به حج مى روند و مراسم حج را در روزهاى معيّن انجام مى دهند، بدون اين كه اختلاف فتاوا مشكلى حتّى براى افراد يك كاروان ايجاد كند. اينها همه نشان مى دهد كه اختلاف فتاوا در مسائلى است كه به وحدت مسلمين لطمه نمى ‏زند.

اختلاف فتاوی فقط در محدوده اندكى از فقه و شريعت كامل اسلام است و فقهاى مذاهب اسلامى در اكثر مسائل فقهى اتّفاق نظر دارند. علاوه بر آن شريعت اسلامی يكى بيش نيست و اگر اختلافى در احكام فقهى منبعث از فتاواى فقيهان مشاهده مى ‏شود، ناشى از اختلاف برداشت آنان از منابع فقهى شريعت است. برخی از مهم ترین عوامل اختلاف زا عبارت اند از: اختلاف در پاره اى از منابع استنباط احكام‏ مانند ظواهر آيات قرآن‏ و عرف‏، دسترسى يا عدم دسترسى به برخى از احاديث‏، اختلاف در معيار وثاقت راويان‏، اختلاف در جهت صدور حديث‏ از حیث واقعى يا تقيه اى بودن حديث‏ و ثابت یا موقتى بودن حکم آن، اختلاف در نسخ حكم‏، اختلاف قرائت آيات يا نقل متون احاديث‏، اختلاف در دلالت آيات و روايات و فهم و تفسير آنها، اختلاف در ترجيح ادلّه متعارض‏، اختلاف در موارد حجيّت اصول عمليّه‏، اختلاف نظر در مورد محدوده قواعد فقهيّه‏، اختلاف در دايره حجيّت عقل‏، اختلاف در اقسام اجماع‏، تأثير شرايط اجتماعى در فتواى مجتهد، اختلاف در مصادیق و موضوعات احکام و... .

تاریخ اجتهاد فقهی در مذهب شیعه دوره های مختلفی را چون دیگر دانش ها پیموده است:
1. عصر رسول خدا: عصر مشترک همه مسلمانان بوده كه همگى احكام خويش را بدون واسطه از آن حضرت مى گرفتند.
2. عصر حضور امامان اهل بیت(ع): تلاش های ائمه اطهار(ع) برای تبیین احکام و حل مشکلات امت اسلامی نمودهای متفاوتی داشت که یکی از آنها پرورش فقهایی از میان اصحاب خود بوده است.
3. عصر شكل ‏بندى و تبويب فقه‏: با شروع دوران غیبت کبری فقیهان جامع الشرایط مسئولیت افتا و پاسخ‏ گویى را به عهده گرفتند. در این مرحله، کار کسانی که باید آنان را‌ محدّث‌-فقیه نامید، تنظیم نصوص در قالب عبارات فقهی بدون ذکر سند بود.
4. عصر تحوّل در عرصه فقاهت و اجتهاد: اين دوره از عصر شيخ طوسى و با نوشتن كتاب «مبسوط» آغاز شد. در این دوره مسائل جدید با استفاده از قواعدو اصول کلی و تفریع فروع نگاشته شد.
5. عصر ركود و تقليد: اين دوره از نيمه قرن پنجم آغاز و تا پايان قرن ششم ادامه مى يابد. به سبب عظمت علمى شيخ طوسى تا سالها فقيه مستقلى كه بتواند بر خلاف نظرات شيخ فتوا دهد يافت نشد.
6. عصر تجديد حيات فقه: در اواخر قرن ششم راه نقد افكار شیخ طوسی گشوده شد. پرچمدار نهضت نقد آرای شیخ طوسی، محمّد بن ادريس حلّى بود. از دیگر علمای بزرگ این دوره «محقّق حلّى» نویسنده کتاب «شرایع الإسلام» است.
7. عصر اخبارى گرى‏: در اوایل قرن یازدهم هجری قمری، حدیث گرایی با فعالیت های شخصی به نام محمد امین استرآبادی مجددا ظهور کرد. اخباری ها فقط اخبار و احادیث را در استباط احکام شرعی موجّه دانستند و اعلام کردند که «قرآن» و «اجماع» و «عقل» را به عنوان راه های استنباط احکام به رسمیت نمی شناسند.
8. عصر تجديد حيات اجتهاد: اين دوره، از اواخر قرن دوازدهم آغاز شد و اخباری گری را به طور کلی از جریان مسلط حوزه های علمیه به زیرکشید. در اواخر سلطه اخباريون علّامه وحيد بهبهانى در برابر تفكّر اخبارى گرى برخاست و مبانى اخباريون را نقد كرد و به تقويت مبانى مجتهدان اصولى پرداخت.
9. عصر نوآورى هاى فقهى‏: اين دوره، از نيمه قرن سيزدهم آغاز شد. پيشواى این نوآوری ها در فقه و اصول، شيخ مرتضى انصارى بود. آخوند خراسانی یکی از برجسته ترین شاگرادن شیخ انصاری بود که خود نيز داراى نوآورى هايى در «اصول فقه» است.

پیشینه تقلید در امور شرعی که به معنای مراجعه افراد غیرمتخصص به دین شناسان متخصص برای شناخت وظایف و احکام شرعی است، به زمان خود ائمه معصومین(ع) برمی گردد. روایات و بیانات متعددی از آن حضرات درباره جواز مراجعه مردم عادی به دین شناسان و پیروی از آنها در مقام تحصیل احکام شرعی وجود دارد و به دست ما رسیده است. حتی برخی از این روایات به جواز مراجعه به برخی از شاگردان و اصحاب حدیث شناس ائمه(ع) در زمان حضور خود آنها دلالت دارد و منحصرا مربوط به زمان غیبت نیست. بدیهی است كه اين تبعيّت فقط براى اين است كه آنها به حلال و حرام خداوند آگاهى دارند و اين همان تقليد است. به تدریج این مراجعه به راویان حدیث ائمه و مجتهدین در آن احادیث تبدیل به سیره ای غیرقابل تردید در میان متدینان شد و هم اینک نیز با تدوین رساله های عملیه توضیح المسائل، ادامه دارد.

اخباری ها مهم ترین جریان در طول تاریخ علمای شیعه بودند که با تقلید مصطلح فقهی مخالفت کردند. به باور اخباری ها چون حجت و سند، منحصر به احادیث اهل بیت(ع) است و حق اجتهاد و اعمال نظر برای کسی ثابت نیست، مردم موظف هستند مستقیما به متون باقی مانده از معصومین(ع) مراجعه کنند و به آنها عمل نمایند و هیچ عالمی را به عنوان مجتهد و مرجع تقلید واسطه قرار ندهند. آنها برای این باورشان به برخی از روایات که ظاهرشان بر منع از تقلید دلالت دارد تمسک می جویند و تلاش می کنند با جا انداختن این ایده که علم اصول فقه (دانش استنباط احکام از منابع دینی) در زمان پیامبر مدون نبوده و پدید آمدن آن، بدعت بوده، اعتبار آن را زیر سؤال ببرند.
علمای شیعه، پاسخ های مبسوطی به ادعاهای اخباری ها داده اند و طی بحث هایی مفصل و دامنه دار، ثابت کرده اند که اولا امکان مراجعه همگان به روایات، برای فهمیدن تکلیف و حکم شرعی، وجود ندارد. ثانیا روایاتی که مورد استناد اخباری ها بر منع تقلید است، ارتباطی با تقلید مصطلح فقهی ندارد. ثالثا اولین ریشه های نضج و شکل گیری قواعد علم اصول، به زمان خود ائمه و با تأیید آنها باز می گردد.

هر مکلفی برای اینکه ذمّه اش از احکام الهی فارغ شود، باید ابتدا آن احکام را بشناسد. شناخت این احکام یا از راه «اجتهاد» مقدور است یا «احتیاط» و یا «تقلید». اجتهاد در دین نیازمند احاطه بر منابع دینی و مسلط بودن به علومی متنوع است که فراگیری همه آن برای همه مردم امکان پذیر نیست؛ زیرا موجب صرف زمان بسیار زیادی است و بدیهی است که در چنین وضعیتی توصیه عمومی به اجتهاد موجب معطل شدن سایر امور می شود. گام نهادن در راه احتیاط نیز مستلزم سختی ها و دانش هایی است که کم از سختی های اجتهاد ندارد. بنابراین در فراگیری احکام دین وظیفه عقلایی مردم عادی همچون سایر رشته های علمی رجوع به متخصّص است؛ این حکم عقل و سیره عقلاست.

قرآن منبع اصلی استنباط «عقیده» و «عمل» شیعه است. شیعه معتقد است قرآن تنها کتابى است که سراسر آن صحیح است و غیر از قرآن، همه کتاب ها بدون استثنا قابل نقد و بررسى هستند. از نظر شیعه اگر اختلافى در مسأله اى رخ داد، حَکَم و داور در مورد آن مسأله قرآن است. شیعه تمام طعنه زنندگان بر قرآن از هر مسلکی را نقد می کند؛ از نظر شیعه رد و تکذیب قرآن و طعن زدن در دین از نشانه های ارتداد می باشد.
امّا اهل سنت روایات صحابه را بی چون و چرا می پذیرند و گاهی آن را بر قرآن ترجیح می دهند. حتّی بعضی از اهل سنت در مواجهه با قرآن به حدی آن را بی اعتبار کردند که «خبر واحد» را مهمتر از قرآن و نسخ کننده حکم آن می دانند؛ برای مثال خبر واحد ابوبکر را در ارث انبیاء بر قرآن ترجیح می دهند!
اگر شیعه به روایات اهل بیت توجه می کند به خاطر این است که آنها بهترین مفسر قرآن به شمار می روند. از نظر شیعه ثقل اصغر یا همان اهل بیت(ع) قرآن ناطق و مفسّر حقیقی قرآن می باشند و هر آنچه اهل بیت بیان می کنند بر گرفته از قرآن و سنت پیامبر(ص) است؛ لذا این دو از یکدیگر جدا نیستند تا شیعه بخواهد به یکی توجه کند و به دیگری بی توجه باشد.

جامعیت و خاتمیت اسلام به این معناست که برای همه شؤون زندگی انسان در همه زمانها، حتی پدیده هایی که در زمان معصومین نبوده اند، حکم معین داشته باشد. پیش بینی اسلام به منظور قانون گذاری در ابعاد متغیر و نو به نو زندگی انسان این بوده است که هـمیشه افرادی چنان تسلط و احـاطه بـر علوم و منابع‌ شرع‌ و بینش ها و گرایش ‌های اسـلامی‌ داشته بـاشند که هرگاه در مورد سؤال و حادثه ای نو به آنان رجوع‌ شود، بتوانند حکم آن را از بـین‌ آن منابع شرعی و بینش های اسلامی بـیرون‌ بیاورند.

استنباط احکام از قرآن به مقدماتی مانند دانش عربی، علوم قرآن و تشخیص محکمات از متشابهات و ناسخ از منسوخ و... نیاز دارد. بدون دانستن این مقدمات، تلاش برای فهم قرآن به برداشت های ناقص و انحرافی می انجامد که در سخنان بزرگان دینی به عنوان «تفسیر به رأی» شناخته شده و بسیار نکوهش شده است.
استخراج احکام از روایات نیز به قوه تشخیص عـام و خاص، مطلق و مقید، معانی امر و نهی موجود در احادیث، ملازمات مضامین احادیث، شناخت رجال سلسله راویان حدیث، شناخت موارد تقیه از غیرتقیه، روایت‌های صحیح‌ السند از غیرصحیح السند و... وابسته است.
از آن گذشته برای پدیده های جدیدی را که پیشینه ای در روایات معصومین و احکام شرعی گذشته ندارند و به اصطلاح فقها به نام «مسائل مستحدثه» شناخته می شوند، بدون طی کردن مراحل اجتهاد مصطلح، نمی توان حکمی استنباط کرد.
داشتن چنین تخصص هایی از همه برنمی آید و بایستی عموم مردم از متخصصین پیروی کنند، در غیر این صورت جامعه به همان تشتت و اختلاف نظر عمیق و عدم انسجام علمی و فکری ای که سلفیه و وهابیت بر اثر آسان گیری در اجتهاد دچارش شده، مبتلا می گردد.

برخی از فقهای شیعه مانند شهید اول، سید مرتضی و میرزای قمی و نیز چهره هایی از فقهای اهل سنت مانند غزالی و فخر رازی، ادعای اجماع علما را بر مشروعیت تقلید نموده اند. با این حال از آنجایی که به نظر می رسد مدرک اجماع کنندگان، آیات و روایات است، اعتبار این اجماع به سایر ادله تقلید بازمی گردد و این اجماع به اصطلاح اجماعی «مدرکی» بوده و نمی تواند در این مورد خاص، به عنوان دلیل مستقل در کنار دیگر منابع اجتهاد در نظر گرفته شود. ضمن اینکه در طول تاریخ، عده ای از علما و صاحب نظران به مخالفت با تقلید پرداخته اند.

به هر حال اگر تقلید از مجتهد امری نامشروع باشد، شخص مکلف برای تحصیل حکم شرعی راهی جز اجتهاد یا احتیاط ندارد. لازمه ضرورت یافتن اجتهاد برای همه مکلفین پدید آمدن عسر و حرج و اختلال در معیشت مردم‌ خواهد بود. چون اجتهاد مقدماتی دارد که فراگیری آنها بسیار دشوار‌ است‌ و انسان را از اشتغال به نیازهای دیگرش باز می دارد. از این رو بعضی از علما، اجتهاد مطلق ‌‌را‌ نـاممکن می دانند. حـال چگونه ممکن است شارع مقدس، همه امت را به دنبال‌ اجتهاد‌ و استنباط احکام بفرستد؟! احتیاط نیز امکان پذیر نیست، زیرا از لحاظ آشنایی با مبانی علمی، شناخت موارد احتیاط کمتر از درجه اجتهاد را نمی طلبد.