تاریخ طبرى، الکامل ابن اثیر، کتاب افتتاح الدعوه قاضى نعمان درباره نخستین دوره فاطمیان و کتاب عیون الاخبار نوشته داعى یمنى، ادریس قرشى، تاریخ الاسماعیلیه و الموسوعة التاریخیّة للخلفاء الفاطمیین. اخبار ملوک بنى عبید، قلقشندى در صبح الاعشى، ابن تغرى بردى در النجوم الزاهره فى ملوک مصر و القاهره و مقریزى در اتعاظ الحنفاء بأخبار الائمة الفاطمیین الخلفاء به طور مفصّل و مشروح به اخبار دولت فاطمیان پرداخته و بسیارى از مطالب و اسناد را براى ما حفظ کرده اند.

با روى کار آمدن حافظ  در سال 524 هجرى خلافت فاطمیان هم از نظر اقتدار دینى و هم از نظر اقتدار سیاسى به مصر و بعضى اماکن شام محدود شد. دوران حافظ دوران پرتلاطم دعواهاى خانوادگى است. در این زمان وزراء مختلفى قیام کرده و مصر صحنه درگیرى هاى خونین بود. حافظ پس از بیست سال حکومت در سال 544 هـ درگذشت. بعد از حافظ، سه خلیفه جوان از خانواده حافظ به قدرت رسیدند. تا اینکه صلاح الدین ایوبی که به وزارت خلیفه وقت فاطمی رسیده بود، تشکیل نیروى نظامى قدرتمند پرداخته و قواى فاطمى را از کار برکنار کرد.

از جمله کارهای مهم المعز لدین الله عبارتند از: ایجاد پایگاه دریایی در مغرب که در فتح مصر کمک کار نیروی زمینی بود؛ ایجاد پست قاضی القضات در دیوان اداری فاطمیان؛ تأسیس تشکیلات مالی جدید و رواج پول و سکه جدید؛ جلب رضایت قرامطه و برقرارى وحدت بین اسماعیلیه؛ و... . برپایى جشن باشکوه در عید غدیر و اقامه عزا و ماتم در روز عاشورا براى امام حسین(ع) و اضافه کردن «حى على خیر العمل» به اذان نیز ازجمله کارهای فرهنگی او بود.

پس از معزّ لدین الله سومین پسر او نزار با لقب العزیز بالله در سال 365 هـ  ق، به حکومت رسید. او در همان سال جوهر را با سپاهی عظیم راهی دمشق کرد اما نتیجه نگرفت. سپس خودش فرماندهی سپاه را برعهده گرفت و پیروز شد. در دوران او امپراطورى فاطمیان به نهایت وسعت خود رسید و شمال آفریقا، حجاز، یمن و شام را در بر مى گرفت. او راه پدرش را در برپایى عید غدیر و روز عاشورا ادامه داد و بعد از بیست سال حکومت از دنیا رفت.

الحاکم بامر الله پسر العزیز بالله در حالی که یازده سال و شش ماه داشت به خلافت رسید. او در مال بخشنده، ولى در عین حال خونریز بود. او اوایل به سبّ صحابه و منع نماز تراویح دستور داد اما پس از مدتی خلاف آن را دستور داد. سالی به مسیحیان سخت گرفت و فرمان انهدام کلیساى مزار مسیح در بیت المقدس را صادر کرد و در سالی آنان را آزاد گذاشت و... این رفتارها باعث شد برخی او را دیوانه بدانند و برخی هم قائل شدند که در او صفات ربوبى حلول کرده. او سال 411 هجرى به گردش رفت و هرگز بازنگشت.

دوران مستعلى دوره حضور صلیبیون در فلسطین و شام و شکست حکومت فاطمی در مقابل آنها است. در سال 495 هجرى مستعلى بعد از هشت سال خلافت که تماماً بازیچه دست افضل بود، درگذشت و پسرش منصور با لقب الآمر بأحکام الله بر کرسى خلافت نشست. تا زمان قتل افضل در سال 515 هـ.ق، آمر هیچ کاره بود و بعد از آن هم ظلم هاى فراوانى انجام داد و سرانجام به دست گروهى از فدائیان نزارى به قتل رسید.

فاطمیان امامان اسماعیلى را از نسل محمد بن اسماعیل دانسته اند، ولى هیچ گاه نام دقیق نیاکان آنها را مشخص نکردند و بعدها نسل عبیدالله المهدى را با عبارت «عبیدالله بن حسین بن احمد بن عبدالله بن محمد بن اسماعیل بن جعفر الصادق» تصحیح کردند. عبیدالله خود را از نسل عبدالله افطح دانست، ولى القائم بامرالله آنرا نپذیرفته و خود را از نسل محمد بن اسماعیل دانست. ابن رزّام و اخو محسن و به تبع آنها اشاعره و زیدیان نسب علوى آنها را منکر شدند.

عبیدالله المهدی برای رسیدن به خلافت به مهدویت تمسک کرد؛ هر چند با طرح مهدویت خود حتى اطرافیان خود مثل قرامطه و ابوعبدالله شیعی را نتوانست راضى کند. لذا در نامه ای به اسماعیلیان یمن خود را از نسل عبدالله افطح و فرزندش محمد را از نسل محمد بن اسماعیل معرفى کرد تا شاید بتواند تنها پایگاه مستحکم اسماعیلى یعنى یمن را نیز از دست ندهد و خلیفه دوم فاطمی به جایگاه اصلی خود یعنی مهدویت برگردد. طرحی که بعدا توسط خلیفه چهارم فاطمی تصحیح شد.

المعز لدین الله چهارمین خلیفه فاطمى به کمک سپهسالار خود که بنده آزاد شده اش بود، لشگر عظیم بربرهای زناته را شکست داد و بر مغرب مسلط شد، سپس توانست مصر را فتح کرده و قاهره و الازهر را در کنار رود نیل بنا کند. موفقیت دیگر او این است که امیران محلی مکه و مدینه خلافت او را پذیرفتند. معزّ پس از سه سال حکمرانى بر مصر و بیست و چهار سال خلافت درگذشت.