در سال 487 هجرى المستنصر بالله خلیفه فاطمى از دنیا رفت و بحث بر سر جانشینى وى در درون کاخ فاطمیان درگرفت. حسن صباح که رئیس داعیان ایران بود، از نزار طرفدارى کرد و امامت المستعلى بالله را نپذیرفت و رابطه خود را با قاهره قطع نمود. حسن صباح نزار را امام نوزدهم اسماعیلیان ایران معرفى کرد و وقتى نزار به قتل رسید، قائل به امام مستور بعد از نزار شد و خود را حجت امام نامید. در حوالى سال 500 هجرى دو قلعه لمسر در نزدیکى الموت و قلعه شاهدز در اصفهان نیز به تصرف اسماعیلیان درآمد و قدرت آنان روزافزون شد.

دوران مستعلى دوره حضور صلیبیون در فلسطین و شام و شکست حکومت فاطمی در مقابل آنها است. در سال 495 هجرى مستعلى بعد از هشت سال خلافت که تماماً بازیچه دست افضل بود، درگذشت و پسرش منصور با لقب الآمر بأحکام الله بر کرسى خلافت نشست. تا زمان قتل افضل در سال 515 هـ.ق، آمر هیچ کاره بود و بعد از آن هم ظلم هاى فراوانى انجام داد و سرانجام به دست گروهى از فدائیان نزارى به قتل رسید.

امام محمدباقر(ع) سال 57 هجری در مدینه به دنیا آمد و هنگام درگذشت پدربزرگوارشان سی و نه سال سن داشت. مادرش دختر امام حسن مجتبی(ع) بود.ایشان در سال 114هجری در مدینه درگذشت و در قبرستان بقیع مدفون شد. ایشان با 5 تن از خلفای بنی امیه معاصر بود که عمدتا درباره ایشان سخت گیری می کردند.

پس از آنکه عبیدالله المهدی در مراکش به زندان افکنده شد، ابوعبدالله شیعی پس از استحکام موقعیت خود در سال 296 هـ در افریقیه، با سپاهی عظیم راهی آنجا شد و او را آزاد کرد و به عنوان مهدی موعود با او بیعت کرد. سپس در رقاده علناً به عنوان خلیفه با وى بیعت شد و با لقب المهدى بالله نخستین خلیفه فاطمى گشت. پس از مدتی ابوعبدالله به قتل رسید و عبیدالله پایه هاى حکومت خویش را بر خون یاران خود بنیان نهاد. او پس از آن به رتق و فتق امور پرداخت و پس از 25 سال خلافت از دنیا رفت.

فاطمیان امامان اسماعیلى را از نسل محمد بن اسماعیل دانسته اند، ولى هیچ گاه نام دقیق نیاکان آنها را مشخص نکردند و بعدها نسل عبیدالله المهدى را با عبارت «عبیدالله بن حسین بن احمد بن عبدالله بن محمد بن اسماعیل بن جعفر الصادق» تصحیح کردند. عبیدالله خود را از نسل عبدالله افطح دانست، ولى القائم بامرالله آنرا نپذیرفته و خود را از نسل محمد بن اسماعیل دانست. ابن رزّام و اخو محسن و به تبع آنها اشاعره و زیدیان نسب علوى آنها را منکر شدند.

الحاکم بامر الله پسر العزیز بالله در حالی که یازده سال و شش ماه داشت به خلافت رسید. او در مال بخشنده، ولى در عین حال خونریز بود. او اوایل به سبّ صحابه و منع نماز تراویح دستور داد اما پس از مدتی خلاف آن را دستور داد. سالی به مسیحیان سخت گرفت و فرمان انهدام کلیساى مزار مسیح در بیت المقدس را صادر کرد و در سالی آنان را آزاد گذاشت و... این رفتارها باعث شد برخی او را دیوانه بدانند و برخی هم قائل شدند که در او صفات ربوبى حلول کرده. او سال 411 هجرى به گردش رفت و هرگز بازنگشت.