آنان كه ادعا كرده‌اند اين آيه قرآن «تمامى موجودات را جفت (نر و ماده) آفريديم» منافات با علم روز دارد بر اثر برداشتى است كه از تعبير «زوجين» داشته‌اند و آن را همواره به معناى جفت نر و ماده پنداشته اند. در صورتى كه «زوج» در برخی از آيات به معناى «صنف» و مراد از «تثنيه»، مطلق تعدّد و تكثّر است؛ بدين معنا كه از هر چيزى، اصناف و انواع متعدّدى آفريديم.
 أمّا اگر اشارتى هم در برخی از آیات در اين باره باشد، باز هم اعتراض معترض وارد نيست؛ زيرا در علم زيست شناسى ثابت شده است كه هيچ موجود زنده‌اى از قانون لقاح جنسى (نر و ماده) مستثنى نيست.
ضمن اینکه واژه «شىء» غير جانداران را هم در بر مى‌ گيرد و لحن برخی از آیات تأكيد مى ‌كند كه همه اشيا مانند جانداران براساس قانون زوجيت به وجود آمده اند؛ چرا که شالوده جهان هستى بر اتم استوار است و اتم نيز متشكل از يك جفت است: الكترون و پرتون.

احتمال نظم و هماهنگی در امور اتفاقی و تصادفی در حد صفر است. نظم و هماهنگی در پدیده های عالم، شائبه اتفاقی و تصادفی بودن آفرینش را از موضوعیت می اندازد و خبر از خالقی دانا، توانا، هوشمند و حسابگر برای آن می دهد. ما هرگز نمى ‏توانيم اندازه‏ گيرى موجودات مختلف اين جهان و كميت و كيفيت حساب شده آن را معلول تصادف بدانيم، زیرا با «حساب احتمالات» سازگار نيست. ما روی هر پدیده ای که مطالعه کنیم خواهیم دید که ساختار آن از انسجام و عملکرد آن از قوانین مشخص و ثابتی پیروی می کند. ما هر قدر مطالعات خود را دقيق تر و عميق تر كنيم به وحدت و يگانگى خالق جهان هستی ايمان بيشترى پيدا خواهيم كرد و امکان ناپذیری پدید آمدن آن بر اساس تصادف را عمیق تر درک خواهیم نمود.

اجزاى اين عالم چنان به هم پيوسته است كه همگى يك واحد را تشكيل مى دهد. تمام كرات منظومه شمسى در آغاز يك واحد به هم پيوسته بودند و تدريجاً از هم جدا شدند و در عين جدايى به هم مربوط اند. منظومه شمسى خود جزيى از يك كهكشان بزرگ است كه به ضميمه كهكشان هاى ديگر مجموعه واحدى را تشكيل مى دهند كه قانون جاذبه همچون زنجيرى آنها را به هم پيوسته است. قوانين مختلفى كه بر جهان حكومت مى كند، مانند: قانون جاذبه و سرعت نور و قوانين حركت و ...، همه جا يكسان است. اين هماهنگى دليل روشنى بر وحدت آفريدگار جهان است.

ساختمان هر اتم از نوترون، پروتون و الکترون تشکیل شده، هسته هر اتم از پروتون و نوترون، تشکیل شده و الکترون ها با سرعت بالایی در اطراف هسته، در گردشند. اتم دارای قدرت عظیمی است اما انسان های ناآگاه، از نیروی اتم، بمب های اتمی ساخته و به کشتار بی گناهان می پردازد، همانند بمباران اتمی دو شهر ژاپن، که نمونه ای از انحراف در مسیر استفاده از نیروها و منابع حیاتی است.  از سوى دیگر مطالعه در دنیای اتم­ها، ما رابه خداوند بى نهایت بزرگ راهنمائى کرده و با عظمت، قدرت و علم بى پایان او آشنا مى سازد.

در جهان اتم ها بیش از همه چند خصوصیت جلب توجه مى کند: 1- تا کنون بیش از صد عنصر کشف شده که از یک تا صد الکترون دارند. 2- نیروی جاذبه و دافعه در اتم ها طوری است که الکترون ها همیشه در حال تعادل اند. 3- الکترون هاى اتمها در مدارهاى متعدد و در فاصله هاى معین هر کدام در مرز خود با سرعت در حرکتند، بدون این که تضادى میان آنها رخ دهد. 4- اتم چنان نیروی عظیمی دارد که یک بمب بسیار کوچک اتمى می تواند یک برج فولادى را آب کرده و سپس بخار نماید.

اولا: دایره هستی منحصر به «محسوسات» نیست و در جهان هستی امور بسیار زیادی وجود دارند که از قلمرو دید و حس ما بیرون اند ولی کسی منکر وجود آنها نیست.
ثانیا: منظور امام علی(ع) نمی تواند «رؤیت جسمانی» خدا باشد؛ زیرا خود تصریح می کند که: «او را چشم ها با مشاهده ديدگان‌ نمي بينند وليكن‌ دل ها به‌ حقائق‌ ايمان‌ مي‌ بينند».
طبق «منطق معنوی» خداباوران، انسان با بندگی و تقوا می تواند به مرحله ای برسد که هیچ شکی نسبت به حقایق نداشته باشد، به گونه ای که گویا حقایق را با چشم می بیند.
ثالثا: ابزار شناخت خداوند، «براهین عقلی و فلسفی» و نظر به آیات و نشانه های او در جهان و اندیشه در نظم موجود در آفرینش است؛ هر كس مى‏ تواند با نظر به «آثار خداوند» در جهان به طور اجمال از وجود ذات و صفات پروردگار آگاه شود.

علم به وقوع قیامت تنها نزد خداوند است، و هیچ کس جز او نمى تواند وقت آن را آشکار سازد، ولى دو نشانه سربسته براى آن بیان مى کند: 1- قیام ساعت در آسمان ها و زمین، مسأله سنگینى است؛ چه حادثه اى ممکن است از این سنگین تر بوده باشد، در حالى که در آستانه قیامت، همه کرات آسمانى به هم مى ریزند، آفتاب خاموش، ماه تاریک، ستارگان بى فروغ و اتم ها متلاشى مى گردند، و از بقایاى آنها جهانى نو، با طرحى تازه ریخته مى شود. 2- قیام ساعت، ناگهانى است، یعنى: بدون مقدمات تدریجى، و به شکل انقلابى تحقق مى یابد.

با پيشرفت علم و دانش  هر روز آشکارتر مي شود که خداوند تمام عالم را با اندازه گيري دقيق آفريده است. دانشمندان با همين اندازه هاي دقيق در آفرينش مي توانند پيش بيني دقيقي براي کسوف، خسوف و ديگر وقايع علمي حتي در ده ها سال آينده داشته باشند. اين اندازه گيري ها درموجودات ريز، اتم ها، اکوسيستم، حيات جانوري، نسبت زاد و ولد و تغذيه حيوانات و...گوشه اي از حقيقت«إنّا کُلَّ شَىْء خَلَقْناهُ بِقَدَر» را آشکار مي نمايد.

طبق آیات 1ـ2 سوره تکویر خورشید و ستارگان در آستانه قیامت، خاموش مى شوند؛ زیرا گرچه حجم خورشید، که اتمهاى آن دائماً در حال تجزیه و تشعشع و تبدیل به انرژى است، به قدرى عظیم است که با گذشت هزاران سال کمترین تغییرى ظاهراً در وضع آن حاصل نمى شود، ولی در دراز مدت کم فروغ و عاقبت بى نور خواهد شد و این حقیقتى است که با علم امروز کاملاً هماهنگ مى باشد و قرآن1400 سال پیش به آن اشاره کرده است.