قرآن كتاب تربيت و هدايت است؛ در آیاتی از قرآن که می گویند همه چیز در آن بیان شده و چیزی فرو گذار نشده است، منظور از «همه چيز» تمام امورى است كه براى پيمودن راه تربيت و هدايت لازم است. قرآن دایرة المعارفی بزرگ و گردآمده از همه گزاره های جزئی و فرمول های علومی چون رياضى و جغرافيايى و شيمى و فيزيک و گياه شناسى و... نیست. منظور از همه چیز در اين گونه آيات، يك امر نسبى است؛ يعنى تمام امورى كه در هدف هدايت و تربيت انسان دخالت دارد، در اين كتاب آسمانى هست. البته قرآن دعوتی كلى به كسب همه علوم و دانش ها كرده و تمام دانش هاى ياد شده و غير آن در اين دعوت كلى جمع است و علاوه بر آن گاه گاهى به تناسب بحث هاى توحيدى و تربيتى و... پرده از روى قسمت هاى حساسى از علوم و دانش ها برداشته است و برخی از حقایق علمی به گونه ای اشاره وار در قرآن بیان شده اند.

اولا: هر جامعه ای باید نسبت به حفظ جان رهبر و مسئول خود حساس باشد و این یک امر معقول و معمول است و امری در جهت حفظ منافع همه است نه یک فرد تا خود خواهی باشد؛ حفاظت از رهبران هر جامعه که با مدیریت آنها بیشترین نفع را برای آن جامعه جلب و بیشترین ضرر را از آن دفع می کنند امری پذیرفته شده در عرف و عقلای جوامع است.
ثانیا: بیان آیه توبیخی است؛ با توجه به آیات گذشته این آیه در صدد توبیخ کسانی است که با عدم شرکت در جهاد از دستور پیامبر سرپیچی کردند؛ این آیه در حقیقت از تعلل احتمالی مسلمانان در دفاع از جان رسول الله(ص) گلایه می کند.
ثالثا: اهمیت نجات جان پیامبر با توجه به شؤون مختلف معنوی و اجتماعی ایشان به عنوان نجات دهنده آحاد آن جامعه و حفظ آیین و امت و ضمانت بقای شعله هدایت، قابل توجه است؛ با توجه به این شؤون حیاتی حفظ جان پیامبر حفظ دین و آیین و امت است.

هميشه انسان ها از اختلاف رنج مى برند و جوامع بشرى در آتش اختلاف مي سوزند و نيروهاى عظيم و امكانات فراوان به خاطر آن بر باد مى رود. انسان ها هم به تنهايى قادر به رفع اختلاف از ميان خود نيستند؛ چراكه علم آنها به حقايق محدود است؛ ولى انبياء كه علمشان از درياى بى پايان و اقيانوس بيكران علم خدا سرچشمه مى گيرد و در سطحى مافوق ديگر انسان ها قرار دارند، مى توانند نقش مهمى در برطرف ساختن اختلافات داشته باشند. به هر حال يكى از اهداف بعثت انبياء پايان دادن به اختلافات ناشی از جهل مردم است.

کثرت شاهدان نشانه ی حقانیت ادیان در عرض یکدیگر نیست، بلکه نشانه حقانیت ادیان در طول یکدیگر است؛ یعنی شریعت هر عصری کاملتر از شریعت قبلی و ناسخ آن است و تمام مردم هر عصری باید به شریعت آن عصر درآیند. چون اسلام، کاملترین شرایع و ناسخ همه آن هاست؛ پس تمام مردم باید به دین اسلام درآیند.  
پیامبر هر امتی در روز قیامت برای امت عصر و دوره خودش شاهد است؛ لذا این آیه ناظر به مردم عصر محمدی(ص) نیست؛ زیرا همگی جزء امت ایشان هستند، چه اسلام بیاورند و چه نیاورند.

«ولایت فقیه» به معنای جواز تصرف و سرپرستی و عهده دار شدن شخص فقیه در یک امر خاص است. گاه این امر شخصی است مانند اجرای عقد نکاح و گاهی امری کلی مثل عهده داری حکومت جامعه اسلامی. اقوال مختلفی بین فقها وجود دارد که محدوده مجاز برای اعمال ولایت فقیه تا چه اندازه است؟ آیا فقیه بر همه شؤون حکومتی و اجتماعی، امور حسبه، اموال و انفس مردم و...  ولایت دارد یا نه ولایت او منحصر است در سرپرستی امور خاص؟

به باور امام خمینی هر اختیاری که پیامبر اسلام(ص) در اداره جامعه اسلامی داشته برای فقیه عادل هم ثابت است اعم از تدارک و بسیج سپاه، تعیین والیان ولایات و استانداران، گرفتن مالیات و صرف آن در مصالح مسلمانان و... البته این درباره اختیاراتی است که معصوم(ع) از جنبه ولایت و سلطنت اجتماعی و سیاسی دارد.

استدلال هایی که راجع به این موضوع با توجه به آیات قرآن نقل شده، هیچ کدام درست و منطقی نیستند. آیه نقل شده از سوره سجده اشاره به موضوعاتی چون توحید و معاد دارد و چنان برداشتی از آن با الفاظ و واژه های استفاده شده در این آیه هیچ مناسبتی ندارد. آیه نقل شده از سوره یوسف نیز اخطاری به مشرکان است که به آنها یادآور می شود هنگام رسیدن وقت عذاب، تأخیری در نزول آن وجود نخواهد داشت و راه فراری از آن نیست. 

سیر پیدایش انحراف به همان سال‌های اولیّه بعد از رحلت پیامبر(ص) مي‌رسد. انحرافات مزبور در زمینه‌هایی بود که اهل سیاست می‌توانستند به راحتی از آنها بهره‌گیری کرده و در تحمیق مردم و نیز توجیه استبداد و زورگویی خود از آنها استفاده کنند. بنی امیّه در پیدایش و گسترش این انحرافات، نقشی عظیم داشتند.

سه مفهوم «اطاعت از ائمه»، «لزوم جماعت»، «حرمت نقض بیعت» از رایج‌ترین اصطلاحاتی سیاسی بود که خلفا به کار می‌بردند. شاید بتوان گفت سه مفهوم مزبور، پایه خلافت و نیز دوام آن را تضمین می‌کرد. خلفای بنی امیّه و بعدها بنی عبّاس با به ‌کارگیری این مفاهیم در شکل تحریف ‌شده آن، که هیچ قید و شرطی نداشت، مردم را وادار به پذیرش حکومت خود می‌کردند. نتیجه این انحرافات برای آینده نیز این بود که هیچ‌گاه حرکت امام حسین(ع) برای اهل سنّت، یک قیام علیه فساد قلمداد نشده و تنها آن را یک «شورش» غیر قانونی شناختند.

یکی دیگر از انحرافات دینی در جامعه اسلامی «اعتقاد به جبر» بود. معاویه با ترویج این عقیده از آن به نفع سیاست های خویش استفاده کرد و هنگام گرفتن بیعت برای یزید می‌گفت: «مسأله یزید، قضایی از قضاهای الهی است و در این مورد کسی از خود اختیاری ندارد». وقتی عمر بن سعد مورد اعتراض قرار گرفت که چرا به سبب حکومت ری، امام حسین(ع) را کشت؟ گفت: «این کار از جانب خدا مقدّر شده بود». کعب الاحبار نیز تا زنده بود، غیبگویی می‌کرد که حکومت به بنی هاشم نخواهد رسید!

مجازات فوری و نابود کردن ظالم با «اختیار» انسان و اتمام حجّت منافات دارد. اگر هر عمل ظالمانه ای، بلافاصله و به صورت فوری، جزا داده شود، هیچ کس جرأتی برای بروز اراده واقعی و ظهور باطنش نخواهد داشت.
فرصت دادن به ظالمان به معنی سکوت خداوند در برابر ظلم نیست؛ ممکن است برخي از ظالمان توبه كنند. گاهی خداوند طبق «سنّت استدراج» به ظالمان فرصت می دهد تا زمینه شدید تر شدن عذاب اخروی خود را فراهم کنند. همچنین طبق خاصیّت نظام هستی، نمی ‌‌توان در این دنیا تمام مجازات برخی از ظالمان را اجرا نمود.
از طرفی خداوند سرنوشت هیچ قوم و ملّتى را تغییر نمى دهد مگر آن که آنان آنچه را در وجود خودشان است تغییر دهند؛ خداوند هم ظلم کردن و هم زير بار ظلم‌ رفتن را نمي‌ پذيرد.

برخی برای انکار خاتمیت به آیاتی مثل «وَ لِكُلِ‏ أُمَّةٍ رَسُولٌ» و «لِكُلِ‏ أُمَّةٍ أَجَلٌ» و «يَا بَنِي آدَمَ إِمَّا يَأْتِيَنَّكُمْ‏ رُسُلٌ‏ مِنْكُمْ‏ يَقُصُّونَ عَلَيْكُمْ» و... استدلال کرده اند. اما هیچ یک از این آیات منافاتی با خاتمیت ندارد زیرا امت در دو آیه نخست به معنای «گروه» می باشد و منافاتی ندارد که انسانهای بعد از پیامبر اسلام همه امت اسلام باشند. در سومین آیه هم لفظ «يَأْتِيَنَّكُمْ» که بصورت مضارع آمده به معنای تداوم رسالت در مجموعه فرزندان آدم می باشد که آخرین آنها پیامبر اسلام است.

حضرت علی(ع) در موارد متعددی راجع به موضوع امامت شان صراحتا بیاناتی را فرموده اند. بخشی از صریح ترین این بیانات، احتجاجات آن حضرت به آیه 55 سوره مائده است. ایشان بارها با استدلال به این آیه از شایستگی خود در امامت معنوی و زعامت سیاسی جامعه سخن گفتند؛ مواردی مانند: در گفت وگویی با خلیفه اول، در شورای شش نفره بعد از مرگ خلیفه دوم و در مجلسی که در زمان خلیفه سوم با حضور چهره های شاخص منعقد شده بود، که حتی در مورد اخیر صراحتا به واقعه غدیر نیز اشاره کرده اند.

از آن گذشته ایشان در یکی از مهم ترین خطبه های خود که به خطبه «شقشقیه» نیز شناخته می شود صریحا حقانیت خود در خلافت و غصب این حق توسط دیگران صحبت می کنند و می فرمایند که فلان شخص جامۀ خلافت را بر تن کرد در حالى که مى دانست جایگاه من در حکومت اسلامى چون محور سنگ هاى آسیاب است او مى دانست که سیل علوم از دامن کوهسار من جارى است و مرغان دور پرواز اندیشه ها به بلنداى ارزش من نتوانند پرواز کرد.