امام علي(ع) در پاسخ به اتّهام يكي از اعضاي شوراي خلافت درباره «حريص بودن خود به خلافت» مي فرمايد: «به خدا سوگند! شما با اينكه دورتريد، حريص تريد [چرا كه خلافت، شايسته اهل بيت پيامبر(ع) است كه به اين كانونِ هدايت نزديك ترند] و من شايسته تر و نزديكترم، من فقط حق خويش را مطالبه كردم [چرا كه از همه شايسته ترم و پيامبر(ص) نيز مرا تعيين فرموده]؛ ولى شما ميان من و آن حايل مى شويد و دست ردّ بر سينه ام مى گذاريد، هنگامى كه در آن جمع حاضر با اين دليل كوبنده به او پاسخ گفتم، مبهوت و سرگردان ماند و نمى دانست در پاسخم چه بگويد!».

امام علی(ع) با هشدار نسبت به پیامدهای تصمیم شورای شش نفره می فرماید: «هيچ كس زودتر از من دعوت حق را اجابت نكرد و همانند من به صله رحم و احسان نپرداخت». امام با اشاره به فضایل خود، به شرح آينده اين انتخاب پرداخته و مى فرماید: «با چشم خود شمشيرهايى را ببينيد كه از نيام درآمده و به پيمان ها خيانت شده، بعضى از شما پيشوايان ضلالت، و بعضى پيروان اهل جهالت خواهيد بود ...».

ایشان در خطبه شقشقیّه مى فرماید: «...خلیفه دوم در آستانه وفات، خلافت را در گروهى به شورا گذاشت که به پندارش من نیز یکى از آنها بودم. پناه بر خدا از این شورا که مرا همسنگ امثال اینها  قرار دادند. ولى من به خاطر مصالح اسلام با آنها همکاری کردم. سرانجام یکى از اعضاى شورا به خاطر کینه اش از من روى بر تافت و دیگرى به خاطر دامادیش تمایل به دیگرى پیدا کرد، علاوه بر جهات دیگرى که ذکر آن خوشایند نیست...».

چون با عثمان بیعت شد، مقداد مى گفت: به خدا سوگند، ندیدم که با اهل بیت پیامبرى پس از او چنین کنند که با این خاندان کردند. به خدا سوگند، من آنها را به خاطر محبّتم به پیامبر خدا(ص)، دوست دارم.  قریش، خود را به سبب وابستگى به آنها، از سایر مردم، برتر دیدند و با این حال، همگى بر بیرون کشیدن قدرت پیامبر(ص) از دست اینان، اتّفاق کردند. به خدا سوگند، اگر من یاورانى علیه قریش داشتم، همچون روز بدر و اُحد با آنان مى جنگیدم.

على(ع)، عثمان، طلحه، زبیر، سعد وقاص و عبدالرحمان بن عوف اعضای شورایی بودند که عمر انتخاب کرد.
در جلسه شوری نخست طلحه به نفع عثمان کنار رفت؛ زبیر نیز، به نفع امام(ع) و سعد وقّاص به نفع عبد الرحمان کنار کشید. بعد پسر عوف رو به على(ع) کرد و گفت: با تو بیعت مى کنم بر کتاب خدا و سنّت پیامبر(ص) و روش شیخَین. على(ع) آخرین شرط او را نپذیرفت. بعد خطاب به عثمان همان سخن را تکرار کرد. عثمان فوراً پذیرفت و عبد الرحمان با او به عنوان «امیر مؤمنان» بیعت کرد.
 

شرکت امام(ع) در این شورا نشانه تأیید آن نیست. بلکه می توانست راهی برای احقاق حق باشد و با وجود اندک احتمالی، شایسته بود که ایشان در این شورا شرکت کند. ضمنا این مشارکت برای این بود که لااقل مصالح اسلام و مسلمین در حد امکان محفوظ بماند، شکاف کمتر شود و فساد مستولى نگردد. علاوه بر این، آنچه از تاریخ بر می آید اضطرار ایشان برای شرکت در این شورا است و گفتار امام در خطبه شقشقیه نیز شاهدی بر این مدعاست.

مورخین در کتاب های خود نوشته اند: عمر به شایستگی امام علی(ع) در خلافت بر مسلمین اعتراف کرده است. کتاب استیعاب روایت کرده که عمر به ابن عباس گفت: به خدا سوگند، اگر علی بن ابیطالب حکومت مسلمانان را به عهده گیرد، آنان را به طریق روشن هدایت می کند و او سزاوارترینِ مردم به خلافت است؛ امّا قریش، او را تحمّل نمى کند.

علی(ع) اعتقاد داشت، عبدالرحمن خلافت را به برادر زنش عثمان سپرد، تا او هم بعد از مرگ به خودش باز گردانَد. کما اینکه عثمانْ هنگام مرگ، عهدى براى خلافت پس خود براى عبدالرحمان نوشت. امام به آنها می فرمود: «خوب مى دانید که من از دیگران به خلافت سزاوارترم. به خدا سوگند، تا آنجا تسلیم هستم که کارهاى مسلمانان به سلامت باشد و در آن ستمى نباشد، مگر بر خودم؛ و این به خاطر پاداش و فضیلت صبر و نیز بى رغبتى به زر و زیورى است که به خاطرش بر هم پیشى مى گیرید».

بعد از بیعت اعضای شورای شش نفره با عثمان، حضرت علی همچنان با عثمان بیعت نکرده بود. عبدالرحمن بن عوف حضرت علی را در صورت اصرار بر بیعت نکردن به مرگ تهدید کرد. به خاطر همین در شرح نهج البلاغه می خوانیم که حضرت علی فرمود: از سر نا خشنودی و کراهت، بیعت کردم.

برخی گفته اند: شرکت علی(ع) در شورا نشانه نبودن دستوری از سوی پیامبر(ص) درباره خلافت است. پاسخ: علی(ع) به دلائلی مجبور به شرکت در آن شورا بود؛ از جمله این دلائل: 1-ترس از بروز فتنه. 2-دستور عمر به کشتن کسی که با تصمیمات شورا مخالفت کند، باعث به خطر افتادن جان حضرت می شد. 3-اثبات تناقض عمر در قول و عمل؛ زیرا عمر قبلاً از پیامبر(ص) نقل کرد: خلافت و نبوت در یک خاندان جمع نمی شود، از طرفی علی(ع) را برای خلافت در شورا کاندید کرد. 4- شورا فرصتی برای بیان برتری علی(ع) بر سایرین بود.