اولا: سخن خداوند در آیه 20 سوره انعام سخنی جدلی و در پاسخ عقیده باطل مشرکین بوده و منطبق با منطق آنها بوده، نه اینکه سبب فرزند نداشتن خداوند منحصر در همسر نداشتن او باشد! چرا که همسر گزیدن براى خداى تعالى معقول نيست، زیرا همسرگزینی از عوارض موجودات جسمانی و مادی است و او از چنین عوارضی پاک و منزه است.
ثانیا: کلام حضرت مریم(س) کلامی ناظر به شیوه های طبیعی تولد فرزندان انسان است و منافاتی با اراده الهی ندارد. حضرت مریم(س) در اين حال تنها به اسباب عادى مى انديشيد، در حالی که نظام عالم طبيعت مخلوق خدا و محكوم فرمان او است و هر گاه بخواهد مى تواند اين نظام را دگرگون سازد و به وسيله اسباب و عوامل غير عادى‏ موجوداتى را بيافريند.
ثالثا: هدف از تولد حضرت عیسی(ع) از مادری بدون همسر اين بوده كه خداوند بشرى به وجود آورد كه مظهر قدرت او باشد و از اين طريق حجّت را بر ملّت لجوج بنى اسرائيل كه زير بار دعوت دیگر پيامبران پس از حضرت موسى(ع) نمى رفتند، تمام كند و از آنجا که حکمت خاصی دارد، نمی توان داستان آن را به عنوان نقض دیگر آیات قرآن در چگونگی تولد فرزندان انسان در نظر گرفت.

نفوذ وسوسه های شیطانی در وحی انبیاء علاوه بر اینکه ادعای بی اساس و بی دلیلی است با اصل موضوع بعثت انبیاء منافات دارد و برای همین بر اساس حکمت الهی منتفی است. اگر قرار باشد شیطان بتواند دخل و تصرفی در وحی کند، خداوند از آن مطلع بوده و قادر است آن را رفع کند و چون خداوند متعال می خواهد پیامش به صورت صحیح به بندگانش ابلاغ شود، مانع چنین تلقین های شیطانی خواهد شد.

قصص قرآنى از نظر محتوا و هدف شامل همه حكمت‌هاى نزول قرآن مى شود و در اين راه شيوه‌اى كارآمد است. از اين رو قرآن داستان را براى اثبات وحى و نبوت، يگانگى خدا، هم ريشه بودن اديان آسمانى و نيز براى بيم و نويد، نشان دادن نمودهاى قدرت الهى، سرانجام نيك و بدى، صبر يا ناشكيبايى، سپاسگزارى يا سركشى و ديگر اهداف رسالى، تربيتى و يا سنت‌هاى تاريخى و اجتماعى به كار مى برد.

تكرارهاى صورت گرفته در قرآن به گوناگونى هدف‌هايى بر مى‌گردد كه قرآن در پى آن است. يك قصّه ممكن است داراى ابعادى چند باشد و با يك بار گفتن، پيام‌هاى هدايتى و تربيتى آن پايان نيابد؛ از اين رو در مناسبت‌هاى پيش آمده، هر بار به لحاظ بُعدى از آن تكرار مى‌شود و در نوبت ديگر، اين مناسبت تغيير مى‌كند و مناسبتى ديگر جايگزين آن مى‌شود. از دیدگاه ادبى نیز تكرار قصّه‌ها در قرآن، همراه با نكته‌ها و ظرافت‌هایى است كه بر حسب مناسبت‌ها لحاظ مى شود.

از جمله مصادیق و نمادهای «آزادی هنری» در قصص قرآن می توان به نادیده انگاشتن عناصر تاریخى، گزینش حادثه‌ها، آزادى در چینش صحنه‌ها، نگریستن از زاویه‌هاى گوناگون به یك حادثه و ارائه گزارش‌ها و تصویرهاى گوناگون از یك صحنه و ... اشاره كرد.

آری بیان قرآن کریم درباره «فرعون»، «مصر» و «بنی‌اسرائیل» با گزارش‌های تاریخی سازگاری ندارد، لکن منشاء این امر عدم واقع‌گرایی قرآن نیست؛ بلکه دلیل آن این است که وقایع تاریخى مصر باستان به جهت آنكه مایه رسوایى فراعنه مصر مى‌شد، نادیده انگاشته شده و در گزارشات تاریخی منعکس نگردیده و یا حقایق واژگون گشته و رسوایی‌ها تبدیل به نام نیك گشته و به پاى تاریخ نوشته شده است.

با وجود عصمت پيامبران، قرآن به گناه برخي از آنان اذعان كرده است؛ پاسخ اين است كه گناه در همه اين موارد جنبه نسبى دارد؛ يعنى اينها از قبيل گناهان مطلق و معمولي نيست كه نسبت به مقام شامخ پيشوايان بزرگ دين، اطلاق شده است. آنها به اندازه اى به خدا نزديكند كه حتى يك لحظه سلب توجه از خداوند براى آنها لغزش به حساب مي آيد. بنابراين مقام، موقعيت معنوى و ... پيامبران به قدرى برجسته است كه يك غفلتِ جزئى در يك كار ساده معمولى و يا در توجّه خاص و هميشگى كه بايد به خداوند داشته باشند، گناه ناميده مى شود.

کمی تأمل در متن آیات و رجوع به روایات نشان می دهد درخواست این دو پیامبر بزرگ الهی با یقین آنها به توحید و معاد و عصمت آنها منافات ندارد و همانطور که در قرآن آمده حضرت ابراهیم با وجود ایمان به معاد برای اطمینان قلبی چنین درخواستی کرد؛ «لِيَطمَئنّ قَلبى»، آن هم درباره چگونگى و کیفیت رستاخيز نه درباره اصل معاد. حضرت موسی هم درخواست رؤیت قلبی نمود. حتی اگر رؤیت ظاهری اراده شود، اين تقاضا را از زبان برخی از جاهلان قوم كرد که اصرار داشتند كه بايد خدا را ببينند تا ايمان آورند وگرنه خود او یقین داشت که خدا با چشم دیده نمی شود.

آیاتی در قرآن وجود دارد که به تحریف قسمت هایی از تورات و انجیل که باب میل اهل کتاب نبوده اشاره دارد؛ از جمله: «يَسمعُون‏ كَلامَ الله ثم يُحرّفُونه» و «يَلوُونَ‏ ألسِنتَهُم‏ بِالكِتابِ‏ لِتحسبُوهُ من الكِتابِ وَ ما هُو من الكِتابِ» و «يُحرّفُونَ الكَلِمَ عَن مَواضعهِ‏». همچنین تفاوت اساسی قرآن با تورات و انجیل در نقل داستان انبیاء به تحریف شدگی این دو کتاب در این باره دلالت دارد. با وجود اینها در قرآن شواهدی است که قسمت هایی از این دو کتاب در زمان نزول قرآن تحریف نشده، مانند تعبیر «مُصدّق لِما مَعهُم‏» در آیاتی از سوره بقره و مائده.

فرعون نسبت به بني‌اسرائيل دو بار دستور كشتار داده است. كشتار اول قبل از تولد حضرت موسی(ع) براي جلوگيري از ولادت ايشان بوده و كشتار دوم از بيم افزايش قدرت موسى(ع) و يارانش بوده است. در مرتبه دوم دستور كشتن پسران و به بردگى گرفتن زنان را داده تا شكوه موسى(ع) و هوادارانش را فرو ريزد، ولى بخت با فرعون يار نبود و خداوند فرعونيان را نابود ساخت.