نظريه فلاسفه جديد كه «وحي» را به عنوان يكى از مظاهر شعور باطن و يا وجدان ناآگاه معرفى كرده اند داراي اشكالات متعدّدي است؛ ازجمله: 1. هيچ گونه دليلى مبنى بر تطبيق مسئله وحى بر موضوع شعور ناآگاه وجود ندارد. 2. اين چه اصرارى است كه تمام حقايق جهان و محتويات فكر انسانى را تنها با همين معلومات تجربى فعلى تفسير كنيم؟ 3. سخن فلاسفه با اظهارات پيامبران و كتب آسمانى سازگار نيست و هرگز پيروان اديان را قانع نمى كند. 4. اين طرز تفكر، بيشتر به طرز تفكّر فلاسفه مادّى شبيه است كه اصرار دارند همه چيز را طبق اصول مادّى گرى خود تفسير كنند.

«وحى» مي تواند ارتباط مستقيم تعليمى با «مبدأ جهان هستى» برقرار كند؛ زيرا نه در فلسفه و نه در علوم طبيعى، كوچك ترين دليلى بر محال بودن چنين رابطه اى نمى يابيم و با هيچ منطقى نمى توان اثبات كرد كه ارتباط انسان با خداوند و دريافت حقايقى از آن مبدأ بزرگ ممكن نيست. حتى در حيوانات، احساسات و ادراكات مرموزى ديده مى شود كه تمام دانشمندان جهان در تفسير آن عاجز مانده اند؛ ولي ما چاره اى نداريم جز اينكه به وجود چنين رابطه اسرارآميزى، ميان پيامبران و مبدأ عالَم اعتراف كنيم و شاهد آن، همان آثارى است كه در وجود پيامبران و تعاليم آنها ديده مى شود.

پیشرفت علوم طبیعی در غرب با برخورد و مخالفت کلیسا و رهبران آن روبرو شد؛ زیرا کلیسا این پیشرفت و بیداری را مانع تعلیمات خرافی و قدرت خود می دانست بنابراین این برخورد کلیسا باعث شد تا دانشمندان خیال کنند که مذهب باعث عقب ماندگی علمی و فکری و خشونت و کشتار و در کل مزاحم آزادی فکری و رفاه مادی و اقتصادی و ... شده است؛ ولی اگر این دانشمندان با مذهبی مثل اسلام برخورد مي كردند که دعوت به فکر و اندیشه می کند و آن را عبادت می شمارد قطعاً برداشت دیگری از دین داشتند.

«اعجاز علمى قرآن» مربوط به اشاراتى است كه از گوشه هاى سخن خداوند آشکار شده و هدف اصلى نبوده؛ زيرا قرآن كتاب هدايت است و هدف اصلى آن جهت بخشيدن به زندگى انسان و آموختن راه سعادت است. اما برخی، قرآن را علاوه بر يك كتاب تشريعى، كتاب علمى نيز می دانند، و نکته دیگر اینکه، آيا قرآن در هنگام تحدّي، به این اشارات علمی نیز نظر داشته است؟ برخى معتقدند، اين گونه اشارات علمى دليل بر اعجاز می باشد؛ زیرا چنين سخنی در آن روزگار، جز از پروردگار جهان امكان صدور نداشته، لذا مسئله اعجاز علمى قرآن مطرح گرديده است!

بعضى از مفسران غرب زده تلاش می کنند مفاهيم قرآنى را بر اساس اصول علوم طبيعى و يا موازين مادى تفسير كنند، لذا گهگاه گرفتار تفسير به رأى شده اند. به عنوان مثال نویسنده تفسیر «المنار» ذیل آيه 260 سوره «بقره» می نویسد: «منظور اين است كه چهار مرغ را انتخاب كن و آنها را چنان تربيت كن كه با تو انس بگيرند، آن چنان كه هر وقت آنها را صدا بزنى به سراغ تو بيايند. سپس هر يك را بر كوهى بگذار، آنها را صدا كن آنها به سرعت به سوى تو مى آيند. همين گونه است فرمان پروردگار هنگامى كه بخواهد مردگان را زنده كند آنها را طبق فرمان تكوين صدا مى زند كه زنده شويد، بلافاصله زنده مى شوند».

بعضى از نويسندگان اسلامى که تحت تأثير منطق مادّیون قرار گرفته اند، بى ميل نيستند كه با مادّى ها در موضوع انكار معجزات هم صدا شوند و از آيات قرآن مجيد نيز شاهدى براى مقصود خود بياورند! آنها مى گويند: «هنگامى كه مشركان عرب از پيامبر اسلام(ص) تقاضاى معجزات گوناگونى كردند، آن حضرت سريعاً به عجز خود اعتراف نمود و دست ردّ به سينه آنها گذارد ...»! در پاسخ بايد گفت: اولاً: بسيارى از خواسته هاى مخالفان پيامبر(ص)، منطبق با شرائط معجزه نبوده است. ثانياً: از آيات قرآن به خوبى بر مى آيد كه مخالفان پيامبر(ص)، مردمى لجوج، معاند و بى منطق بوده اند و حتى با ديدن معجزات آشكار باز هم حاضر نبودند در برابر حقيقت تسليم شوند.

 اگر فرض کنیم نوع انسان به طبع نخستین خود، حدّ ثابتى از عمر را دارد، ولى با این حال این موضوع را نمى توان به همه افراد تعمیم داد؛ زیرا معمولا در میان انواع موجودات زنده، همیشه افراد استثنایى وجود دارند که با استانداردها و ضوابطى که در علوم طبیعى و تجربى دیده ایم مطابقت ندارند، به طوری که حتّى گاهى علم از تفسیر وضع آنها عاجز مى گردد. با توجه به این مطلب، نمی توان مساله طول عمر امام زمان(عج) را ردّ کرد.

مخالفت دانشمندان با دین، از زمانى آغاز شد که کلیسا با ترویج خرافات در دین مسیح(ع)، بر سراسر اروپا حکومت مى کرد و از طرفى چون انتشار حقایق علمى با منافع شخصى پاپ در تضاد بود، کلیسا به شدّت با گسترش علم مخالفت می کرد. در این شرایط، با ظهور نهضت هاى علمى، روشنفکرانى که از عقاید خرافى خسته شده بودند و همچنین آزادی خواهان، به مبارزه با دین پرداختند. گروهى از آنان به منظور کسب قدرت و گروه دیگر به خاطر گسترش علوم طبیعى و جلوگیرى از انتشار خرافات کلیسا، به مخالفت با دین پرداختند.

با مطالعه جهان هستى در می یابیم که همه موجودات تحت یک برنامه و نظم اساسى قرار دارند. دانشمندان علوم طبیعى، به عنوان کاشف این اسرار، باید پیش از همه، به آن مبدأ قدرت، ایمان بیاورند، زیرا آنان مطالعه کنندگان و حل کنندگان مجهولات جهان هستى هستند، اما برخی از آنان همانند ساحل نشینانی که آب دریا را نشناخته اند، به خدا ایمان ندارند. در این میان بسیارى از دانشمندان علوم طبیعى، با کمال صراحت، اعتقاد خود را به خدا اعلام نموده اند، همانند: هرشل، دونالد هانرى پورتر، پاسکال و... .