این دو تفاوتهای زیادی باهم دارند؛ در قرون وسطی، حکومت دینی از طرف کلیسا به پاپ داده شد تا بدون هیچ محدویتی بر مردم حکومت کند و در مقابل مردم نیز باید تسلیم محض باشند. اما حاکم در نظام دینی اسلام؛ اگرچه پیامبر یا امام باشد، در گستره خاصی سلطه داشته و می تواند نظر دهد و قدرتش بی حدّ و مرز نیست. ضمن اینکه حاکمان مسیحی هیچ دستور نظام مندی در مورد مسائل سیاسی و حکومتی نداشتند و تنها به مواعظ اخلاقی اکتفا می کردند، در حالی که اسلام دین جامعی است که در تمام زمینه ها از خود دستوری به جای گذاشته است.

بدون تردید خاستگاه و جایگاه «مدرنیسم» را باید در غرب جست و جو کرد. «هالینگ دیل» یکی از تئوریسین های مدرنیسم، عواملی نظیر شکست قدرت دینی کلیسا و تزلزل سلطه نهادهای مذهبی، ظهور و پیدایش علوم تجربی و احیای دانش و معرفت شناسی دینی به سبک نوین را از جمله عوامل زمینه سازی می شناسند که فضای مناسبی را برای شکوفایی فلسفه نوین در غرب فراهم آورد. به نظر وی، «تفکر از قیمومیت جزمیت مسیحی آزاد شد و به راه های اصلی اش بازگشت».

نظام های رهبانی از قدیمی ترین نظام ها هستند که تاریخ آن ها به نیمه ی اول قرون وسطا می رسد. همه آنها دارای قوانین کم و بیش دقیقی هستند. کار پیروان این نظام ها اساساً از یک سلسله اعمال مرتاضانه و زندگی فداکارانه، همچنین کارهایی که به مردان اختصاص دارد، و مطالعه تشکیل می شود. افراد این نظام ها مصداق واقعی کلمه ی «راهب» هستند.

در عصر نزول قرآن، عقیده به ثابت بودن زمین و حرکت کرات به دور آن که از هیات بطلمیوسی نشأت می گرفت، باور رایج محافل علمی جهان بود. گالیله و کپرنیک، نخستین دانشمندانی بودند که حرکت زمین را کشف کردند. آنان با ابراز عقیده خود در اواخر قرن 16 میلادی، با مخالفت شدید کلیسا روبرو شدند، این در حالی است که ده قرن پیش از آن، قرآن در آیه 88 سوره نمل، از حقیقتی علمی پرده برداشته و حرکت زمین را با عباراتی زیبا بیان کرده و آن را شاهد و گواه بر عظمت و وحدانیت خداوند دانسته بود.

مخالفت دانشمندان با دین، از زمانى آغاز شد که کلیسا با ترویج خرافات در دین مسیح(ع)، بر سراسر اروپا حکومت مى کرد و از طرفى چون انتشار حقایق علمى با منافع شخصى پاپ در تضاد بود، کلیسا به شدّت با گسترش علم مخالفت می کرد. در این شرایط، با ظهور نهضت هاى علمى، روشنفکرانى که از عقاید خرافى خسته شده بودند و همچنین آزادی خواهان، به مبارزه با دین پرداختند. گروهى از آنان به منظور کسب قدرت و گروه دیگر به خاطر گسترش علوم طبیعى و جلوگیرى از انتشار خرافات کلیسا، به مخالفت با دین پرداختند.

سبب ترقی جوامع سه عنصر فرهنگ، علم و ارزشهای انساني است که اسلام هر کدام از آنها را در سطح بالایی دارد. همچنین مسلمین قرنها در تمدن آفرینی و ایجاد نظامهای عالی اجتماعی بر همه برتری داشتند؛ پس اسلام مانع پیشرفت نیست. پس رفت مسلمین مربوط به درک غلط از مفاهیم دینی، تعطیل کردن برخی تعالیم اسلام، فراموشی مجاهدت های علمی، تعارضات اجتماعی - سیاسی و ظهور پدیده استعمار و... می باشد. مسیحیتی هم که مانع پیشرفت اروپاییها بود بواسطه تحریف و تفتیش عقاید کلیسای خرافی بود و قابل مقایسه با اسلام دانش گرا، نیست.

«ابرهه» حکمران یمن کلیساى باشکوهی در آنجا بنا کرد و تصمیم گرفت مردم حجاز را به جاى کعبه به سوى آن فرا خواند و آنجا را کانون حج عرب سازد. لذا به قصد ویران کردن کعبه، با لشگر عظیمى از فیل سواران عازم مکّه شد. ولی در آن هنگام پرندگانى همانند پرستو بر سرشان ظاهر شدند که هر یک از آنها سنگریزه هایی به قدر نخود با خود همراه داشت و این سنگریزه ها را بر سر لشگریان ابرهه فرو ریختند که به هر کدام از آنها اصابت مى کرد هلاک مى شد.

نهضت پنتکاستال نهضت طرفداران احیای مذهبی استاتیک(نشئه ای) است که در چند دهه ی اول قرن بیستم به تشکیل جماعت های مجزا منجر شد. این نهضت، توجه خاصی به پدیده ی جهش مانند سخن گفتن با زبان روح القدس، و ایمان شفابخش کرد. همان گونه که از اسم آن برمی آید، از این تجربه ها، احیایی از فیض روح القدس را در اولین عید پنجاهه یا گلریزان در نظر دارد. آداب رسوم نهضت پنتکاستالیست بر مذهب پوریتانی جمود دارد، اما فروتنی، فداکاری و محرومیت از همه ی لذات دنیا از ویژگی های نمایان آن است.