این دو تفاوتهای زیادی باهم دارند؛ در قرون وسطی، حکومت دینی از طرف کلیسا به پاپ داده شد تا بدون هیچ محدویتی بر مردم حکومت کند و در مقابل مردم نیز باید تسلیم محض باشند. اما حاکم در نظام دینی اسلام؛ اگرچه پیامبر یا امام باشد، در گستره خاصی سلطه داشته و می تواند نظر دهد و قدرتش بی حدّ و مرز نیست. ضمن اینکه حاکمان مسیحی هیچ دستور نظام مندی در مورد مسائل سیاسی و حکومتی نداشتند و تنها به مواعظ اخلاقی اکتفا می کردند، در حالی که اسلام دین جامعی است که در تمام زمینه ها از خود دستوری به جای گذاشته است.

مخالفت دانشمندان با دین، از زمانى آغاز شد که کلیسا با ترویج خرافات در دین مسیح(ع)، بر سراسر اروپا حکومت مى کرد و از طرفى چون انتشار حقایق علمى با منافع شخصى پاپ در تضاد بود، کلیسا به شدّت با گسترش علم مخالفت می کرد. در این شرایط، با ظهور نهضت هاى علمى، روشنفکرانى که از عقاید خرافى خسته شده بودند و همچنین آزادی خواهان، به مبارزه با دین پرداختند. گروهى از آنان به منظور کسب قدرت و گروه دیگر به خاطر گسترش علوم طبیعى و جلوگیرى از انتشار خرافات کلیسا، به مخالفت با دین پرداختند.

در قرن چهارم، کلیسای مسیحیت از کلیسایی ستم دیده به کلیسای حاکم تبدیل گردد. بسیاری از عقاید رسمی کلیسا در این قرن رسمیت یافت. در اوایل قرن چهارم، دین مسیحیت در ارمنستان رسمیت یافت. اعطای فرمان آزادی مذهبی و پس از آن رسمیت یافتن دین مسیحی در امپراطوری روم بزرگ ترین حادثه ی قرن است. در اواخر قرن چهارم ژروم کتاب مقدس را به زبان لاتینی ترجمه کرد. در پی حاکمیت کلیسا، ثروت و دنیا گرایی به کلیسا راه یافت. کلیسای پولسی به تعقیب و آزار مخالفان پرداخت. نهضت رهبانیت در مقابله با فساد کلیسایی شکل گرفت.

در قرن پنچم، مناقشات الهیّاتی به بحث در مورد شخصیت مسیح (تجسد)، گناه ذاتی و فیض الهی منتقل شد. در پایان قرن چهارم میلادی، موجودیت امپراطوری روم غربی پایان یافت. آئورلیوس آوگوستین اصل تعقیب و شکنجه را برای هدایت نسل های آینده تنظیم کرد. لئو، اسقف روم در سال های 440 تا 461 میلادی به مقام پاپی اشتغال داشت. نستوریوس عیسی مسیح(ع) را انسانی می دانست که «کلمه»ی الهی یا خدا در او ساکن شده بود. در این قرن، مسیحیّت مارونی شکل گرفت، نستوری گری اعتقاد رسمی کلیسای ایران شد و جدایی کلیساهای شرق و غرب کامل شد.

در پایان قرن پنجم، مهم ترین مباحث الهیاتی پیرامون تثلیث و تجسم پایان یافته بود. در طی ده قرن بعد از آن، مهم ترین مسائل جهان مسیحی عبارت بودند از آیین آلیسایی، پرستش تمثال ها، برجسته شدن شخصیت حضرت مریم(س)، جنگ های صلیبی و آشنایی جهان مسیحیت با فرهنگ یونانی از طریق مسلمانان، فساد اداری در نظام روحانیت و... در اواخر قرن ششم، هر هفت رسمی که اکنون در کلیسای کاتولیک رومی اجرا می شود، رواج کامل یافته بود. رنسانس که بین سال های 1350 تا 1650 در کشورهای مهم اروپایی به وقوع پیوست.

در قرن شانزدهم کشور آلمان شاهد اصلاح دینی بود که به سرعت به کشورهای دیگر نیز سرایت کرد. جان ویکیلیف در مقابل مرجعیت پاپ، مرجعیت کتاب مقدس را مطرح کرد. محاکم تفتیش رو به نقصان گذاشت. در قرن هفدهم آثار سیاسی نهضت رنسانس در قالب مدارای مذهبی ظاهر می شود. در اواسط قرن 18، نهضتی ادبی برای تقلیل رنج فرقه ی مظلوم پروتستان در فرانسه آغاز شد. قدرت سیاسی پاپ ها در اواخر قرن هیجدهم، دوباره رو به کاستی نهاد. الهیات لیبرالیستی، الهیات اگزیستانسیالیستی و راست دینی نوین از مهم ترین جریانات فکری قرون اخیرند.

واتیکان کوچکترین کشور جهان، با مساحتی در حدود 24 هکتار و در حدود هزار نفر جمعیت، یکی از کشورهای ثروتمند جهان به حساب می آید، که دارایی آن غالبا از طرف مؤمنان به حساب واتیکان واریز و بیشتر آن صرف امور فرهنگی می شود. واتیکان حدود دو میلیون مبلغ دینی و صد و نود و یک دانشگاه دارد و کتابخانه آن غنی ترین کتابخانه از نظر نسخ خطی، تاریخ علوم کلیسایی و علوم انسانی به شمار می رود. پاپ علاوه بر عهده داری مقام روحانی و رهبری کاتولیک های جهان، ریاست شورای شهر واتیکان را نیز به عهده دارد.

مهمترین حوادث قرن اول در تاریخ کلیسا:1ـ رهبری پطرس حواری پس از عروج عیسی(ع)، به عنوان اولین رهبر کلیسای اورشلیم. 2ـ جدایی مسیحیت از یهود با اعلام بطلان شریعت موسوی توسط پولس. 3ـ در سال 70 میلادی، اورشلیم توسط سپاهیان روم با خاک یکسان شد و با مهاجرت برخی مسیحیان به انطاکیه، مرکزیت کلیسا از اورشلیم به انطاکیه منتقل شد. همچنین پطرس در اواخر عمر خود مهمترین کلیسای مسیحی را در روم بنا کرد. 4ـ به اعتقاد مسیحیان، رساله های پولس و پس از آن اناجیل در نیمه ی دوم قرن اول میلادی تدوین شدند.
 

نفوذ اندیشه های یونانی بر مسیحیت و تأثیر عقاید گنوسی و اعتقاد به خدایی برتر که از این جهان کاملا جداست در پاسخ به پرسش هایی مانند اینکه کمال مطلق چگونه نقص را به وجود آورد و...، غلبه ی کلیسای پولسی و رشد روز افزون کلیسای روم و ظهور اندیشه عیسی ـ خدایی و بالاخره، تنظیم کانن مسیحیت توسط مارسیون که در کنار پولس، بزرگ ترین بدعت گذاران در دین عیسی(ع) می باشند، از مهم ترین رویدادهای قرن دوم میلادی است.

در قرن سوم، شکل تجدید شده ی فلسفه ی افلاطونی، تحت عنوان فلسفه ی نوافلاطونی پا به عرصه ی اندیشه گذاشت و مدت زمانی به صورت رقیبی برای ایمان مسیحی مطرح شد. ظهور مانویت از حوادث مهم قرن سوم است. مانی، مجوسی گری ایرانی را با تعالیم مسیحیت درهم آمیخت و دینی جدید عرضه نمود. بین سال های 249 تا 251، کلیسا با جدی ترین جفایی که تا کنون دیده بود؛ یعنی جفای دسیان (دقیانوس) روبرو شد. امپراطور دسیان در دو مرحله کلیسا را مورد حمله قرار داد.