شیعیان اعتقاد دارند که وصیت نانوشته مانده پیامبر اکرم(ص) در حادثه «یوم الخمیس»، تصریح ایشان به مساله ولایت و خلافت امام علی(ع) است. زیرا اولا: خود خلیفه دوم که مانع نوشته شدن آن وصیت نامه بود، در مواردی به این حقیقت اعتراف کرده است. ثانیا: تمهید پیامبر در گسیل داشتن اصحاب به همراهی با سپاه اسامه نشانگر نگرانی ایشان از ثبت مکتوب این جانشینی و مخالفت آن اصحاب با این امر بود. ثالثا: تعبیر آن حضرت مبنی بر گمراه نشدن امت بعد از ایشان در صورت نگاشتن آن وصیت، شباهت بسیار زیادی به تعبیر حدیث ثقلین در گمراه نشدن امت با تمسک به ثقلین است.

اولا: همه صحابه در برابر غصب خلافت سکوت نکردند؛ چنانکه در جمع سقیفه تعدادی از صحابه حضرت علی(ع) را شایسته خلافت معرفی کردند. خارج از جمع سقیفه نیز چهره های از مهاجرین و انصار و بنی هاشم با خلافت ابوبکر مخالفت کردند که بارزترین آنها چهره هایی مانند عباس بن عبدالمطلب، فضل بن عباس، زبیر بن عوام، خالد بن سعید، مقداد بن عمرو، سلمان فارسی، ابوذر غفاری، عمار یاسر، براء بن عازب و ابی بن کعب بودند. زبیر بن عوام نه تنها با تصمیمی که در سقیفه گرفته شد مخالفت کرد بلکه به روی سران سقیفه شمشیر نیز کشید. از آن جالب تر اینکه برخی از مورّخین اهل تسنن می گویند که سلمان، ابوذر، مقداد، عمار، و هشت نفر دیگر از بزرگان مهاجر و انصار تصمیم داشتند هنگام اولین سخنرانی ابوبکر بعد از سقیفه در مسجد او را از بالای منبر به زیر آورند و بکشند.
ثانیا: اعتراض آنها بنا به دلایلی ره به جایی نبرد؛ چرا که کینه هایی که برخی قریشیان از حضرت علی(ع) به دل داشتند مانع پشتیبانی آنها از ایشان می شد. از طرفی ساختار قبیله ای جامعه شبه جزیره که در آن هر قبیله ای دنبال سهم خواهی از قدرت با نفوذ در دستگاه خلافت بود، امکان سپردن جانشینی رسول خدا را از حضرت علی(ع) سلب کرد. در این میان عموم مردم به تهدید یا تطمیع از میدان به در شدند و عده ای قلیل که هنوز در برابر توطئه سقیفه مقاومت می کردند باقی ماندند که از آنها هم کاری ساخته نبود.

رسول خدا در اجرای فرمان خویش در مورد اعزام سپاه اصرار فراوان داشت. مورخان گفت و گویی میان پیامبر و اسامه را نقل می کنند که در آن اسامه خواستار درنگ در حرکت سپاه تا زمان شفا یافتن و اطمینان از حال رسول خدا بوده و در مقابل رسول خدا اصرار به ملحق شدن همه افراد به سپاه اسامه و حرکت سپاه دارد. شبیه چنین گفت وگویی میان رسول خدا با ابوبکر و عمر نیز نقل شده است.

به گواهی تاریخ، پس از رحلت رسول خدا و بیعت با ابوبکر، سپاه اسامه به طرف روم به راه افتاد اما با اینکه دستور همراهی با سپاه شامل همه مهاجرین و انصار شده بود، با وساطت ابوبکر، اسامه عمر را از همراهی با سپاه معاف کرد.

بنا به تصریح تاریخ نویسان برخی از اصحاب از جمله عمر، بعد از رحلت آن حضرت خواستار لغو دستور ایشان درباره همراهی و شتاب در حرکت سپاه اسامه یا فرماندهی شخصی باتجربه تر از اسامه شدند و بدیهی است این درخواست با نظریه عدالت صحابه سازگار نیست.

اولا: این حدیث بنا بر راست آزمایی های سندی خود اهل سنت با چالش های جدی در وثاقت بعضی از راویان آن مواجه است.

ثانیا: حق انتخاب خلیفه پیامبر به تصریح قرآن، بیانات نبوی و دلایل عقلی منحصر در خدا و رسول خدا است و اجماع جایگاهی در آن ندارد. چون امامت و مقام جانشینی پیامبر صرفا اموری اجتماعی و سیاسی نیستند و سویه های معنوی چون تکامل اخلاقی جامعه و پاسداری از شریعت را نیز شامل می شوند و بدیهی است احراز صلاحیت اشخاص برای تصدی چنین مقامی فقط در حوزه علم الهی و پیامبر اوست و با اجماع کشف و اثبات نمی گردد.

ثالثا: گزارش های تاریخی از نزاع ها، تهدیدها و اجبارهایی که در سقیفه روی داد، نشان می دهد اجماعی به صورت حقیقی پدید نیامده است. هم در جریان سقیفه و هم در بعد از آن، اشخاص برجسته ای از مهاجرین و انصار مخالف خلافت ابوبکر بودند. به همین دلیل نیز حاکمان به قدرت رسیده در سقیفه دست به دامان قبیله ای به نام بنی اسلم شدند و در قبال باج دادن به آنها، قدرت قهریه شان را برای گرفتن بیعت اجباری از مردم به خدمت گرفتند.

رابعا: اگر این قاعده درست هم باشد، هنگام به قدرت رسیدن خلیفه دوم از آن قاعده تخطی شده است. زیرا او با وصیت خلیفه اول به قدرت رسید نه در اجتماع و با اجماع. امری که موجب اعتراض بسیاری از مسلمانان اعم از مهاجرین و انصار و بزرگان صحابه و اهل شام بود.

پیامبر(ص) در آخرین روزهای عمر شریف خود اسامه را به فرماندهی سپاه مسلمانان برای جنگ با رومیان منصوب کرد و پرچم فرماندهی را به او داد و همه بزرگان مهاجر و انصار نیز در لشکر او حاضر شدند. وقتی زمزمه اعتراض برخی از اصحاب به خاطر جوانی اسامه به گوش ایشان رسید، با اینکه بسیار مریض بودند در مسجد حاضر شدند و ضمن ایراد خطبه ای همگان را به اطاعت از او فراخواندند. پیامبر(ص) تا آخرین لحظات زندگی با برکت شان توصیه می کردند که لشکر اسامه ماموریت خود را به انجام برساند.

بسیاری از مورخین مثل ابن اثیر، ابن سعد و... اشاره به حضور ابوبکر و عمر در میان سپاه اسامة دارند و حتی طبق گفته برخی این دو نفر از جمله کسانی بودند که به فرماندهی اسامه به خاطر جوانی اش اعتراض کردند.

ابن کثیر معتقد است ابوبکر در لشکر اسامه نبوده و استدلالش این است که چگونه ممکن است ابوبکر در سپاه اسامه در منطقه ای بیرون از شهر حضور داشته باشد و در عین حال پیامبر او را به امامت نماز جماعت مردم گمارده باشد. اما این نظر با قول بیشتر مورخین حتی مورخین بی طرف و غیرعلاقه مند به شیعه مبنی بر حضور ابوبکر در لشکر اسامه منافات دارد. ابن ابی الحدید نظر برخی از برجسته ترین مورخین را نقل کرده و نهایتا نتیجه می گیرد ابوبکر در سپاه اسامه حضور داشته.

بنابر تحلیل برخی علما، گسیل داشته شدن ابوبکر و عمر و سایر صحابه با سابقه به لشکر اسامه از سوی حضرت رسول به این خاطر بوده که ایشان می خواستند با خالی شدن مدینه از مدعیان، در صورت رحلتشان، حضرت علی مشکلی برای آغاز خلافت نداشته باشد. ابن ابی الحدید این تحلیل را منافی اطلاع مطلق پیامبر از حوادث آینده می داند. در پاسخ باید گفت پیامبر در این مورد نیز مثل بسیاری از مسائل دیگر بر اساس تدبیر بشری عمل کرده اند.