پس از امام علي(ع) مردم زمان خلافت معاويه، فهميدند كه او كمترين رابطه اى با امور دينى ندارد و تنها به دنبال سياست خود در جنبه هاى مادى است. دست «بنى اميّه» به خون فرزندان پيغمبر(ص) آلوده شد، عدّه اى را شهيد، جمعى را مسموم و برخی را اسير كردند. بعد از آن، مروانیان با آتش زدن خانه خدا و ويران كردن آن، پناهندگان خانه خدا را نيز كشتند. جنايات بنی امیه و بنی عباس به قدرى توسعه يافت كه مورد مذمت شعراى زمان متوكل قرار گرفت.

در منابع تاریخى اهل سنّت آمده که معاویه براى پایه گذارى خلافت یزید، مانعى مقاومتر از حسن بن على(ع) و سعد بن ابی وقاص در پیش پاى خود ندید، لذا دسیسه سم دادن آن‏ها را به اجرا درآورد که منجر به وفات هر دو شد. براى مسموم کردن حسن بن على(ع) پیامى به دختر اشعث همسر امام حسن(ع) فرستاد که به پاداش مسموم کردن آن حضرت تو را به ازدواج یزید در خواهم آورد.

امام هادى(ع) با وجود همه رنج ها و محدوديت ها هرگز به كمترين سازشى با ستمگران تن نداد. شخصيت الهى و موقعيت اجتماعى امام و نيز مبارزه منفى و عدم همكارى او با خلفا، براى طاغوت هاى زمان هراس آور بود و سرانجام در رجب سال 254هـ به دستور معتزّ مسموم گردید و مانند امامان پیشین به شهادت رسید.

معاویه پس از تثبیت ارکان قدرت خویش، امام مجتبى(ع) را مسموم ساخت. او برخلاف مفاد صلح نامه و تمام اصول انسانى و دینى، اقددام به کشتار وسیع شیعیان کرد؛ تا با از میان برداشتن مخالفان، راه را براى خودکامگى هایش هموارتر سازد. معاویه، زیاد بن ابیه را به فرمانداری کوفه منصوب کرد، او که شیعیان را به خوبی می شناخت بسیاری از آنان را به قتل رساند.

ابن صبّاغ مالکى مى گوید: «امام باقر(ع) وصیت نمود تا در لباسى که در آن نماز به جاى مى آورده، کفن شود. و از فرزندش امام جعفر صادق(ع) روایت شده که فرمود: «من نزد پدرم بودم در آن روزى که از دنیا رحلت نمود، حضرت به امورى از جمله غسل و تکفین و تدفین وصیت نمود. گفته مى شود که آن حضرت را در زمان ابراهیم بن ولید بن عبدالملک سمّ دادند». قبر شریف آن حضرت در بقیع و در کنار قبر پدر بزرگوارش امام سجاد(ع) و امام حسن (ع) قرار دارد.

مورخین می گویند: معاويه بارها ایشان را مسموم كرد؛ زيرا او و برادرش حسين(ع)، شام را عليه او مى شوراندند و در مرتبه سوم که امام را مسموم کرد، ایشان وفات كرد. و چون مرگش نزديك شد حسين(ع) گفت: «اى برادر چه كسى به تو سمّ داد؟ تا او را قبل از دفن تو بکشم»، اما ایشان از نام بردن قاتل خوددارى كرد. گفته شده: همسرش جعده به او سمّ داد.

معتمد عباسى كه همواره از محبوبيت و نفوذ معنوى امام در جامعه نگران بود، چون ديد توجه مردم به امام روز به روز بيشتر مى‏ شود و زندان و اختناق و مراقبت تأثير معكوس دارد، سرانجام به همان شيوه مزورانه ديرينه متوسل شد و امام را پنهانى مسموم ساخته و به شهادت رساند.