اولا: آیاتی از قرآن اهل کتاب را به خاطر اسلام نیاوردنشان، کافر و فاسق و مشمول لعن الهی خوانده، مانند آیه 89 سوره بقره.
ثانیا: این آیه نه تنها دلالتی بر پلورالیسم ندارد بلکه خودش دلیل نسخ و عدم مشروعیت شرایع قبلی است؛ زیرا ابتدا فرمان جنگ می دهد، سپس آنان را فاقد ایمان به خدا و فاقد دین حق می داند.
ثالثا: این آیه فقط دلالت بر همزیستی مسالمت آمیز اهل کتاب در کنار مسلمانان پس از تسلیم شدن در برابر حکومت اسلامی دارد و هیچ ربطی به پلورالیسم به معنای مشروعیت و حقانیت اهل کتاب ندارد.

اولا: در آیات قبل از آیه مورد بحث، جریان شرک تثلیثی مسیحیان و دعوت به مباهله آمده و سپس حجت را تمام کرده و کسانی را که اعراض می کنند، مفسد نامیده است. دعوت به مباهله، نشانه بطلان عقاید آنان و حقانیت انحصاری اسلام محمدی(ص) است.
ثانیا: قرآن در آیات دیگر اهل کتاب را برای ایمان نیاوردنشان، به جنگ یا پرداخت جزیه تهدید می کند: «قاتِلُوا الَّذینَ لا یُؤْمِنُونَ بِاللَّهِ ... مِنَ الَّذینَ أُوتُوا الْکِتابَ حَتَّى یُعْطُوا الْجِزْیَةَ...»؛  یعنی همواره دستور به پذیرش اسلام وجود دارد و این به معنای حقانیت انحصاری اسلام و منسوخ بودن آیین های قبلی است.
ثالثا: پس از آیات دعوت به مباهله و اتمام حجت، این آیه به معنای دعوت به اصول مشترک همه شرایع الهی و مراعات توحید و نفی شرک است؛ یعنی اگر شریعت حق محمدی(ص) را نمی پذیرید، لااقل شایسته است مشرک نباشید و عیسی(ع) را به مقام خدایی نخوانید.
رابعا: این آیه نه تنها تایید پلورالیسم و مشروعیت آیین های دیگر نیست، بلکه دعوت به اسلام است؛ زیرا پیامبر اسلام(ص) در نامه های جداگانه به پادشاهان روم و قبط، پس از اینکه آن ها را به اسلام دعوت کرده اند، این آیه را آورده اند. در روایتی از امام صادق (ع) نیز «کَلِمَةٍ سَواءٍ»، به رسالت پیامبر اسلام(ص) تفسیر شده است.

برخی می گویند: اقلیت های دینی، باید مانند سایر شهروندان یک دولت، از حقوقی یکسان برخوردار باشند. از این رو دریافت «جزیه» از اهل کتاب، نوعی تبعیض بوده و این حکم قابل خدشه است. اما در واقع اِعمال تساهل و تسامح نسبت به اهل کتاب، یکی از امتیازات اسلام است؛ زیرا چنانچه آنان قصد جنگ با مسلمانان را نداشته باشند، اسلام نیز با قراردادی، از جان و مال آنان حمایت می کند. از این رو پرداخت «جزیه»، نوعی تعهد متقابل است. از سویی مسلمانان نیز با پرداخت خمس و زکات به دولت اسلامی، هزینه های دولت را تأمین می کنند.

برخی می گویند: نحوه گرفتن «جزیه» تحقیرآمیز است؛ زیرا قرآن می فرماید: «... تا زمانی که با خضوع و تسلیم، جزیه را به دست خود بپردازند». لکن علامه طباطبایی(ره) می فرماید: «کلمه صِغَر به کسر صاد و فتح غین، به معنی کوچک و صغیر است. لکن صَغَر به فتح صاد و غین، به معنی ذلّت خواهد بود. و قرآن آن را درباره اهل کتاب استعمال کرده، و منظور از ذلّت ایشان، قبول سنت اسلامی و تسلیم آنان در برابر حکومت عادلانه اسلام است. نه این که مسلمین و یا حاکمان اسلامی به آنان توهین کنند؛ زیرا این معنی با وقار اسلامی سازگاری ندارد».

روح تعالیم پیامبر(ص) دعوت به توحید، و مبارزه با شرک بود. در واقع حضرت با هیچ قوم و قبیله ای، خصوصاً صاحبان ادیان الهی، خصومت شخصی نداشت، و آنان را مجبور به پذیرش اسلام نکرد، در واقع آنان می توانستند با پذیرش شرایط «ذمّه»، از دین خود پیروی کنند. در واقع آنان با قبول پرداخت «جزیه»، نباید بر علیه امنیت، آبرو و اموال مسلمانان توطئه کرده و با مشرکان همکاری کنند. همچنین نباید تظاهر به منکرات؛ مانند شرب خمر کرده و ... در مقابل حکومت اسلامی نیز در برابر ستیزه جویی دیگران، امنیت آنان را تامین می کرد.

حقوق «اقلیت های» دینی را می توان در چند بخش خلاصه کرد: 1- حقوق عقیدتی، که اسلام با وجود دعوت اهل کتاب به اسلام، اما آنان را در انتخاب آزاد گذاشته و اجبار در پذیرش اسلام را تجویز نمی کند. 2- اسلام در پناه قانون از پیروان سایر ادیان حمایت کرده و در صورت عمل به شرایط «ذمه» جان و مال آنان محترم است. 3- اسلام تعدی به اموال غیر مسلمانان را حرام دانسته و حقوق مالی و اقتصادی آنان را محترم می شمارد. 4- اسلام حقوق اجتماعی اهل کتاب را رعایت کرده و در صورت فقر و استضعاف برای آنان حقوقی مقرر کرده است.

با آنکه  شناخت حکم مجوس از جهت امور مالى و سیاسى و دینى از کارهاى ابتدایى یک حاکم اسلامى است اما می بینیم خلیفه دوم بارها از اینکه باید چگونه تعاملی با آنها داشته باشد و احکام اهل کتاب را در حقشان اجرا کند یا نه، اظهار ناتوانی و بی اطلاعی کرده است.

پس از آنکه پیامبر(ص) اسلام رابر ساکنان نجران عرضه کرد، آنها قبول نکردند و قرار بر مباهله شد. پیامبر(ص) با على(ع) و فاطمه(س) و حسن و حسین(ع) پا به میدان مباهله گذاشت؛ اسقف نجران وقتی پیامبر(ص) را با عزیزانش دید گفت من چهره هایى را مى بینم که هرگاه دعا کنند بزرگترین کوهها از جاى کنده شود، فوراً کنده مى شود. بنابراین دست از مباهله برداشتند و به جزیه رضایت دادند.

منابع درآمدی بیت المال عبارت بود از: 1- غنایم جنگی، 2- خراج یا همان مال الاجاره ای که از زمین های فتح شده به خزانه دولت وارد می شد. 3- جزيه اى كه از غير مسلمانان گرفته مى شد و در برابر آن حكومت اسلامى از جان، مال و ناموس شان حمايت می کرد. 4- خمس، 5- زکات، 6- انفال. از بین این موارد تنها «خراج» و «جزيه» كه قسمت عمده بيت المال را در آن زمان تشكيل مى داد و به قدرى زياد بود كه درآمدهاى ديگر بيت المال در مقابل آن، چندان اهميّتى نداشت به صورت مساوی بین همه مسلمین تقسیم می شد.

زمينهاي آزاد شده توسط مسلمین چند حالت داشت و تنها در صورتی که بدون جنگ و دخالت سربازان به دست می آمد و ساکنان آن از آنجا کوچ می کردند، اختيار تام آن به پيامبر مي رسيد. تعلق این زمین ها به رسول خدا(ص) به این معنا نيست كه ایشان تمام آن را در مصارف شخصى مصرف مى‏ کرد، بلكه چون پیامبر رئيس حكومت اسلامى و حافظ حقوق نيازمندان بود، قسمت عمده در آمد این زمینها و اموال آن را برای آنها و ‏طبق دستور خدا در آیه 7 سوره حشر مصرف می کرد. فدک نیز از این قبیل اموال بود.