اولا: از روایات استفاده مى شود که خلافت رسول خدا(ص)، امرى الهى است که زمام آن بالاصاله به مردم واگذار نشده است؛ رسول خدا(ص) به صراحت در برابر کسانی که تقاضای سهم و جانشینی در حکومت داشتند، فرموده است: «إنَّ الْمُلْكَ لله، يَجْعَلُهُ‏ حَيْثُ‏ يَشَاء» و فرموده: «الْأَمْرُ إلَى اللَّهِ، يَضَعُهُ حَيْثُ يَشَاءُ». با وجود نص الهی پیامبر(ص) بر خلافت امام علی(ع)، انتخاب ابوبکر اجتهاد در برابر نص است؛ این در حالی است که آیات قرآن به صراحت از واجب الاطاعه بودن دستورات پیامبر خبر می دهند: «يا أَيُّهَا الَّذِينَ آمَنُوا أَطِيعُوا اللَّهَ وَ أَطِيعُوا الرَّسُولَ وَ أُولِي‏ الْأَمْرِ مِنْكُمْ‏».
ثانیا: ابوبکر هرگز با اجماع صحابه و در یک روند دمکراتیک انتخاب نشد، بلکه در زمان انتخاب او بسیاری از صحابه حضور نداشتند؛ بسیارى از اصحاب به دستور پیامبر(ص) در سپاه اسامه بوده؛ برخی خبر وفات پیامبر(ص) را دریافت نکرده بودند؛ از انصار کسى جز رهبرانشان حضور نداشت؛ از مهاجرین جز سه یا چهار نفر در سقیفه حضور نداشتند و افراد سرشناسی مانند: امام على(ع)، ابن عباس، مقداد، سلمان، ابوذر، عمار، مشغول تجهیز و دفن پیامبر(ص) بودند. علاوه بر آن بسیاری از بزرگان صحابه، در موارد گوناگون مخالفت خود را با این خلافت اعلام کردند. ضمن اینکه توجه به نقش قبیله بنی اسلم و استفاده از آنها برای فشار آوردن به مردم مدینه برای بیعت اجباری، دموکراتیک بودن این خلافت را زیر سؤال می برد.

اولا: این حدیث بنا بر راست آزمایی های سندی خود اهل سنت با چالش های جدی در وثاقت بعضی از راویان آن مواجه است.

ثانیا: حق انتخاب خلیفه پیامبر به تصریح قرآن، بیانات نبوی و دلایل عقلی منحصر در خدا و رسول خدا است و اجماع جایگاهی در آن ندارد. چون امامت و مقام جانشینی پیامبر صرفا اموری اجتماعی و سیاسی نیستند و سویه های معنوی چون تکامل اخلاقی جامعه و پاسداری از شریعت را نیز شامل می شوند و بدیهی است احراز صلاحیت اشخاص برای تصدی چنین مقامی فقط در حوزه علم الهی و پیامبر اوست و با اجماع کشف و اثبات نمی گردد.

ثالثا: گزارش های تاریخی از نزاع ها، تهدیدها و اجبارهایی که در سقیفه روی داد، نشان می دهد اجماعی به صورت حقیقی پدید نیامده است. هم در جریان سقیفه و هم در بعد از آن، اشخاص برجسته ای از مهاجرین و انصار مخالف خلافت ابوبکر بودند. به همین دلیل نیز حاکمان به قدرت رسیده در سقیفه دست به دامان قبیله ای به نام بنی اسلم شدند و در قبال باج دادن به آنها، قدرت قهریه شان را برای گرفتن بیعت اجباری از مردم به خدمت گرفتند.

رابعا: اگر این قاعده درست هم باشد، هنگام به قدرت رسیدن خلیفه دوم از آن قاعده تخطی شده است. زیرا او با وصیت خلیفه اول به قدرت رسید نه در اجتماع و با اجماع. امری که موجب اعتراض بسیاری از مسلمانان اعم از مهاجرین و انصار و بزرگان صحابه و اهل شام بود.

بهترین شکل خضوع در برابر خدا عمل به بایدها و نبایدهای الهی است و تنها شارع دین اصل و کیفیت عبادات را برای بندگان وضع می کند و انسانها نیز به حکم بنده بودن باید مطیع و تسلیم امر پروردگار عالم باشند.
بستن دست‏ها در نماز چون هیچ دلیل معتبری ندارد، بدعت است و با حقیقت تسلیم در برابر خدا منافات دارد؛ بخارى و مسلم هرکدام یک روایت برای آن آورده اند که هر دو مرسل هستند و دلالت بر آن هم ندارند.
مذاهب اهل سنت در این حکم اختلاف دارند و روایات اهل بیت هم از این عمل نهی کرده است. اگر این عمل در زمان پیامبر(ص) مرسوم بود باید در آن اختلاف نمی بود.

مورّخان در تعداد نسخه های عثمانی اختلاف دارند. «ابن ابى داود» تعداد آنها را شش نسخه دانسته، در حالی که «يعقوبى» دو نسخه ديگر را بر اين تعداد اضافه كرده ‌است؛ اما پس از گذشت زمانى طولانى، تغييرات و دگرگونى هايى در اين مُصحف ها به وجود آمد مانند نقطه گذاری، علامت گذاری و در نهایت نوشتن قرآن با خط نسخ زیبای عربی و دیگر خطوط متداول كه اين تغييرات به تدريج مُصحف هاى اوليه را كه در زمان عثمان نوشته شده بود، به دست فراموشى سپرد و رفته رفته اثرى از آنها باقى نماند.

مُصحف هاى عثمانى از نظر ترتيب سوره ها، همان ترتيبى است كه در مُصحف كنونى وجود دارد و با ترتيب مُصحف هاى صحابه، به‌ خصوص با مُصحف «اُبَيّ بن كعب»، تطبيق مى كرد. مُصحف هاى عثمانى به مقتضى شيوه نگارش كه در آن دوره رواج داشته، از هر نشانه و علامتى كه حروف نقطه دار و بى نقطه را مشخص كند، خالى بود. همچنین اين مُصحف ها به احزاب و اعشار و اخماس، تقسيم بندى نشده و مملوّ از غلط هاى املايى و تناقض هايى در رسم الخط بوده كه علت آن، ابتدايى بودن خطى است كه صحابه در آن زمان مى شناخته اند.

طلحه و زبیر از اولین کسانی بودند که برای فشار بر عثمان سپاه جمع کرده و ادعای خلافت نیز داشتند. برخی از صحابه از جمله امام علی(ع) و ابن عباس و حسن بصری و مالک اشتر، صریحا به نقش این دو نفر در شوراندن مردم علیه عثمان و زمینه چینی برای قتل عثمان اشاره کرده اند. به خصوص طلحه که منابع تاریخی به دشمنی بسیار شدید و تند او با عثمان، گواهی می دهند.
به هر حال این دو نفر در رفتاری بسیار عجیب و با اینکه نقش مهمی در شورش علیه عثمان داشته اند، بعداز بیعت با امام علی(ع)، وقتی دست خود را کوتاه از خلافت و حتی امارت یافتند، علم خونخواهی عثمان را برافراشتند و به همین بهانه همراه با عایشه بر علیه امام علی(ع) در جنگ جمل شرکت کردند.

امام علي(ع) در خطبه 164 درباره آينده عثمان چنين هشدار مي دهد: «من تو را به خدا سوگند مى دهم نكند تو همان پيشواى مقتولِ اين امّت باشى! چرا كه گفته مى شد [پيغمبر اكرم(ص) مى فرمود]: در اين امّت، پيشوايى به قتل مى رسد كه بعد از آن درهاى كشتار و جنگ به روى اين امت تا قيامت گشوده خواهد شد!». و اين همان پيش بينى دقيقى است كه پيامبر(ص) فرموده بود. مظالم و ستم ها سبب كشته شدن عثمان گشت و به دنبال آن و به بهانه خون عثمان، جنگها و جدال هاى عظيمى به وقوع پيوست و آثار و تبعات آن را حتى در عصر خود مشاهده مى كنيم.

امام علي(ع) درباره علت تأخير در مجازات قاتلان عثمان مي فرمايد: «در شرایط فعلی قدرت بر این کار ندارم، آنان بر قدرت خويش باقى و بر ما مسلّط، و ما بر آنها سلطه اى نداريم ... اين گروه پشتيبان هايى دارند و اگر حركتى صورت گيرد مردم به چند گروه تقسيم مى شوند؛ گروهى با شما، گروهي عليه شما و گروه سوّمى نه با شما هستند نه با آنها، پس صبر كنيد تا مردم آرام گيرند ... كارى نكنيد كه قدرت ما را تضعيف كند و شوكت ما را بريزد و سستى و ذلّت به بار آورد، من جايي كه ممكن است خويشتندارى مى كنم؛ امّا اگر نشد آخرين راه داغ كردن و سوزاندن [محل زخم] است!».

ایراد عمده کار شورشیان بر ضد «عثمان» این بود که خارج از محور قوانین قضایی اسلام، به طور خودسرانه عمل کردند. شایسته بود قبل از آنکه از طرف قشرهای پایین جامعه شورشی علیه عثمان انجام شود، بزرگان صحابه از مهاجرین و انصار، او را محاکمه می کردند تا کار به دست توده مردم نیفتد. بنابراین فرمایش امام(ع) در خطبه 168 «نهج البلاغه» که می فرماید: «اگر اوضاع آرام شود، من متخلفان را کیفر خواهم داد» کاملاً حساب شده و هماهنگ با قوانین قضایی اسلام است.

امام علي(ع) در پاسخ به اتّهام يكي از اعضاي شوراي خلافت درباره «حريص بودن خود به خلافت» مي فرمايد: «به خدا سوگند! شما با اينكه دورتريد، حريص تريد [چرا كه خلافت، شايسته اهل بيت پيامبر(ع) است كه به اين كانونِ هدايت نزديك ترند] و من شايسته تر و نزديكترم، من فقط حق خويش را مطالبه كردم [چرا كه از همه شايسته ترم و پيامبر(ص) نيز مرا تعيين فرموده]؛ ولى شما ميان من و آن حايل مى شويد و دست ردّ بر سينه ام مى گذاريد، هنگامى كه در آن جمع حاضر با اين دليل كوبنده به او پاسخ گفتم، مبهوت و سرگردان ماند و نمى دانست در پاسخم چه بگويد!».