طبق نظر اکثر فقهای شیعه نماز جمعه در عصر غیبت «واجب تعیینی» نبوده بلکه «واجب تخییری» است؛ یعنی هر مکلفی مخیر و مختار است که یا نماز ظهر را بخواند یا نماز جمعه را؛ البته در زمان ما اولویت با نماز جمعه است.
ضمن اینکه در دوران حاضر بعضی از مراجع تقلید که خود در دوران جوانی پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند، به دلیل اینکه غالباً سالخورده هستند در آن شرکت نمی کنند و گاهی شرکت آنها سبب عسر و حرج شخصی و امنیتی می شود.

حکومت اسلامی حکومتی است که قوانین و ضوابط آن از شرع مقدس اخذ گردد و معیار مهم در اسلامی بودن یک حکومت، توجه به اجرای صحیح احکام شرع و قانون الهی است. بهترین مصداق آن حکومت پیامبران و ائمه معصومین می باشد، اما فقها نیز بر اساس سفارش معصومین وظیفه دارند در دوران غیبت برای تشکیل حکومت اسلامی و اجرای صحیح قوانین الهی تلاش کنند.

قالب حکومت چنانکه روند تاریخ و زندگی اجتماعی بشر نشان داده است، تابع «اقتضائات زمان و مکان» بوده است؛ چنانکه می دانیم پیامبران یا امامان معصوم از طرف خداوند منصوب به حكومت بودند، امّا آنها هم براى پيشرفت كار خود و جلب حمايت توده هاى مردم در بسيارى از مواقع از بيعت آنها بهره مى‏ گرفتند و با آن رسميت بيشترى به حكومت خود مى بخشيدند.

بنابراین رکن اصلی اسلامی بودن یک حکومت، محتوا و قوانین حاکم بر آن حکومت می باشد و قالب آن می تواند به شکلهای مختلف باشد که فرقی نمی کند که معصوم(ع) در رأس حکومت باشد یا فقها که در صورت عدم حضور ائمه(ع) از سوی آنها تایید شده اند، یا اینکه افراد دیگری مجری حکومت باشند اما قوانین خود را از فقها اخذ کنند.

در جواب بايد گفت: كسى چنين ادعايي نكرده كه «بزوفرى» اين دعا را بدون واسطه از امام(ع) نقل كرده است و آيا لازم است هر كسى كه روايتى را از امامی نقل مى كند معاصر با آن امام باشد؟ ما اطمينان داريم كه اين دعا يا همراه سند در كتاب بزوفرى روايت شده؛ ولى ديگران كه از آن كتاب نقل كرده اند از باب مسامحه سند آن را حذف كرده اند و يا اينكه بزوفرى از آنجا كه دعا را معروف و مشهور ديده احتياجى به ذكر سند نديده است.

یکی از مباحث کلامی، امامت پیش از بلوغ است كه در زمان امامت امام جواد(ع) مطرح شد. به نظر «نوبختی» علّت اختلاف، شرط دانستن بلوغ براي امامت بود. اما «حجت خدا» علم را حتی قبل از بلوغ و بدون یادگیری و به طور لدنّی، می تواند اخذ کند. البته شیعیان از قبل نیز امامان را در مقابل انواع پرسش ها قرار می دادند تا به شرط پاسخ گویی به سؤالات و همچنین وجود نصّ به امامتشان به عنوان امام معصوم(ع) شناخته ‌شوند؛ لکن سنّ کم امام جواد(ع) این آزمایش را ضروری تر كرد و شيعيان نیز با دریافت پاسخ همه سؤالات خویش، با اطمینان خاطر امامت‌ ايشان را پذیرفتند.

از نظر امام علي(ع) كشتن «يك نفر از لشكر جمل» با كشتن «تمام لشكر» مساوي است؛ چون خود حضرت مي فرمايد: «اگر [لشكر جمل] فقط یک نفر را عمداً و بدون گناه می کشتند، قتل همه آن لشکر برای من حلال بود، چون آنها حضور داشتند و از او دفاع نکردند؛ چه رسد به اینکه گروه بسیاری از مسلمانان را به قتل رساندند». علت اين حكم اين است كه اصحاب جمل مصداق بارز مفسد فی الارض بودند؛ چرا که بیعت خود را شکستند و بر ضد حکومت اسلامی و امام معصوم(ع) خروج کردند و هر کس که چنين کند، کافر است و قتلش واجب مي باشد.

شیعیان معتقدند در زمان حضور امام معصوم یا با وجود نائب خاص امام، نماز جمعه واجب است. امّا حکم نمازجمعه در زمان غیبت امام معصوم اختلافی است. برخی از فقهای شیعه، حکم به «وجوب تعیینی» این نماز در زمان غیبت امام معصوم داده اند. برخی دیگر از فقهای شیعه هر گونه اقامه نماز جمعه را در زمان غیبت «حرام» اعلام کردند. بنابر نظر سوّم (واجب تخییری)، اقامه نماز جمعه در زمان غیبت امری مشروع است؛ ولی مکلفین می توانند بین به جا آوردن این نماز یا نماز ظهر، یکی را انتخاب کنند؛ این نظر به عنوان نظر رایج بین اکثریت فقهای شیعه شناخته می شود.
با توجه به نظر اکثریت علما و فقهای شیعه که اقامه چنین نمازی را در این زمان از باب «واجب تخییری»، امری مشروع اعلام کردند، می بینیم که در طول تاریخ و هر زمان که شرایط فراهم بوده است، در همه شهرها و اجتماعات شیعی، نماز جمعه اقامه شده است. شواهد و اسناد قاطع تاریخی نشان می دهد ادعای مهجوریت نماز جمعه در میان شیعیان تا چه اندازه ادعایی غیر منصفانه و دور از واقع است.
در دوران جمهوری اسلامی بعضی از مراجع تقلید - در دورانی که جوانتر بودند - پیش قدم اقامه نماز جمعه ها بوده اند. امّا اموری چون کسالت جسمی و کهولت سن اکثریت این علمای جلیل القدر باعث می شود که به مرور  در نماز جمعه شرکت نکنند. اضافه بر این، گاه شرکت آنها نیاز به مراقبت های ویژه امنیتی دارد، که سبب عسر و حرج می شود. با این وجود گاهی در نماز جمعه شرکت می کنند.

پيامبر(ص) فرمود: «هر كس بميرد در حالى كه امام زمان خود را نشناخته باشد به مرگ جاهليت از دنيا رفته است». مگر نه اين است كه بايد بين حكم و موضوع تناسب باشد؟ چه تناسبى بين عدم معرفت امام و مرگ جاهليت است؟ آيا اگر من طاغوت فاسق و فاجر زمان خود را نشناسم به مرگ جاهليت از دنيا رفته ام؟ قطعاً چنين نيست بلكه مراد همان امام معصوم در هر زمان است كه از آن در روايت به امام تعبير شده است كه اگر او را نشناسم و اطاعت او را ننمايم به مرگ جاهليت از دنيا رفته ام.

پیامبر(ص) می فرماید: «همانا مَثَل اهل بيتم همانند كشتى نوح است هر كس سوار بر آن شود نجات يافته است». از اين حديث استفاده مى شود كه لازم است در هر زمانى تا روز قيامت امام معصومى از اهل بيت عصمت و طهارت وجود داشته باشد تا براى امت اسلامى امكان داشته باشد تا با سوار شدن بر كشتى اهل بيت(ع) از غرق شدن در منجلاب فساد و تباهى نجات يافته و به ساحل بهشت رضوان رهنمون شوند.

بين احادیث «دوازده خلیفه» با روايت «الخلافه بعدی ثلاثون عاماً» نمي توان جمع كرد؛ چون اوصافى كه براى دوازده خليفه ذكر شده دلالت بر آمدن دوازده امام معصوم دارد، ولى در روايت «الخلافه ...»، اشاره اي به آمدن تعداد خليفه ها بعد از پيامبر(ص) نشده است؛ مضافاً به اينكه این روایت غير معتبر و غير مشهور است.

شیعيان قائل به «مهدويّت شخصى» هستند و معتقدند كه حضرت مهدى(عج) شخصى است معين كه متولد شده و تاكنون زنده است و در آينده ظهور خواهد كرد؛ اما اهل سنت قائل به «مهدويّت نوعى» هستند و معتقدند كه در آخرالزمان شخصى از ذريه پيامبر(ص) به نام «مهدى» متولد مي شود و زمين را پر از عدل و داد خواهد نمود.