مُصحف امام علي(ع)، داراى ويژگى هاى خاصّى بود: 1. ترتيب دقيق آيات و سور، طبق نزول آنها رعايت شده بود. 2. قرائت آيات، بر طبق قرائت پيامبر(ص) ثبت شده بود. 3. مُصحف مشتمل بر تنزيل و تأويل بود. از سویی نقل شده امام(ع) پس از جمع آوری قرآن، آن را به مسجد آورد؛ در حالى كه مردم پيرامون ابوبكر بودند، به آنان گفت: بعد از مرگ پيامبر(ص) به جمع آورى قرآن مشغول بودم. آن گاه يكى از سران گروه با ديدن آنچه امام(ع) فراهم كرده بود، گفت: به آنچه آورده اى نيازى نيست. امام(ع) فرمود: ديگر هرگز آن‌ را نخواهيد ديد، و دیگر كسى آن را نديد.

در نوشته هاى برخى از قدما آمده كه در برخى سوره ها، آياتى برخلاف اصل سوره آمده است؛ يعنى اگر سوره اي مكّي است برخى آياتِ آن مدني و اگر مدني است برخى آيات آن مكّي است؛ اما این سخن صحیح نیست. يعني هر سوره اى كه مكّي است تمام آيات آن مكّي است و هر سوره اى كه مدني است تمام آيات آن مدني است.

به چند دليل تشخيص مكّي و مدني بودن سوره ها ضرورت دارد: 1. به خاطر شناخت تاريخ و مخصوصا تسلسل آيات و سور و تدريجى بودن نزول آنها. 2. به خاطر نقش اساسي در استدلال و استنباطِ احكام. 3 به خاطر مدني بودن بيشتر آياتِ مورد استناد در استدلالات كلامى و عدم مدرك قرار گرفتن آیات مکّي. 4. به خاطر حلّ و فصل بسيارى از مسائل قرآني.

بر اساس روایات، سه معيار در تقسیم سوره ها به «مکّي» يا «مدني» وجود دارد: 1. معيار زمان؛ که ملاك هجرت پيامبر(ص) از مكّه به مدينه است. 2. معيار مكان: هر چه در مكّه و پيرامون آن نازل شده مكّي است و هر چه در مدينه و پيرامون آن نازل گرديده مدني است. 3. معيار خطاب: هر سوره كه خطاب به مشركان باشد مكّي و هر سوره اى كه خطاب به مؤمنان باشد، مدني است. البته به خاطر جامع و مانع نبودن این ملاکها به سراغ علائم تشخيص ديگري مي رويم مانند: نصّ و خبر؛ علائم ظاهرى؛ علائم محتوايى و معنوى.

«مستشرقین» در ارتباط با مکّي و مدني بودن سوره ها، چند شبهه طرح كرده اند: 1. شيوه سُوَر مكّي، شدّت و پرخاش گرانه است اما سُوَر مدني مسالمت آميز است. 2. آيه ها و سُوَر مكّي كوتاه و آيه ها و سُوَر مدني بلندند. 3. در سُوَر مكّي از تشريع خبرى نيست؛ اما در سُوَر مدني هست. 4. در سُوَر مكّي، برهان و استدلال به چشم نمى خورد؛ ولى در سُوَر مدني وجود دارد و ... که به این شبهات پاسخ هایی داده شده است ...

در بيش از سى سوره از سوره هاي قرآن اختلاف نظر وجود دارد كه آيا آنها مكّي هستند يا مدني؟ اين سوره ها عبارتند از: فاتحه، نساء، يونس، رعد، حجّ، فرقان، يس، ص، محمّد، حجرات، رحمان، حديد، صفّ، جمعه، تغابن، ملك، انسان، مطفّفين، اعلی، ليل، قدر، بيّنه، زلزال، عاديات، تكاثر، ماعون، كوثر، توحيد و معوّذتان.