أمّا ما یتعلق بالحوزة العلمیة فقد بدأ سماحته بعملیة إجراء اصلاحات مع رفاقه وأصحابه منذ شبابه أیضاً، حیث یتحدّث لنا سماحته عن هذه الحکایة بعد بیانه نقاط القوة فی الحوزة العلمیة:
«بالرغم من وجود کل هذه الامتیازات ونقاط القوة فی الحوزة العلمیة، ولکن مع الأسف هناک بعض النواقص ونقاط الضعف فیها حیث کنت أراها وأعیشها منذ البدایة، ومنها مسألة الامتحانات حیث لم یکن هناک امتحان للطلاّب مطلقاً وکنّا نأمل إیجاد امتحانات للدروس الحوزویة وبذلک یتمّ التعرف على الطلاّب الجیدین والمتمیزین، ویتمّ تقویة الدوافع لدى الطلاّب وتفعیل میدان المنافسة الإیجابیة بینهم، وکذلک کنّا نأمل أن یکون هنا قانون ومقررات لمسألة لباس رجل الدین، فهذا اللباس المقدّس لا ینبغی أن یستغل من أی شخص أو یتمّ ارتداؤه بدون شروط. فلو رأینا ما یخالف هذا القانون فینبغی على مدیریة الحوزة والمراجع تعقیب هذا الأمر وعدم المسامحة فیه.
وکنّا نأمل بإصلاح الکتب الدراسیة فی الحوزة وإدخال بعض الدروس الإسلامیة المهمّة کالعقائد وتفسیر القرآن الکریم والبحوث المتعلقة بالحدیث فی مناهج الحوزة وتفعیلها.
وکنّا نأمل فیما یخص المبلّغین أن یتّم ارسال أشخاص متمرسین وأصحاب تجربة إلى التبلیغ للإسلام ویرسل للتبلیغ إلى خارج البلاد من یتقن اللغات الأجنبیة.
وکنّا نأمل أن تحلّ مشاکل الطلاّب على مستوى المسکن والجهات الاُخرى، وفی المجموع کنّا نأمل وضع برنامج کامل یأخذ بنظر الاعتبار الجهات المختلفة لطلاّب الحوزة العلمیة.
ومنذ أن کنت طالباً شاباً فی الحوزة کنت أتذاکر هذا الأمر مع أصدقائی دائماً، وأتذکر جیداً حدوث واقعة مؤسفة فی الحوزة أدّت إلى تحریک الأفکار باتجاه الاقدام على بعض الإصلاحات، وکان ذلک فی زمان آیة الله العظمى البروجردی حیث جلسنا مع الأصدقاء سویة، وقد استشهد بعض الأصدقاء ممن کان فی تلک الجلسة فیما بعد کالمرحوم آیة الله الشهید البهشتی وبعض الاخوة الذین تولّوا مناصب مختلفة فی الحکومة الإسلامیة سواء من طلاّب الحوزة أو غیرها، فجلسنا وتحدّثنا عن هذه المسألة واتفقنا أخیراً على ثلاثة اُمور نطلبها من آیة الله العظمى البروجردی:
1 ـ مسألة تشکیل ملف خاص لکل طالب من طلاّب الحوزة یتضمن سوابقه ولواحقه وبرامجه الدراسیة والتعلیمیة للتعرّف علیه من جهات مختلفة.
2 ـ أن یتمّ تکریس البحوث والدراسات الأخلاقیة فی الحوزة بشکل أکبر، حتى لا یستغل بعض الأشخاص هذا اللباس المقدّس لتوجیه ضربة إلى الحوزة ورجال الدین وتکون هناک مقررات خاصة لارتداء هذا اللباس.
3 ـ أن تشکل هیئة التهذیب والتزکیة، فإذا قام أحد الأشخاص عالماً أو جاهلاً بالتحرک على خلاف شؤون الروحانیة فیتمّ استدعاؤه وإرشاده، وإذا لم یقع هذا الأمر مؤثراً یتمّ طرده من الحوزة والمؤسسة الدینیة.
وقد کتبنا هذه الاُمور مع مقدّمة شیّقة وقمنا بامضائها وبعد ذلک قلنا: إنّ من الأفضل أن نعرضها على بعض الفضلاء فی الحوزة العلمیة من الدرجة الثانیة لقراءتها وابداء نظراتهم حولها حتى إذا استشارهم آیة الله العظمى السید البروجردی(رحمه الله) فانّهم سیکونون على علم مسبق بما تتضمنه هذه اللائحة، وتمّ ذلک فعلاً وانطلقنا على هیئة مجموعة لزیارة بعض الفضلاء والأساتذة فی ذلک الزمان مثل الإمام الراحل(رحمه الله) والمرحوم آیة الله العظمى الکلبایکانى(رحمه الله) وطرحنا هذا الموضوع أمامهم وطلبنا منهم تأیید هذه الاُمور بمحضر آیة الله العظمى السید البروجردی، ثم قدمنا الرسالة الأصلیة إلى السید البروجردی، ولکننا لم نقف بعد ذلک على النتیجة حیث ذهب البعض إلیه وألقى فی ذهنه مطالب مشوشة عن هذه الحرکة الإصلاحیة، وبالجملة أظهروا له أنّ هذه الحرکة المخلصة من قبل بعض الشباب والفضلاء المتحرکین حرکة مشکوکة وذکروا له أنّ من جملة الأشخاص الذین یقفون وراء هذه اللائحة هو الشیخ مکارم الشیرازی، فلم تمض مدّة إلاّ وأرسل إلیَّ آیة الله العظمى البروجردی یستدعینی إلیه، فلما ذهبت إلیه قال: «أنا أعتقد أنّ الوضع فی الحوزة العلمیة جید ولا توجد مشکلة فیما یتعلق بهذه الاُمور، فالطلاّب مستمرون فی دراساتهم بشوق»، ومضمون کلامه أننا إذا أردنا إیجاد بعض الإصلاحات فی برامجها فانّ الفساد فی هذا العمل أکثر من نفعه، وبهذا اُطفئت هذه الجذوة بسبب سعایة بعض المغرضین، ولکننی کنت أبحث دائماً فی هذه القضایا وأقول إنّ الحوزة العلمیة فی النهایة ستستجیب لهذه الحرکة الاصلاحیة وکنّا على یقین بانّ مرور الزمان والظروف الاجتماعیة ستمد إلینا ید العون وسیأتی الیوم الذی تکون فیه هذه الاُمور من البدیهیات والمسلّمات فی أجواء الحوزة وفی ذلک الوقت یجب النهوض لإصلاح الخلل وتغییر البرامج والمساعدة فی تطویر الحوزة».
وبعد أن ینقل سماحة الاستاذ هذه الواقعة، یشیر إلى الظروف والمتغیّرات التی حدثت بمرور الزمان وجملة من الموفقیات والاصلاحیات التی سادت أجواء الحوزة حیث تقدم ذکرها سابقاً تحت عنوان «النظم فی جمیع الاُمور».
