با اینکه عالمان محقق ما و صاحبان اجتهاد و نظر، يكصدا به استناد دلايل عقلى و نقلى متواتر، احتمال تحريف قرآن را مردود شمرده‌اند و همواره بر ثبات عقيده نخستينى كه قرآن بر آن تصريح دارد، پافشارى كرده‌اند، لکن سخن پوچى را فرقه‌اى تندرو موسوم به «اخباريون» مطرح ساخته‌ و با پذيرش ادعاى تحريف، با مخدوش ساختن قداست قرآن از روى بى‌مبالاتى، با برادران حشوى خود همداستان شده‌اند.

يكي از آياتي كه دلالت بر وجود امام زمان(عج) دارد «آیه اولوا الامر» است كه مى فرمايد: «اطاعت كنيد خدا را! و اطاعت كنيد پيامبر خدا و اولوا الأمر[اوصياى پيامبر] را». مقصود از «اولى الامر» ائمه معصومين(ع) هستند؛ زيرا آيه دلالت بر وجوب اطاعت به طور مطلق دارد و اين نیازمند عصمت آنان است، حال اگر اولوا الامر معصوم نباشند و در برخى از موارد سهو و نسيان داشته باشند و در عين حال اطاعت آنها به طور مطلق واجب باشد، مستلزم تناقض در وجوب اطاعت است.

آیه 207 سوره بقره معروف به «ليلة المبيت» مربوط به شبي است كه مشركين مکه قصد قتل پيامبر(ص) را داشتند ولی امام علی(ع) با جان فشانی، پا در این مهلکه گذارد و با خوابیدن در بستر پیامبر(ص)، جان ایشان را حفظ نموده و مقدمه هجرت را فراهم کرد. علاوه بر مفسران شیعه، مفسران برجسته اهل سنت نیز معتقدند این آیه در شأن امام على(ع) نازل شده است و ثعلبى، ابن صباغ مالكى، حاكم نيشابورى، احمد حنبل و ديگران احادیث مربوط به این واقعه را نقل كرده اند.

خداوند در آيه 4 سوره «تحريم» مي‌ فرمايد: «اگر بر ضد او دست به دست هم دهيد [كارى از پيش نخواهيد برد] زيرا خداوند ياور اوست و همچنين جبرئيل و مؤمنان صالح و فرشتگان بعد از آنان پشتيبان اويند». در روايات متعدد «صالح المؤمنين» به امام على(ع) تفسير شده است. حاكم حسكانى، سيوطى، برسويى، عسقلانى، ابن حجر و .... در كتابهايشان چندين حديث آورده اند كه مراد از «صالح المومنين» علي(ع) است.

در ذیل آيه 274 سوره «بقره» ابن عبّاس مى گويد: على(ع) فقط چهار درهم داشت، آنها را در شب، در روز، آشكارا و پنهاني در راه خدا انفاق كرد؛ پيامبر(ص) فرمود: چه چيز تو را بر اين كار واداشت؟ عرض كرد: به خاطر وعده خدا. پيامبر(ص) فرمود: آگاه باش كه اين وعده درباره تو تحقّق يافت، پس آيه فوق نازل شد. اين حديث را حاكم حسكانى، سيوطى و ... در كتابهاي خود نقل كرده‌اند.