از مسائل کلامی مطرح در زمان امام هادی(ع)، بحث «تشبیه» و «تنزیه» خدا بود كه ايشان بر حقانیت «تنزیه» تأکید کردند و تلاش نمودند تا شيعه را از اين تهمت برهانند. ايشان فرمودند: «از ما نیستند کسانی که گمان ‌كنند خدا جسم است و ما در دنیا و آخرت از آنها بیزاریم. جسم، خود مخلوق است و خالق آن خداست و اوست که به آن جسمیت بخشیده است». مسئله ديگر «رؤیت خدا در قیامت» بود كه امام(ع) آن را محال دانستند. در مسأله «جبر و اختیار» نیز امام هادی(ع) در رساله ای به شرح حدیث «لاجبر و لاتفویض بل امر بین الامرین» پرداختند.

امام هادی(ع) در رساله مفصلی درباره تحريف قرآن، ضمن تاكيد بر اصالت قرآن، آن را معيار سنجش روایات و تشخیص صحیح از ناصحیح و تنها متن مورد استناد همه فِرَق اسلامی دانستند و با تقسيم اخبار به روایات حق و اخبار باطل به اجماع قاطبه امّت اشاره كردند كه قرآن حق است و هيچ ترديدي از سوی فرقه های اسلامی وجود ندارد.

خداوند به ما عقل و هوش و قدرت جسمانى بخشیده و این امکانات لحظه به لحظه از ناحیه خداوند به ما مى رسد و اگر یک لحظه کوتاه لطف او از ما قطع گردد و رابطه ما با او بریده شود، از بین خواهیم رفت. از طرفی در به کارگیری و چگونگی استفاده از این تواناییها اختیار داریم. بنابراین ما در عین توانایى و قدرت وابسته به او هستیم و این است معنى «الامر بین الامرین» زیرا نه موجودى را همسان خدا دانسته ایم تا شرک لازم آید و نه بندگان را مجبور در اعمالشان مى دانیم تا ظلم لازم آید. 

در خصوص صفات خداوند، بین علما و متکلمان سه نظریه وجود دارد: 1- نظریه تأویل؛ که مبتنی بر تنزیه خداوند است، که مطابق عقیده اهل بیت(ع)، بسیاری از فلاسفه و بسیاری از علماى اهل سنّت، از جمله: معتزله و ماتریدیه است. 2- نظریه تفویض و توقف؛ که نظر جماعتى دیگر از علماى اهل سنّت مانند: مالک بن انس و سفیان بن عیینه است. 3- نظریه حمل به ظاهر؛ قول کسانى است که تأویل صفات و هم چنین تفویض و توقف آن را حرام مى شمارند، و معتقدند که تمام صفات را بر ظاهرشان باید حمل نمود.

در نظام تكوين، هر معلولي در حدوث و بقا از علت خود پيروي مي ‏كند و در ذات و صفت و فعل، فرمان آن را مي ‏برد. اما در نظام تشريع كه اساس هر آزمون و تكامل اختياري است، هيچ‏گونه جبر يا تفويضي راه ندارد و موجود مختار که در در چارچوب قانون قرار می گیرد در انتخاب راه و در ادامه آن و در قبول و رد آن و در ایمان یا نفاق به آن مخير است؛ زيرا بدون آزادي، آزمون و تكامل ممكن نخواهد بود. محدوده نظام تشريع از قلمرو تكوين كمتر است؛ چون در غير موجود آگاه آزاد راه ندارد، ليكن منطقه پيروي يا تمرد در حوزه تشريع بيشتر است.

«اعتدال» اصلى است كه بر تمام تعليمات اسلامى حاكم است و يك مسلمان بايد در عقيده، برنامه هاى اجتماعى، عبادت، اقتصاد و ديگر برنامه‌ها، آن را رعايت كند. بنابراين انسان نمى تواند موجودي يك بعدى باشد؛ بلكه بايد متفكر، باايمان و همه جانبه باشد.

دیدگاه اسماعیلیه همچون امامیه به پیروى از امام صادق(ع)، مفاد حدیث «لاجبر و لاتفویض بل أمرٌ بین امرین» است. ناصر خسرو در این زمینه مى نویسد: «خدا عادل تر از آن است که خلق را بر معصیت مجبور دارد و سپس ایشان را بر آن عقوبت کند... حالِ مردم در این باره کارى است میان دو کار، نه مجبور است و نه مختار و این قول جعفر صادق(ع) است».