موارد فراوانى از معجزات معصومین(ع) به شكل «ولايت تكوينى» اتفاق افتاده است. صدا زدن درخت و آمدن با ريشه به نزد پيامبر(ع)، مأموريت شتر پيامبر(ص) براي نشستن در خانه ابو ايوب انصارى و بينا كردن چشم مادر او به دست حضرت، فرو نشاندن طغیان آب فرات از سوي امام علي(ع) و ... همه بيان‌گر ولايت تكوينى آنهاست. البته این ولایت شاخه هاى ديگرى نيز دارد، از جمله: تأثيرگذارى در قلوب آماده پذيرش حق و تربيت و هدايت غير آشكار نفوس لايق از طريق امدادهاى معنوى و روحانى و موارد دیگر که نمونه هاى فراوانى دارد.

امیرالمؤمنین على(ع) می فرماید: « خداوند ... نماز را براى پاك شدن از تكبّر، و زكات را سبب روزى قرار داده، و روزه را وسيله اى براى پرورش اخلاص بندگان ...». فاطمه زهرا(س) می فرماید: «خداوند ايمان را سبب پاكسازى شما از شرك قرار داده است و نماز را وسيله اى براى تطهير قلوب از كبر، و زكات را موجب تزكيه نفس و نموّ روزى، و روزه را عامل تثبيت خلوص نيّت». امام صادق(ع) نیز می فرماید: «هر كس مى خواهد بداند آيا نماز او قبول شده يا نه؟ ببيند آيا نمازش او را از زشتيها و بديها باز داشته است يا نه؟ ...».

نخستین دستور قرآن براى نفوذ در قلوب انسانها، حتی گمراهان، برخورد ملایم و توأم با مهر و عواطف انسانى است و سرگذشت پیامبران و ائمه(ع) به خوبى نشان مى دهد: آنها هرگز از این برنامه انحراف پیدا نکردند در برخورد ديني جهت جذب مردم، محبت اصل کلى و نخستين است. انبياء و ائمه(ع) نیز هرگز از اين برنامه انحراف پيدا نکردند. از این رو  حتى موسى(ع) مأمور بود، فرعون را با بهترین نامش صدا کند، شاید در دل تاریک او اثر بگذارد. در واقع توسل به خشونت آخرين راه مقابله با ستمگران است.

یک سال بعد از هجرت، منافقان برای بی اعتنایی به آیات قرآن، از سلمان خواستند تا از تورات برایشان بخواند. در پاسخ به آنها آیات ابتدای سوره یوسف نازل شد. بعد از مدتی مجدد از سلمان این درخواست را کردند و آیه «الله نزل احسن الحدیث» نازل شد. بعد از مدتی برای سومین بار همان درخواست را از سلمان کردند و آیه فوق به آنها پاسخ داد. یا اینکه این آیه هشداری است به یاران پیامبر(ص) که بعد از هجرت به نعمت و زندگی بهتری رسیدند، اما بجای اینکه بر ایمان آنها افزوده شود قلوب بعضی را قساوت گرفت.

بر اساس کتب حدیث و تفسیر شیعه و سنی، آیه96 سوره «مریم» در شأن امام علی(ع) نازل شده که نمونه کامل ایمان است و محبت او در دل های مؤمنان قرار دارد.

روزى هارون، وقتى كه پيشواى هفتم را كنار «كعبه» ديد به او گفت: «تو هستى كه مردم پنهانى با تو بيعت كرده تو را به پيشوايى بر مى‏ گزينند؟» امام فرمود: من بر «دلها» و قلوب مردم حكومت مى‏ كنم و تو بر «تن ها» و بدن‏ ها! هارون روزى وارد شهر مدينه شد و رو به قبر پيامبر نموده گفت: «درود بر تو اى پيامبر خدا! درود بر تو اى پسر عمو!». در اين هنگام پيشواى هفتم كه در آن جمع حاضر بود، نزديك قبر پيامبر رفت و با صداى بلند گفت: «درود بر تو اى پيامبر خدا! درود بر تو اى پدر!».