از برخى روايات استفاده مى شود كه گاهى اوقات، خداوند دعاى مؤمنان را اجابت نمى  كند و در عوض، گناهانى را از آنها مى آمرزد و يا آن را براى آخرت ذخيره مى سازد. گاهی نيز انسان بر اثر بى ‏اطّلاعى، حاجتى را با تمام وجودش از خدا مى خواهد كه به ضرر اوست. خداوند به لطفش آن چيز را دريغ مى ‏ دارد و به جاى آن، نعمت ديگرى به او مى بخشد؛ زيرا معلومات ما محدود و ناقص است و علم بى ‏پايان، نزد خداست.

درست است كه خدا حكيم و مهربان است و آنچه به صلاح بندگان باشد، بى كم و كاست به آنها خواهد داد، ولى به همان دليل كه حكيم است، مواهب او نسبت مستقيمى با شايستگى‏ ها و لياقت هاى افراد دارد. دعا كنندگان واقعى ميزان اين شايستگى را در پرتو دعا بالا مى ‏برند و به همان نسبت سهم بيشترى از آن مواهب خواهند گرفت.

در سوره های متعددی از قرآن به معنای اصطلاحی بداء اشاره شده است؛ در بعضی از این آیات به این معنی تصریح شده است و در برخی نیز مفهوم بداء مورد تایید قرار گرفته است. بنابراین‌ بداء، یعنی تغییر و تبدیل آنچه که قبلا قلم قضاء آن را رقم زده‌ است، مانعی ندارد و یک مسئله قرآنی است و خدا چنین قدرتی‌ را دارد و دست خدا بسته نیست.

«ولایت فقیه» به معنای جواز تصرف و سرپرستی و عهده دار شدن شخص فقیه در یک امر خاص است. گاه این امر شخصی است مانند اجرای عقد نکاح و گاهی امری کلی مثل عهده داری حکومت جامعه اسلامی. اقوال مختلفی بین فقها وجود دارد که محدوده مجاز برای اعمال ولایت فقیه تا چه اندازه است؟ آیا فقیه بر همه شؤون حکومتی و اجتماعی، امور حسبه، اموال و انفس مردم و...  ولایت دارد یا نه ولایت او منحصر است در سرپرستی امور خاص؟

به باور امام خمینی هر اختیاری که پیامبر اسلام(ص) در اداره جامعه اسلامی داشته برای فقیه عادل هم ثابت است اعم از تدارک و بسیج سپاه، تعیین والیان ولایات و استانداران، گرفتن مالیات و صرف آن در مصالح مسلمانان و... البته این درباره اختیاراتی است که معصوم(ع) از جنبه ولایت و سلطنت اجتماعی و سیاسی دارد.

نسخ طبق تعریف اصطلاحی عبارت است از رفع قانون سابق ـ که هنگام تشریع بر حسب ظاهر اقتضای دوام داشت ـ به وسیله قانون بعدی، به صورتی که اجتماع آن دو با هم ممکن نباشد. در نسخ رأی جدیدی ایجاد نمی شود چون این مطلب بر خدا محال است. زیرا مستلزم تغییر رأی در اثر خطا یا نقص است و این هر دو از ذات خداوند منتفی است. نسخ تنها به ما خبر می دهد که زمان اعتبار حکم قبلی به آخر رسیده است. یعنی رأی و نظری تغییر نکرده است، زیرا که از اول بنا به این تغییر بوده است. ذات مقدس خداوند بر اساس علم بی پایان خود، از تغییر مصالح و مفاسد احکامی که تشریع کرده و به تبع آن از تغییر احکام آن موضوعات مطلع است و فقط آگاهی خود را در قالب وضع قوانین جدید و نسخ قوانین گذشته، به اطلاع بشر نیز می رساند. در صورتی نسخ، اختلاف و تناقض محسوب می شود که به معنای ابطال حکم سابق با تمام خصوصیّات آن باشد. در صورتی که نسخ به معنای پایان یافتن «زمان حکم» و نه «ابطال» آن است.

چنین فرضی تناقض آمیز است زیرا مستلزم این است که مخلوق قبل از اینکه آفریده شود، به نحوی وجود داشته باشد و درباره نوع آفرینش خود تصمیم بگیرد. یعنی مخلوق در حالی که هنوز معدوم است، موجود نیز باشد! چنین فرض، متناقض و محال است. ضمن اینکه آن موجودی که طبق فرض «به نحوی از انحاء وجود یافته» تا تکلیف آفرینش خود و نوع آن را مشخص کند، به صورت جبری آفریده شده است و هویتی دارد که با اختیار شکل نگرفته است.
بر فرضی که فرض بالا را پذیرفته باشیم، درکِ درست و دقیق مصالح و مفاسد انتخاب ها برای بشر نتیجه تجربه مستقیم حیات است و آحاد نوع بشر به عنوان موجوداتی غیرازلی و بی تجربه - هر چند عاقل - هیچ بصیرت و پیش بینی راجع به حیات و مصالح آن ندارند، تا بخواهند حق انتخاب شان را در قبال آن اعمال کنند. این تصمیم گیری برای پدیده های فاقد عقل یعنی جمادات، گیاهان و حیوانات اصلا معنی ندارد.
نیز این فرض که خدا ابتدا مخلوقات بی هویتی را خلق کند و اطلاعات لازم را راجع به مصالح امور در اختیارشان قرار دهد تا خود هویت شان را برگزینند، خالی از اشکال نیست و منجر به این می شود که به خاطر بهره مند بودن نوع انسان از امتیاز و کمال، هیچ موجودی جامد بودن و گیاه یا حیوان بودن را نمی پذیرند و همه آن موجودات بی هویت، انسان بودن را برمی گزیدند. چرا که با توجّه به وضعیّت کامل تر انسان، در آمدن در قالب جمادات یا نباتات و یا حیوانات، غیرمنطقی است؛ چون «ترجیح مرجوح بر ارجح» است.
از آن گذشته انسانها با همه اطلاعاتی که در اختیارشان گذاشته شود باز به خاطر ابعاد مختلف و متضاد نفسانی و ذاتی و گرایشات متنوع، در نوعی حیرت یا انتخاب غیر حکیمانه گرفتار خواهند شد، چنان که بشر به اصطلاح پست مدرن و عقل کل امروزی از زن یا مرد بودن یا حتی از انسان بودن خویش می گریزد و تغییر جنسیت می دهد یا دوست دارد سگ باشد و در بیشتر موارد از انتخاب هایش پشیمان می شود.

آیه 185 سوره «بقره» از آياتى است كه هم تكليف مالايطاق را نفى مى كند، و هم تكاليف شاق و موجب عسر و حرج را؛ و اين كه «فخررازى» در ذيل آيه گفته است دلالتى بر عموم ندارد اشتباه محض است، چرا كه الف و لام در «اليسر» و «العسر» براى جنس است، و در اين گونه مقامات دلالت بر عموم دارد. البتّه اين قانون مانند همه قوانين ممكن است استثنائاتى داشته باشد از قبيل امر به جهاد و نظائر آن.

اولا: دعا کردن دستوری است که خدای حکیم داده است و حُکم خدای حکیم منافاتی با حکمت او ندارد.  ثانیا: دستور به دعا فقط برای اجابت نیست؛ حکمت اصلی دعا ارتباط با خداست.  ثالثا: دعا خود در «سلسله اسباب» حکمت و مصلحت الهی قرار دارد. خداوند به همان دليل كه حكيم است، مواهب او نسبت مستقيمى با شايستگى ها و لياقت هاى افراد دارد؛ دعا كنندگان واقعى با رفتن به در خانه خدا ميزان اين شايستگى را در خود بالا مى برند.  رابعا: توجه به اثرات و برکات دعا نشان می دهد که این آموزه دینی به هیچ وجه موضوعی بی ثمر نیست و به خاطر این آثار و برکات امری «راجح» و قابل اعتناء می باشد.

گاهی ممنوعیت غیبت تخصیص می خورد و مواردی از آن استثناء می شود؛ و آن زمانی است که پاى مصلحت های بسیار مهم در ميان باشد، مصلحتهایی که حفظ آن ها بر مفاسد عظيم غيبت غلبه دارد. از جمله آنها می توان به مواردی اشاره کرد، مانند: دادخواهى و رفع ظلم، مشورت، تحقیقات ازدواج، گزينش افراد برای پست هاى حسّاس، در مورد بدعت گذاران و توطئه گران، هنگامی که جان، مال و يا ناموس مسلمانى در معرض خطر قرار گرفته، و ... . اما آنچه باید توجه کرد اینست که این موارد مانند جواز اکل میته است که باید به حد ضرورت اکتفا کرد.

آنچه از جمع بندی آیات و روایات به دست می آید این است که اگرچه انبیاء از علم غیب برخودارند اما اولا از آنِ خودشان نیست و ثانیاً بالقوه است نه بالفعل. یعنی منوط به اذن الهی است كه اگر از نظر خدا مصلحت باشد و انبیاء و اولیاء الهی نیز بخواهند، از آن گونه علم آگاه می شوند.
بنابراین اشکالی ندارد که حضرت یعقوب(ع) روزی مورد آزمایش خدا قرار گیرد و بنا به مشیت الهى از حوادث نزدیکش در کنعان بى خبر باشد اما روزی دیگر که دوران محنت و آزمون به پایان مى رسد بوی پیراهن فرزندش را از «مصر» احساس کند.