اولا: سخن خداوند در آیه 20 سوره انعام سخنی جدلی و در پاسخ عقیده باطل مشرکین بوده و منطبق با منطق آنها بوده، نه اینکه سبب فرزند نداشتن خداوند منحصر در همسر نداشتن او باشد! چرا که همسر گزیدن براى خداى تعالى معقول نيست، زیرا همسرگزینی از عوارض موجودات جسمانی و مادی است و او از چنین عوارضی پاک و منزه است.
ثانیا: کلام حضرت مریم(س) کلامی ناظر به شیوه های طبیعی تولد فرزندان انسان است و منافاتی با اراده الهی ندارد. حضرت مریم(س) در اين حال تنها به اسباب عادى مى انديشيد، در حالی که نظام عالم طبيعت مخلوق خدا و محكوم فرمان او است و هر گاه بخواهد مى تواند اين نظام را دگرگون سازد و به وسيله اسباب و عوامل غير عادى‏ موجوداتى را بيافريند.
ثالثا: هدف از تولد حضرت عیسی(ع) از مادری بدون همسر اين بوده كه خداوند بشرى به وجود آورد كه مظهر قدرت او باشد و از اين طريق حجّت را بر ملّت لجوج بنى اسرائيل كه زير بار دعوت دیگر پيامبران پس از حضرت موسى(ع) نمى رفتند، تمام كند و از آنجا که حکمت خاصی دارد، نمی توان داستان آن را به عنوان نقض دیگر آیات قرآن در چگونگی تولد فرزندان انسان در نظر گرفت.

نکوهش تقلید در قرآن ناظر به «تقلیدهای کورکورانه» مشرکان و بت پرستان از گذشتگان «جاهل» خود است؛ پیروی و تقلیدی که به هیچ وجه برای آنها علم آور و عملی از سر دست یافتن به باورهای یقینی نیست. در حالی که تقلید مکلفین از فقها و گرفتن احکام دین شان از آنها، نوعی مراجعه به «متخصص» و یقین آور است؛ امری منطقی که به خاطر فطری بودن نه تنها مورد تایید عقلا قرار می گیرد که حتی قرآن نیز در سوره نحل به آن توصیه نموده است.
گذشته از آن نکوهش ها و مذمت هایی که در آیات قرآن از تقلید صورت گرفته مربوط به اقتباس باورها در «اصول دین» است و حال آن که تقلید مصطلح فقهی در «فروع دین» یعنی احکام صورت می گیرد و طبق آموزه های دینی اصول دین تقلیدی نیستند و هر کسی باید با برهان و استدلال آنها را بپذیرد.

این آیه نوید می دهد که؛ روزى فرا مى رسد که اسلام هم از نظر منطق و استدلال و هم از نظر نفوذ ظاهرى و حکومت بر تمام ادیان جهان پیروز خواهد شد و همه را تحت الشعاع خویش قرار خواهد داد.

در سوره «قلم» به داستان حضرت یونس(ع) اشاره شده و می فرماید: حضرت یونس(ع) مدت ها همانند پدرى مهربان و دلسوز به تبليغ و هدايت قوم خويش پرداخت؛ ولى در برابر منطق حكيمانه اش چيزى جز مغالطه و سفسطه از دشمنان نشنيد. او سرانجام از آنها مایوس شد و آنان را نفرین کرد و بدون آن كه بار ديگر اتمام حجّت كند قومش را ترک کرد. ولی از آنجا که خداوند از پیامبرش، بیش از این صبر و حوصله می طلبد، لذا حضرت یونس(ع) را به خاطر عجله در تقاضای نزول عذاب و ترک اولی مورد سرزنش و تحت فشار قرار داد.