دوران امامت امام باقر(ع) مصادف با ادامه فشارهای خلفای بنی امیه و حکام آنها بر شیعیان عراق بود؛ زیرا عراق مرکز اصلی شیعیان بود. اين فشارها جز در دو سال حكومت «عمر بن عبدالعزيز» به شدّت ادامه داشت. امام باقر(ع) با وجود اظهار علاقه شديد كوفيان به قیام، نسبت به اعتقاد و استواری شان اعتماد چندانی نداشت. از طرفی امام مجبور به رعایت تقیه بود، لکن بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. در اين وضعيت، عده ای جذب «زيد بن علی» شدند كه دست به قيام زده بود.

در زمان امام باقر(ع) شيعيان زيدي معتقد به قيام با شمشير بودند؛ اما به جاي رفتن به سراغ ائمه(ع) به دنبال شخص علوی صاحب شمشير رفتند و همين امر باعث شكست شان شد. با اينكه آنها در فقه پيرو «ابوحنیفه» و در کلام پیرو معتزله بودند؛ اما فعالیت های علمی امامان شیعه، به ویژه امام باقر(ع) و امام صادق(ع) سبب پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی شد. در اين دوران، حکام اموی به خصوص «هشام بن عبدالملك» نسبت به اهل بیت(ع) سختگیری بسياری می ‌کردند و اين به آن خاطر بود كه ايشان ادعای امامت و زعامت دینی- سیاسی داشتند.

امام باقر(ع) سرآمد همه بنی هاشم در علم و زهد و تقوا در زمانه خود بود و دوست و دشمن به مقام علمی و اخلاقی او گواهی می دادند. ایشان با موقعیت شناسی از ضعف خلفای اموی وقت نهایت استفاده را برد و به نشر علوم و معارف الهی پرداخت و بن بست های علمی را گشود و زمینه را برای شکوفایی دانش در زمان امام صادق(ع) مهیا کرد. رجال و شخصیت های علمی آن روز- حتی بزرگان اهل تسنن و تنی چند صحابه رسول خدا که هنوز در قید حیات بودند – همه از محضر علمی ایشان استفاده می کردند.

حضرت باقر(ع) شاگردان برجسته اى در زمينه هاى فقه وحديث و تفسير و ديگر علوم اسلامى تربيت كرد كه هر كدام وزنه علمى بزرگى به شمار مى رفت. شخصيت هاى بزرگى همچون: محمد بن مسلم، زراره بن اعين، ابو بصير، بريد بن معاويه عجلى، جابربن يزيد، حمران بن اعين، و هشام بن سالم از تربيت يافتگان مكتب آن حضرتند.

امام باقر(ع) پنجمین امام شیعه از مادري به نام فاطمه دختر امام حسن(ع) متولد شد و توسط «ابراهیم بن ولید بن عبدالملک» مسموم و به شهادت رسید و در بقیع دفن شد. نقش انگشتری ایشان که معمولاً شعار ائمه در برخورد با مشکلات زمان خود بود، «اَلْعِزَّةُ لِلّهِ جَمِیعا» بوده است. از سویی حضرت را باقر می گفتند؛ زیرا شکافنده علم بوده و اصولش را مشخص و طرز استنباط فروع علم از اصول آن را بیان كرده است. همچنین پيامبر(ص) به جابر فرمود كه عمرت طولانی می شود و فرزندم را خواهی ديد كه هم نام من است، سلام مرا به او برسان.

موقعیت علمی امام باقر(ع) به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا‌داشت تا از محضر او بهره گرفته و حل اشکالات علمی خود را از او بطلبند. لذا این شهرت علاوه بر حجاز در عراق و خراسان نیز فراگیر شده بود. گستردگی روایات امام باقر(ع) در زمینه های فقه، اعتقادات و ... سبب شد تا محدثان اهل سنت مانند «ابوحنيفه» از ايشان نقل حدیث نمایند. از سویی در میان ائمه(ع) پس از امام علي(ع)، سند بخش عمده ای از روایات به امام باقر(ع) و صادق(ع) بر می گردد؛ زیرا این دو امام بیش از امامان دیگر فرصت نشر علوم آل محمد(ص) را پیدا کردند.

در زمان امام باقر(ع) اختلافات فقهی ميان فرق اسلامی‌ و وابستگي علمای اهل سنت به حاكمان اموی باعث شد تا ضرورت احیای سنت واقعی پیامبر(ص) به دور از شائبه های تحریف عمدی خلفا و علمای وابسته به آنان احساس شود. فروکش کردن تنش های سیاسی پس از حادثه کربلا و شکست ابن زبیر و یکپارچه شدن حاکمیّت مروانیان، علما را از صحنه سیاست به حوزه درس و حدیث كشاند. نقطه نظرات فقه شیعه كه در حد اذان، تقیه، نماز میت و ... محدود بود، با ظهور امام باقر(ع) به یک جنبش فرهنگی تحسین برانگیزی تبديل شد.