امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.

دوران امامت امام باقر(ع) مصادف با ادامه فشارهای خلفای بنی امیه و حکام آنها بر شیعیان عراق بود؛ زیرا عراق مرکز اصلی شیعیان بود. اين فشارها جز در دو سال حكومت «عمر بن عبدالعزيز» به شدّت ادامه داشت. امام باقر(ع) با وجود اظهار علاقه شديد كوفيان به قیام، نسبت به اعتقاد و استواری شان اعتماد چندانی نداشت. از طرفی امام مجبور به رعایت تقیه بود، لکن بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. در اين وضعيت، عده ای جذب «زيد بن علی» شدند كه دست به قيام زده بود.

امام محمدباقر(ع) سال 57 هجری در مدینه به دنیا آمد و هنگام درگذشت پدربزرگوارشان سی و نه سال سن داشت. مادرش دختر امام حسن مجتبی(ع) بود.ایشان در سال 114هجری در مدینه درگذشت و در قبرستان بقیع مدفون شد. ایشان با 5 تن از خلفای بنی امیه معاصر بود که عمدتا درباره ایشان سخت گیری می کردند.

امام باقر(ع) نزد علما و بزرگان اهل سنت مورد احترام و تعظیم قرار داشت. محمّد بن سعد زهرى می گوید: «محمّد از طبقه سوم از تابعین مدینه، مردى عابد، عالم و ثقه بود». همچنین ابوعثمان عمرو بن بحر جاحظ مى گوید: «او سید فقهاى حجاز است، که مردم فقه را از او و فرزندش جعفر فرا گرفتند. او ملقّب به باقر است، کسى که علم را مى شکافد. و این لقبى است که رسول خدا(ص) بر او گذارده است»، و... .

موقعیت علمی امام باقر(ع) به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا‌داشت تا از محضر او بهره گرفته و حل اشکالات علمی خود را از او بطلبند. لذا این شهرت علاوه بر حجاز در عراق و خراسان نیز فراگیر شده بود. گستردگی روایات امام باقر(ع) در زمینه های فقه، اعتقادات و ... سبب شد تا محدثان اهل سنت مانند «ابوحنيفه» از ايشان نقل حدیث نمایند. از سویی در میان ائمه(ع) پس از امام علي(ع)، سند بخش عمده ای از روایات به امام باقر(ع) و صادق(ع) بر می گردد؛ زیرا این دو امام بیش از امامان دیگر فرصت نشر علوم آل محمد(ص) را پیدا کردند.

در زمان امام باقر(ع) شيعيان زيدي معتقد به قيام با شمشير بودند؛ اما به جاي رفتن به سراغ ائمه(ع) به دنبال شخص علوی صاحب شمشير رفتند و همين امر باعث شكست شان شد. با اينكه آنها در فقه پيرو «ابوحنیفه» و در کلام پیرو معتزله بودند؛ اما فعالیت های علمی امامان شیعه، به ویژه امام باقر(ع) و امام صادق(ع) سبب پیدایش مکتبی با فرهنگ غنی شد. در اين دوران، حکام اموی به خصوص «هشام بن عبدالملك» نسبت به اهل بیت(ع) سختگیری بسياری می ‌کردند و اين به آن خاطر بود كه ايشان ادعای امامت و زعامت دینی- سیاسی داشتند.