هارون در ابتداي حكومت خود نسبت به امام كاظم(ع) سختگیری چنداني نشان نمی داد؛ ولی به مرور زمان، حضرت را تحت فشار قرار داد تا جائي كه امام(ع) را دو بار به زندان انداخت و در مرتبه دوم چهار سال طول كشيد. هارون از اين كه شیعیان به امامت امام كاظم(ع) اعتقاد داشتند هراس داشت و سعايت برخی از نزدیکان امام(ع) نزد او و كينه شخصی «یحیی بن خالد برمکی» نسبت به امام(ع) همه دست به دست هم دادند تا هارون دستور قتل امام كاظم(ع) را در زندان صادر كرد.

دوران امام کاظم(ع) مصادف با استبداد و ستمگری حکّام عباسی بود كه پس از استقرار و استحكام پایه های سلطه خود، مخالفان خود را زیر شدیدترین فشارها قرار دادند. عصر امام كاظم(ع) دوران بسیار سختی برای شیعیان بود، بطوري كه حرکت ها‌ و قيام های متعددی از طرف شیعیان و علویان عليه خلفای عباسی آغاز شد كه همگي آنها سركوب شدند. همچنين دستگيري و زنداني كردن و شكنجه امام كاظم(ع) باعث شد تا ايشان و امامان ديگر همگی بر لزوم رعایت تقیه از سوي شيعيان پافشاری کنند و به اين طريق توانستند تشکّل شیعه را حفظ نمایند.

وى ابتدا تمام زندانيان سياسى را آزاد ساخت، و تمام اموال منقول و غير منقول مردم را كه پدرش منصور مصادره و ضبط كرده بود، به صاحبان آنها تحويل داد. او در آغاز خلافت از خوش گذرانى و مجالس عيش و نوش دورى جست، ولى بيش از يك سال نگذشته بود كه تغيير روش داد و بساط خوش گذرانى و عياشى را داير كرد. اين روش مهدى موجب گسترش دامنه آلودگى در جامعه اسلامى گرديد. طرز رفتار مهدى از جهات مختلف با پدرش منصور فرق داشت، ولى روش اين دو، از يك جهت مثل هم بود و آن سخت گيرى و فشار نسبت به علويان بود.
 

امام کاظم(ع) در استدلال بر حرمت خمر فرمودند: خداوند در آیه 33 سوره  اعراف می فرماید: «بگو پروردگار من، تنها كارهاى زشت، چه آشكار و چه پنهان و نيز «اِثْم» و ستم به ناحق را حرام نموده است» و در آیه 219 سوره بقره، منظور از «اِثْم» را بیان می فرماید: «از تو از شراب و قمار مى ‏پرسند، بگو در آن «اثم كبير» و سودهايى براى مردم هست و گناهش از سودش بزرگتر است».

خطیب بغدادى مى گوید: «گفته می شود موسى بن جعفر در مدینه، و در سال 128 یا 129 متولد شد». مهدى عباسى آن حضرت را به بغداد فرا خواند و سپس ایشان را به مدینه برگرداند. در ایام خلافت هارون الرشید، وی پس از بجا آوردن عمره ماه رمضان، در سال 179 وارد مدینه شد و موسى بن جعفر را با خود به بغداد برد و آنحضرت را در بغداد زندانى کرد تا آنکه حضرت در زندان و فات یافت.