منابع اسماعیلى آنچه درباره اسماعیل فرزند امام صادق(ع) آورده اند، بیشتر به افسانه و باورهاى فرقه اى شبیه است ولی در عین حال مى توان با مراجعه به آن دریافت اسماعیل در شکل گیرى مذهب اسماعیلیه هیچ نقشى نداشته است. بنابر نقل «کشى»، اسماعیل با برخى از گروههاى افراطى شیعى و غالیان در ارتباط بوده است و امام صادق(ع) نیز در عین محبّت شدیدى که به اسماعیل داشته، از این روابط ناخشنود بوده است. در کتب شیعه روایاتى در ذمّ و مدح اسماعیل آمده است که روایات ذمّ بیشتر است. آیت الله خویى روایات ذمّ را ضعیف دانسته.

نخستین امامان اسماعیلى در دروه کشف و ستر، با امام علی(ع) آغاز می گردد،  و حسین بن علی(ع)، که امام حسن(ع)، امام مستودع ایشان هستند،  . . .، جعفر بن محمد، در سال 148، اسماعیل بن جعفر و محمد بن اسماعیل، و این سلسله تا کریم بن علی بن محمد، آقا خان چهارم، امام فعلی نزاریان قاسم شاهی ادامه می یابد.
 

مبارک، غلام اسماعیل بن جعفر(ع) و مربّى محمد بن اسماعیل بود که پس از مرگ اسماعیل، طرح امامت محمد را پایه ریزى کرد. محمد در زمان رحلت امام صادق(ع) کمى بزرگتر از امام کاظم(ع) بود. مبارکیه می گفتند: امام صادق(ع) نصّ بر امامت اسماعیل نموده و چون اسماعیل قبل از پدرش از دنیا رفته است، حق امامت براى فرزندش محمد محفوظ است زیرا بعد از امام حسن و حسین(ع)، از برادر به برادر منتقل نمى شود و وراثتى است.

امامت در نگاه اسماعیلیه از جایگاه ویژه اى برخوردار است و تمام آموزه هاى دیگر حول محور آن مى چرخد. در اندیشه اسماعیلیه انسان در همه حال محتاج به معلمِ معصوم و راهنماى مؤید من عند الله است. نقش امام در نگاه آنان عمیق تر از نبى است. زیرا رسول، آورنده ظاهر و امام ظاهر کننده باطن اشیاء است و دعوت ناطق به سوى تنزیل و شریعت است و دعوت وصىّ به تاویل و حقیقت است.

اسماعیلیان معتقدند که برادر بزرگتر باید به عنوان امام معرفی شود و امام صادق(ع) نیز به امامت اسماعیل نصّ زده است. از نکات جالب این که در بسیارى از کتاب هاى اسماعیلیه، مطلبی درباره این نصّ نیامده است. شیخ مفید مى گوید: در صورتی صحیح است برادر بزرگتر امام باشد که بعد از پدر باقى باشد. شیخ طوسی نیز می فرماید: خبر نقل شده که «بدا لله فى اسماعیل»، یعنى بدا من الله. زیرا مردم خیال مى کردند که اسماعیل امام بعد از امام صادق(ع) است ولى وقتى از دنیا رفت، فهمیدند که اشتباه تصور مى کردند.