منابع اسماعیلى آنچه درباره اسماعیل فرزند امام صادق(ع) آورده اند، بیشتر به افسانه و باورهاى فرقه اى شبیه است ولی در عین حال مى توان با مراجعه به آن دریافت اسماعیل در شکل گیرى مذهب اسماعیلیه هیچ نقشى نداشته است. بنابر نقل «کشى»، اسماعیل با برخى از گروههاى افراطى شیعى و غالیان در ارتباط بوده است و امام صادق(ع) نیز در عین محبّت شدیدى که به اسماعیل داشته، از این روابط ناخشنود بوده است. در کتب شیعه روایاتى در ذمّ و مدح اسماعیل آمده است که روایات ذمّ بیشتر است. آیت الله خویى روایات ذمّ را ضعیف دانسته.

عبیدالله المهدی برای رسیدن به خلافت به مهدویت تمسک کرد؛ هر چند با طرح مهدویت خود حتى اطرافیان خود مثل قرامطه و ابوعبدالله شیعی را نتوانست راضى کند. لذا در نامه ای به اسماعیلیان یمن خود را از نسل عبدالله افطح و فرزندش محمد را از نسل محمد بن اسماعیل معرفى کرد تا شاید بتواند تنها پایگاه مستحکم اسماعیلى یعنى یمن را نیز از دست ندهد و خلیفه دوم فاطمی به جایگاه اصلی خود یعنی مهدویت برگردد. طرحی که بعدا توسط خلیفه چهارم فاطمی تصحیح شد.

بعد از شهادت امام حسین(ع)، قیام هاى توابین و مختار در انتقام از واقعه عاشورا از سوى شیعیان و محبین اهل بیت برپا شد. از دل قیام مختار، کیسانیه ظهور کرد که می توان آن را سر آغاز تشکیل فرق در مذهب حقه شیعه قلمداد نمود.

فاطمیان امامان اسماعیلى را از نسل محمد بن اسماعیل دانسته اند، ولى هیچ گاه نام دقیق نیاکان آنها را مشخص نکردند و بعدها نسل عبیدالله المهدى را با عبارت «عبیدالله بن حسین بن احمد بن عبدالله بن محمد بن اسماعیل بن جعفر الصادق» تصحیح کردند. عبیدالله خود را از نسل عبدالله افطح دانست، ولى القائم بامرالله آنرا نپذیرفته و خود را از نسل محمد بن اسماعیل دانست. ابن رزّام و اخو محسن و به تبع آنها اشاعره و زیدیان نسب علوى آنها را منکر شدند.