امام علی(ع) نامه ای همراه «جرير» به شام فرستاد تا حجت را بر معاويه تمام كند. معاويه دو بهانه براى ترك بيعت داشت، يكى آنكه به هنگام بيعت مردم با امام على(ع) در مدينه حضور نداشته و ديگر اينكه امام، مسؤول خون عثمان است و به اين خاطر نباید با او بيعت كرد؛ ولى حضرت هر دو بهانه را با منطقی روشن از او گرفت و فرمود: اول اینکه بیعت با من نیز مانند بیعت با خلفای گذشته صورت پذیرفته و دیگر اینکه تو خود می دانی در قضیه قتل عثمان من از همه مبرّی ترم؛ امّا معاويه كه دلباخته حكومت بود، از بيعت با امام طفره رفت.

امام علی(ع) به عنوان يك پيشواى بزرگ اسلامى جنگ را به عنوان يك راه حلّ قابل قبول براى حلّ اختلافات نمى پذيرد؛ بلكه راه صلح را به روى مخالفين باز مى گذارد و بر آنها اتمام حجّت مى كند، هرگاه تمام درهاى صلح بسته شد آنگاه جنگ را به عنوان آخرين درمان يا به تعبيرى ديگر يك جراحى ضرورى اجتماعى، با اكراه پذيرا مى شود.

امام علی(ع) پس از استقرار در كوفه به فكر حل مشكل شام افتاد. ابتدا با نوشتن نامه، سعي كرد تا معاويه را به كنار رفتن تشويق كند؛ اما وقتی ديد كه كار معاويه جز با جنگ حل نخواهد شد كوفيان را به جهاد با معاويه فرا خواند. دو سپاه در كنار رود فرات اردو زدند و پس از رايزنی های بسيار جنگ از سوی معاويه آغاز شد. در ابتدا پيروزي با كوفيان بود؛ اما بر نيزه كردن قرآن از سوی دشمن، موجب اختلاف در كوفيان و پذيرش حكميت شد. حکمیت نیز با حیله عمرو بن عاص به سود معاویه پایان یافت.