تفکر و اندیشه «اومانیسم» دارای اشکالاتی است. مانند: تناقض در اندیشه و عمل. در واقع وجود فاصله عمیق میان «اومانیسم» به عنوان یک جنبش فکری و آنچه در مرحله عمل در تاریخ حاکمیت «اومانیسم» روی داده، یکی از نقدهای اساسی این جنبش است. از سویی بی دلیل بودن مبانی و ادعاهای «اومانیسم»، یکی دیگر از ضعف های «اومانیسم» است. از سوی دیگر «اومانیسم» گرفتار طبیعت گرایی شده و  انسان را در ردیف حیوانات می داند. همچنین آزادی و عنان گسیختگی و تساهل و تسامح از دیگر اشکالات تفکر «اومانیسم» است.

 اندیشه «اومانیسم» پیامدهایی را برای انسان و جامعه به همراه دارد؛ مانند خردگرایی و تجربه گرایی. در واقع عقل گرایی و اعتقاد به خودکفایی عقل انسان در معرفت و شناخت، یکی از مبانی «اومانیسم» است. لذا معرفتی را به رسمیت می شناسد که با عقل بشر قابل درک است. از این رو موضوعاتی مانند خدا، وحی را غیر قابل اثبات می داند. از سویی «اومانیسم» انسان آزاد از هر قید و بندی -جز آنچه خود برای خودش تعیین کرده- می داند. همچنین اصالت انسان در برابر اصالت خدا، سبب نزدیکی مکتب «اومانیسم» با «سکولاریزم» شده است.

در زمینه علل پیدایش «اومانیسم» می توان به دو عامل مهم اشاره کرد؛ نخست در قرون «وسطی»، اندیشمندان تحت فشار شدید نظام فکری حاکم و ارباب کلیسا بودند. در واقع اربابان کلیسا مذهب و مقدسات را ابزاری برای افزایش قدرت و ثروت خود قرار دادند. همچنین برخی از تعالیم مسیحی مانند گناهکارِ ذاتی دانستن انسان، خرید و فروش بهشت و ...، زمینه را برای رویگردانی از نظام حاکم فراهم ساخت. از سویی برخی از پیروان «اومانیسم»، دین را مانعی در برابر خواسته های خود می دانستند، از این رو به تخریب جایگاه دین پرداختند.