امام باقر(ع) آثار مهمی در فرهنگ و دانش اسلامی شيعی از خود به يادگار گذاشته است. بخش زيادی از مسانید فقهی و تفسیری شیعه، اخبار تاریخی در مورد انبیا، امیر المؤمنین(ع) و جنگ صفین، از ايشان نقل شده است. روايات اخلاقی، روایات فقهی در احکام و مناسک حج، و اخبار بسیاری در تفسیر قرآن از ايشان به ما رسيده است. همچنین امام باقر(ع) در موضوعات کلامی نیز روایاتی را از امام علی(ع) در مسائل مربوط به توحید و صفات خداوند نقل کرده‌ است.

امام باقر(ع) پنجمین امام شیعه از مادري به نام فاطمه دختر امام حسن(ع) متولد شد و توسط «ابراهیم بن ولید بن عبدالملک» مسموم و به شهادت رسید و در بقیع دفن شد. نقش انگشتری ایشان که معمولاً شعار ائمه در برخورد با مشکلات زمان خود بود، «اَلْعِزَّةُ لِلّهِ جَمِیعا» بوده است. از سویی حضرت را باقر می گفتند؛ زیرا شکافنده علم بوده و اصولش را مشخص و طرز استنباط فروع علم از اصول آن را بیان كرده است. همچنین پيامبر(ص) به جابر فرمود كه عمرت طولانی می شود و فرزندم را خواهی ديد كه هم نام من است، سلام مرا به او برسان.

امام باقر(ع) سرآمد همه بنی هاشم در علم و زهد و تقوا در زمانه خود بود و دوست و دشمن به مقام علمی و اخلاقی او گواهی می دادند. ایشان با موقعیت شناسی از ضعف خلفای اموی وقت نهایت استفاده را برد و به نشر علوم و معارف الهی پرداخت و بن بست های علمی را گشود و زمینه را برای شکوفایی دانش در زمان امام صادق(ع) مهیا کرد. رجال و شخصیت های علمی آن روز- حتی بزرگان اهل تسنن و تنی چند صحابه رسول خدا که هنوز در قید حیات بودند – همه از محضر علمی ایشان استفاده می کردند.

حضرت باقر(ع) شاگردان برجسته اى در زمينه هاى فقه وحديث و تفسير و ديگر علوم اسلامى تربيت كرد كه هر كدام وزنه علمى بزرگى به شمار مى رفت. شخصيت هاى بزرگى همچون: محمد بن مسلم، زراره بن اعين، ابو بصير، بريد بن معاويه عجلى، جابربن يزيد، حمران بن اعين، و هشام بن سالم از تربيت يافتگان مكتب آن حضرتند.

ابن عساکر از ابى زبير نقل کرده، پيامبر(ص) به جابر فرمود: «براى  فرزندم حسين(ع)، فرزندى خواهد آمد که او را على نامند، و براى او فرزندى خواهد بود به نام محمّد، اى جابر هرگاه او را ديدى سلام مرا به او برسان و بدان که زندگى تو بعد از او کم است».