امام علی(ع) پس از استقرار در كوفه به فكر حل مشكل شام افتاد. ابتدا با نوشتن نامه، سعي كرد تا معاويه را به كنار رفتن تشويق كند؛ اما وقتی ديد كه كار معاويه جز با جنگ حل نخواهد شد كوفيان را به جهاد با معاويه فرا خواند. دو سپاه در كنار رود فرات اردو زدند و پس از رايزنی های بسيار جنگ از سوی معاويه آغاز شد. در ابتدا پيروزي با كوفيان بود؛ اما بر نيزه كردن قرآن از سوی دشمن، موجب اختلاف در كوفيان و پذيرش حكميت شد. حکمیت نیز با حیله عمرو بن عاص به سود معاویه پایان یافت.

کوفه، از مراکز شیعه در طول حکومت بنی امیه بود و از شيعيان و گروهي با افکار خارجی، تشكيل شده بود. گروهی دیگر با عنوان «اشراف»، کم و بیش با بنی امیه هم‌داستان بودند. به گواه تاريخ، مردم عراق تنها با شمشیر رام می‌شدند و استبداد حكامي مثل زیاد، عبیدالله و یا حجاج، شاهدي بر این موضوع است. تشبيه مردم كوفه به زن حامله ‌که پس از تحمل درد دوران حمل، بچه‌ش را سقط می‌کند و شتران بی‌سرپرست که از یک سو گرد هم آمده و از سوی دیگر پراکنده ‌مي‌شوند از سوي امام علي(ع) قابل تأمل است.
اصولا مردم عراق روحیه خود را در برخورد با حکام در طول صد سال نشان دادند. غروری که این مردم در طی سال‌های فتح ایران به دست آورده بودند، سبب شده بود تا بر مدینه پیامبر مسلط باشند و هرگاه عزل حاکمی را می‌خواستند، حتی عمر را بر آن می‌داشتند تا حاکم مورد نظر را خلع کند. از اين رو چهره‌هایی که اهل حیله و نیرنگ نبودند، مغلوب به نظر می‌آمدند. عمار بن یاسر به عنوان یک انسان پاک و سعد بن ابی وقاص به عنوان یک شخصیت غیر سیاسی، از افرادی بودند که نتوانستند در کوفه دوام بیاورند؛ اما مغیرة بن شعبة به عنوان یک فاجر قدرتمند (آن چنان که عمر او را توصیف کرد) توانست تا مدتها بر کوفه حکم براند.