در حكومت اسلامی، حاكميت اولا و بالذات از آن خداست و بعد، از آنِ كسی است كه خدا بخواهد؛ لذا حكومت اسلامی نه ديكتاتوری است و نه دموكراسی. در اين حكومت بر طبق سفارش قرآن اصل مشورت مورد تاكيد قرار گرفته است و مشاركت مردم باعث بالا رفتن توان حكومت می شود؛ البته حكومت اسلامی يك پارچه متكی به آراء مردم نيست. ولايت در اين حكومت از نظر اجرائی نياز به حمايت مردم دارد و بدون آن به فعليت نمی رسد. نقش مردم اين است كه از ميان كسانی كه خدا حق ولايت به آنها داده يكی را انتخاب و حمايت نمايند.

حضرت علی(ع) در موارد متعددی راجع به موضوع امامت شان صراحتا بیاناتی را فرموده اند. بخشی از صریح ترین این بیانات، احتجاجات آن حضرت به آیه 55 سوره مائده است. ایشان بارها با استدلال به این آیه از شایستگی خود در امامت معنوی و زعامت سیاسی جامعه سخن گفتند؛ مواردی مانند: در گفت وگویی با خلیفه اول، در شورای شش نفره بعد از مرگ خلیفه دوم و در مجلسی که در زمان خلیفه سوم با حضور چهره های شاخص منعقد شده بود، که حتی در مورد اخیر صراحتا به واقعه غدیر نیز اشاره کرده اند.

از آن گذشته ایشان در یکی از مهم ترین خطبه های خود که به خطبه «شقشقیه» نیز شناخته می شود صریحا حقانیت خود در خلافت و غصب این حق توسط دیگران صحبت می کنند و می فرمایند که فلان شخص جامۀ خلافت را بر تن کرد در حالى که مى دانست جایگاه من در حکومت اسلامى چون محور سنگ هاى آسیاب است او مى دانست که سیل علوم از دامن کوهسار من جارى است و مرغان دور پرواز اندیشه ها به بلنداى ارزش من نتوانند پرواز کرد.

بعد از پيامبر(ص) و انحراف خلافت، امام(ع) به همراه اهل بيتش به در خانه‌های انصار می‌رفت تا حقش را بگيرد؛ اما او را بر حریص بودن به خلافت متهم مي‌كردند. با حمله حكومت به خانه‌اش و جراحت همسر و شهادتش و دفن پنهاني او، امام دریافت كه نه توانایی در افتادن با حكومت را دارد و نه مبارزه كردن به مصلحت اسلام است، لذا راه مصالحه را در پیش گرفت و كم‌كم گوشه‌گیر شد و سراغ زندگی شخصی رفت و حكومت نيز او را تحقير و منزوي كرد؛ با اين حال، امام از هر فرصتی برای معرفی خود و خدماتش به اسلام و مسلمين بهره مي‌برد.