برخی از مفسرین معتقدند که آیات جهاد گرچه به صورت مشروط آمده و مقید به صورت جنگ و مقابله با گسترش نفوذ اسلام است ولی این، مربوط به اوائل ظهور اسلام است، اما در اواخر بعثت که اسلام قدرتمند شد این آیات مشروط نسخ شده و با یک مهلت موقّت حکم جنگ به طور عموم با آنان صادر شده است؛ ولی این احتمال به دلایل متعددی صحیح نیست...

در قرآن آیات بسیاری در ارتباط با جهاد مطلق، و به تعبیری «جهاد ابتدایی» وارد شده است. خداوند در قرآن می فرماید: «ای پیامبر! با کافران و منافقان جهاد کن و بر آن ها سخت بگیر». همچنین می فرماید: «و با آن ها پیکار کنید، تا فتنه[شرک و سلب آزادی] برچیده شود و تمام دین از آن خداست». اما در مقابل، آیات فراوانی وجود دارد که جهاد مطلق را تقیید زده و مختص «جهاد دفاعی» می داند.

«جهاد ابتدایی» که با شرایطی مانند حضور امام معصوم(ع) مشروعیت پیدا می کند؛ جنگی نیست که مسلمانان آغاز کننده آن باشند، بلکه جنگی است در برابر دشمن خارجی که به دلایلی، غیر از تهاجم فیزیکی دشمن تحقق می یابد. از سویی «جهاد ابتدایی» به دو شاخه جهاد «آزادی بخش» با استضعاف گران و جهاد با مشرکان و کافران در مسیر بسط توحید، و... تقسیم می شود. در واقع «جهاد ابتدایی» تهاجم و تحمیل عقیده نیست، بلکه دعوت به اندیشه و تفکر در جهت انتخاب عقیده حق است و این واقعیت را در تمام جنگ های صدر اسلام می توان مشاهده کرد.

برخی بر این باورند که «جهاد ابتدایی» با رأفت اسلامی سازگاری ندارد؛ اما با توجه به اهداف جهاد اسلامی مشاهده می کنیم که هیچ یک از اهداف غیر انسانی از قبیل منافع مادی و اقتصادی، حبّ جاه، کشور گشایی و ...، در اهداف جنگ و جهاد اسلامی دیده نمی شود. مضافاً بر این که در «جهاد ابتدایی»، ابتدا کفّار و متجاوزان را به اسلام دعوت کرده و اتمام حجت می نمایند و در صورت عناد نوبت به قتال و مبارزه می رسد. زیرا اسلام دین رأفت و مهربانی است و اگر کسی از این رأفت سوء استفاده کند، با او برخورد می شود.